PředmětyPředměty(verze: 845)
Předmět, akademický rok 2018/2019
   Přihlásit přes CAS
Pokročilé praktikum z biochemie pro KATA - MC250C03
Anglický název: Advanced practical course in biochemistry I for KATA
Český název: Pokročilé praktikum z biochemie pro KATA
Zajišťuje: Katedra biochemie (31-250)
Fakulta: Přírodovědecká fakulta
Platnost: od 2018 do 2019
Semestr: letní
E-Kredity: 4
Způsob provedení zkoušky: letní s.:
Rozsah, examinace: letní s.:0/3 Z [hodiny/týden]
Počet míst: 48
Minimální obsazenost: neomezen
Stav předmětu: vyučován
Jazyk výuky: čeština, angličtina
Vysvětlení: Czech or English
Další informace: https://dl2.cuni.cz/course/search.php?search=MC250C03
Garant: RNDr. Ondřej Vaněk, Ph.D.
doc. RNDr. Václav Martínek, Ph.D.
Vyučující: Mgr. Jan Bláha, Ph.D.
RNDr. Marek Ingr, Ph.D.
Mgr. Petr Jeřábek, Ph.D.
doc. RNDr. Václav Martínek, Ph.D.
Mgr. Ondřej Skořepa
RNDr. Ondřej Vaněk, Ph.D.
Korekvizity : {Alespoň jeden z předmětů MC250C42N, MC250C31N, MC250C32, MB150C04}
Anotace -
Poslední úprava: RNDr. Ondřej Vaněk, Ph.D. (21.03.2019)
Cílem praktika je seznámit studenty s běžnými i pokročilými instrumentálními metodami používanými nejen v biochemii. Kromě metod, jako je extrakce látek z přírodního materiálu, UV/VIS absorpční spektrofotometrie, chromatografických technik (FPLC, iontově výměnná, gelová permeační a afinitní chromatografie), elektromigračních metod (agarosová elektroforéza, SDS/PAGE, Western blot - elektropřenos s imunodetekcí) a PCR amplifikace DNA.
Vedeni snahou o větší přiblížení toto pokročilého praktika k reálné vědecké práci, začleňujeme do některých úloh prvky problémového vyučování, kdy studenti po odpovídající teoretické přípravě sami navrhují postup řešení problému.
Součástí praktika je také praktický kurz práce s programem pro vizualizaci biomolekul (PyMol), praktické základy bioinformatiky, seznámení se s technikou vyhledávání v biochemických informačních zdrojích, práce s odbornou literaturou a vyhodnocování výsledků. Kurz je ukončen seznámením s principy členění textu i formálních náležitostí platných pro vypracovávání odborných prací (např. bakalářské práce či vědeckých publikací) a následným vypracováním protokolu z vylosované úlohy ve formě krátké závěrečné odborné práce, jejím včasným odevzdáním a ústní diskuzí ("obhajobou").

Praktikum probíhá dva dny v týdnu, v pondělí i čtvrtek! Rozpis jednotlivých úloh je přístupný po přihlášení v Moodle po jeho sestavení po úvodní schůzce spojené se školením bezpečnosti práce, rozdělením studentů do pracovních skupin (dvojic); absolvování této schůzky je pro vstup do praktika povinné.

Literatura -
Poslední úprava: RNDr. Ondřej Vaněk, Ph.D. (28.02.2012)

Doporučená literatura:

Krajhanzl A, Hladík J et al.: Biochemické metody. Návody k praktickým cvičením. UK Praha 1991.

Anzenbacher P, Kovář J: Metody chemického výzkukmu pro biochemiky, MŠ Praha, 1986

Požadavky ke zkoušce -
Poslední úprava: RNDr. Ondřej Vaněk, Ph.D. (18.02.2018)

Zápočet: úspěšné absolvování všech zadaných úloh, vypracování přiděleného protokolu v odpovídající kvalitě, jeho včasné odevzdání a diskuse

Sylabus
Poslední úprava: RNDr. Ondřej Vaněk, Ph.D. (18.02.2018)

Úlohy:

  • PYM - vizualizace biomolekul v programu PyMol, praktické základy bioinformatiky
  • IEX - Separace holo- a apoformy cytochromu b5 pomocí iontově výměnné chromatografie a gelové filtrace
  • IMAC & WB - Izolace, purifikace, elektropřenos a imunodetekce TEV proteasy
  • X - Krystalizace lysozymu, metody řešení 3D struktury proteinů
  • PCR - Polymerasová řetězová reakce DNA
  • LIT - práce s odbornou literaturou, citační manager, psaní závěrečné práce

Kurz je ukončen vypracováním protokolu z vylosované úlohy ve formě krátké závěrečné odborné práce.

Návody a další podklady potřebné k vypracování jednotlivých úloh jsou k dispozici na výše odkazované webové stránce MOODLE - klíč pro zápis do kurzu obdržíte během úvodní hodiny!

Vstupní požadavky
Poslední úprava: RNDr. Ondřej Vaněk, Ph.D. (18.02.2018)

Praktikum je určeno pro studenty 2. a 3. ročníků bakalářského studia chemických popř. biologických oborů. Vzhledem k tomu, že se zaměřuje na pokročilé instrumentální biochemické metody, předpokládáme, že účastníci jsou kromě teoretické znalosti biochemie vybaveni také znalostmi základních chemických a biochemických metod. Tedy, že již úspěšně absolvovali Praktikum z laboratorní techniky a také Biochemické praktikum (MC250C31N), popř. ekvivalentní předměty, což může být ověřeno vstupním testem.

 
Univerzita Karlova | Informační systém UK