PředmětyPředměty(verze: 850)
Předmět, akademický rok 2019/2020
   Přihlásit přes CAS
Molekulární markery v systematice a populační biologii rostlin - MB120C44
Anglický název: Molecular markers in systematics and plant population biology
Český název: Molekulární markery v systematice a populační biologii rostlin
Zajišťuje: Katedra botaniky (31-120)
Fakulta: Přírodovědecká fakulta
Platnost: od 2019
Semestr: zimní
E-Kredity: 3
Způsob provedení zkoušky: zimní s.:
Rozsah, examinace: zimní s.:0/1 Z [týdny/semestr]
Počet míst: neomezen
Minimální obsazenost: neomezen
Stav předmětu: vyučován
Jazyk výuky: čeština
Další informace: http://botany.natur.cuni.cz/dna/images/stories/pdf/protokoly-praktika/protokoly.pdf
Garant: Mgr. Tomáš Fér, Ph.D.
Vyučující: Mgr. Tomáš Fér, Ph.D.
Anotace -
Poslední úprava: TOMASFER (23.04.2007)
Praktické seznámení s metodami molekulárních markerů v DNA laboratoři Katedry botaniky. Studenti se nejprve naučí extrahovat DNA z rostlinného materiálu a optimalizovat PCR reakci. Ve druhé části si vyzkouší metody RAPD, PCR-RFLP cpDNA.
Literatura -
Poslední úprava: Mgr. Tomáš Fér, Ph.D. (22.04.2012)

Weising K. et al. (2005): DNA fingerprinting in plants. Principles, methods, and applications. 2nd edition.

Caetano-Anollés G. & Gresshoff P.M. (1998): DNA markers. Protocols, applications, and overviews.

Hall B.G. (2001): Phylogenetic trees made easy.

Požadavky ke zkoušce -
Poslední úprava: Mgr. Tomáš Fér, Ph.D. (20.04.2012)

Vypracované protokoly k řešeným úkolům podle pokynů přednášejícího.

Sylabus -
Poslední úprava: TOMASFER (23.04.2007)
1. den
  • úvod do problematiky, metody studia DNA, rozdíly mezi jednotlivými typy markerů
  • extrakce DNA z rostlinného materiálu (CTAB metoda) - čerstvý i vysušený materiál
  • elektroforéza, příprava agarosových minigelů, použití DNA markerů (žebříčků)
  • práce s dokumentačním systémem Kodak Gel Logic 100
  • stanovení koncentrace extrahované DNA pomocí UV fotometru, ředění DNA

2. den

  • PCR amplifikace, příprava směsi pro reakci, metody optimalizace reakčních podmínek
  • zacházením s termocyclerem Techne Touchgene a Mastercycler ep gradient S
  • vytváření nových programů, využití gradientového bloku pro optimalizaci PCR reakce
  • metoda RAPD
  • elektroforéza získaných PCR produktů a jejich visualizace
  • práce se softwarem pro analýzu gelů (KODAK 1D Image Analysis Software) - porovnání RAPD pattern, stanovení přibližné délky získaných PCR produktů

3. den (PCR-RFLP)

  • amplifikace konkrétních úseků cpDNA pomocí universálních primerových párů
  • optimalizace PCR amplifikace pomocí gradientového bloku
  • elektroforéza - test úspěšné PCR
  • PCR amplifikace s použitím optimální teploty annealingu
  • štěpení získaných PCR produktů několika restrikčními enzymy

4. den

  • příprava vertikálního polyakrylamidového gelu
  • rozdělení restrikčních fragmentů podle délky na vertikálním polyakrylamidovém gelu
  • gel staining - ethidiumbromidu nebo SYBR Green I
  • visualizace restrikčních fragmentů dokumentačním systémem Kodak Gel Logic 100
  • práce se softwarem pro analýzu gelů (KODAK 1D Image Analysis Software) - porovnávání restrikčních pattern, stanovení přibližné délky restrikčních fragmentů

5. den

  • analýza dat z RAPD a PCR-RFLP, čtení gelů
  • příprava dat pro další biosystematické a populačně-genetické analýzy
  • fylogenetické analýzy a populačně-genetické analýzy použitím specializovaného software (TreeCon, SYNTAX, PopGen, Arlequin)

 
Univerzita Karlova | Informační systém UK