PředmětyPředměty(verze: 878)
Předmět, akademický rok 2020/2021
  
Molekulární markery v systematice a populační biologii rostlin - MB120C44
Anglický název: Molecular markers in systematics and plant population biology
Český název: Molekulární markery v systematice a populační biologii rostlin
Zajišťuje: Katedra botaniky (31-120)
Fakulta: Přírodovědecká fakulta
Platnost: od 2019
Semestr: zimní
E-Kredity: 3
Způsob provedení zkoušky: zimní s.:
Rozsah, examinace: zimní s.:0/1 Z [týdny/semestr]
Počet míst: neomezen
Minimální obsazenost: neomezen
Stav předmětu: vyučován
Jazyk výuky: čeština
Další informace: http://botany.natur.cuni.cz/dna/images/stories/pdf/protokoly-praktika/protokoly.pdf
Garant: Mgr. Tomáš Fér, Ph.D.
Vyučující: Mgr. Tomáš Fér, Ph.D.
Anotace -
Poslední úprava: Mgr. Tomáš Fér, Ph.D. (07.10.2019)
Praktické seznámení s metodami molekulárních markerů v DNA laboratoři Katedry botaniky. Studenti se nejprve naučí extrahovat DNA z rostlinného materiálu a optimalizovat PCR reakci. Ve druhé části si vyzkouší metodu PCR-RFLP na úsecích z chloroplastové DNA.
Literatura -
Poslední úprava: Mgr. Tomáš Fér, Ph.D. (22.04.2012)

Weising K. et al. (2005): DNA fingerprinting in plants. Principles, methods, and applications. 2nd edition.

Caetano-Anollés G. & Gresshoff P.M. (1998): DNA markers. Protocols, applications, and overviews.

Hall B.G. (2001): Phylogenetic trees made easy.

Požadavky ke zkoušce -
Poslední úprava: Mgr. Tomáš Fér, Ph.D. (07.10.2019)

Vypracované protokoly k řešeným úkolům podle pokynů přednášejícího.

Sylabus -
Poslední úprava: Mgr. Tomáš Fér, Ph.D. (07.10.2019)

* 1. den
- úvod do problematiky, metody studia DNA, rozdíly mezi jednotlivými typy markerů
- extrakce DNA z rostlinného materiálu (CTAB metoda, komerční kit) - čerstvý i vysušený materiál
- elektroforéza, příprava agarosových minigelů, použití DNA ladderů (žebříčků)
- práce s dokumentačním systémem Kodak Gel Logic 100
- stanovení koncentrace extrahované DNA pomocí UV spektrofotometru (Nanodrop), ředění DNA

* 2. den
- PCR amplifikace, příprava směsi pro reakci, metody optimalizace reakčních podmínek
- zacházením s různými typy termocyclerů - vytváření nových programů, využití gradientového bloku pro optimalizaci PCR reakce
- metoda PCR - optimalizace PCR amplifikace pomocí gradientového bloku
- elektroforéza získaných PCR produktů a jejich visualizace
- práce se softwarem pro analýzu gelů (KODAK 1D Image Analysis Software) - stanovení přibližné délky získaných PCR produktů

* 3. den
- PCR amplifikace s použitím optimální teploty annealingu
- štěpení získaných PCR produktů několika restrikčními enzymy, elektroforéza výsledku štěpení DNA

* 4. den
- dominantní molekulární markery a jejich vyhodnocování - teorie
- analýza cvičných gelů, získávání matice dat
- hodnocení binární matice - program FAMD
- výpočty diverzity, PCoA, stromy, sítě, AMOVA - FAMD, AFLPdat, SplitsTree


* 5. den
- pokračování analýzy cvičných dat
- Bayesovský modelový přístup - program STRUCTURE
- vizualizace výsledků STRUCTURE analýzy - Structure-sum, Distruct

 
Univerzita Karlova | Informační systém UK