PředmětyPředměty(verze: 843)
Předmět, akademický rok 2018/2019
   Přihlásit přes CAS
Kurz práce s molekulárními daty v R - MB120C16
Anglický název: Course of work with molecular data in R
Český název: Kurz práce s molekulárními daty v R
Zajišťuje: Katedra botaniky (31-120)
Fakulta: Přírodovědecká fakulta
Platnost: od 2018 do 2018
Semestr: zimní
E-Kredity: 2
Způsob provedení zkoušky: zimní s.:
Rozsah, examinace: zimní s.:0/4 Z [dny/semestr]
Počet míst: 35
Minimální obsazenost: neomezen
Stav předmětu: vyučován
Jazyk výuky: čeština
Další informace: https://trapa.cz/cs/kurz-molekularni-data-r-2019
Garant: Mgr. Vojtěch Zeisek, Ph.D.
Vyučující: Mgr. Vojtěch Zeisek, Ph.D.
Anotace -
Poslední úprava: Mgr. Vojtěch Zeisek, Ph.D. (10.10.2018)
R je v současnosti asi nejmocnější nástroj na statistické výpočty všeho druhu. Je k dispozici i celá řada modulů pro práci s molekulárními daty. Ty budou náplní kurzu. Předchozí znalost R je výhodou, nikoli však podmínkou. Bude-li se kurzu účastnit alespoň jeden člověk nemluvící česky, kurz bude anglicky.

Kurz proběhne v posluchárně B12, Benátská 2, 1. mezipatro, 21.-24. 1. 2019 od 9:00 do 17:00 (s pauzami na oběd a svačiny:-).
Literatura -
Požadavky ke zkoušce -
Poslední úprava: Mgr. Vojtěch Zeisek, Ph.D. (04.10.2017)
  • Aktivní účast.
  • Kladení a zodpovídaní otázek v průběhu výuky týkajících se probíraných témat.
  • Načtení libovolných molekulárních dat (vlastních, vzorových z nějakého R balíčku, anebo z on-line databáze) a provedení několika vhodných analýz (podle typu dat), přičemž je možné při řešení využít internet, dokumentaci, apod.
  • Napsat na Wikipedii alespoň jednu normostranu o libovolném tématu souvisejícím s probíranými tématy. Může jít i o překlad, úpravy stávajícíh článků, o příspěvky do několika kratších článků, apod. Mělo by jít o jazykovou verzi Wikipedie odpovídající mateřskému jazyku studenta (tedy typicky českou nebo slovenskou verzi).
Sylabus -
Poslední úprava: Mgr. Vojtěch Zeisek, Ph.D. (11.09.2017)

Přehled témat (může být upraven podle požadavků účastníků, rychlosti apod.):

  • 1. den, dopoledne
    • Základy práce v R - jak se zadávají příkazy, instalují balíčky, čte se nápověda, typy proměnných, indexy apod.
    • Práce s Bioconductorem
    • Tento blok není povinný pro účastníky, kteří již mají znalost R a nainstalované všechny potřebné balíčky. Je však doporučený - opakování je matka moudrosti. :-)
  • 1. den, odpoledne
    • Načítaní a exportování molekulárních dat různých typů a formátů.
    • Stažení sekvencí z databáze
    • Extrakce SNP ze sekvenačních dat
    • Extrakce polymorfismu ze sekvencí
    • Mikrosatelity, AFLP, SNP, sekvence, ...
    • Manipulace s daty, konverze mezi formáty
    • Tvorba distančních matic, import vlastních matic
    • Export dat
    • Základní statistiky
    • PCoA
    • Fylogenetické stromy (NJ, UPGMA, parsimonie), jejich zobrazení a testování
    • MSN
    • Základní statistika, genetické indexy, heterozygosita, HWE, F-statistika
  • 2. den
    • DAPC
    • Práce s celogenomovými SNP daty
    • Prostorové analýzy - Mantel test, Moran’s I, Monmonier, sPCA, ...
    • Základy tvorby map
    • Ovládání Structure
    • Alignment
    • Manipulace se stromy, zpracování většího množství stromů
  • 3. den
    • Phylogenetic independent contrast
    • Phylogenetic autocorrelation
    • Phylogenetic PCA
    • Ancestral state reconstruction
  • 4. den, dopoledne
    • Další rozšiřující témata
  • 4. den, odpoledne
    • Zápočty (případně po individuální dohodě)
    • Prostor pro další speciální otázky účastníků a konzultace vlastních dat účastníků
Vstupní požadavky -
Poslední úprava: Mgr. Vojtěch Zeisek, Ph.D. (05.10.2017)

Nebát se R. :-)

Doporučuji předem absolvovat předměty R pro život - MB162P13 a Use of molecular markers in plant systematics and population biology - MB120P44 (případně včetně praktik I a II), a Populační genetika rostlin - MB120P145, anebo nějaké podobné.

Na kurz potřebujete

  • Funkční připojení k Wi-Fi. Buď Eduroam (nastavte si jej pomocí fakultních nebo doporučených obecných instrukcí) nebo můžete v přihlášce požádat o dočasné jméno a heslo.
  • Nainstalované R. Doporučuji nainstalovat i grafické rozhraní RStudio, RKWard, R commander nebo jiné podobné dle vlastního výběru.
  • Pokud už máte zkušenosti s R, můžete si ušetřit práci tím, že si dopředu nainstalujete potřebné balíčky. Instrukce k tomu pošlu před kurzem.
Požadavky k zápisu -
Poslední úprava: Mgr. Vojtěch Zeisek, Ph.D. (11.10.2016)

Zájemce o kurz prosím o vyplnění krátkého dotazníku, který mi pomůže s přípravou kurzu a komunikací.

Rozpis datumový
Den Datum Popis Učitel Poznámka
Pondělí21.01.2019Kurz práce s molekulárními daty v RMgr. Vojtěch Zeisek, Ph.D. 
Úterý22.01.2019Kurz práce s molekulárními daty v RMgr. Vojtěch Zeisek, Ph.D. 
Středa23.01.2019Kurz práce s molekulárními daty v RMgr. Vojtěch Zeisek, Ph.D. 
Čtvrtek24.01.2019Kurz práce s molekulárními daty v RMgr. Vojtěch Zeisek, Ph.D. 
 
Univerzita Karlova | Informační systém UK