Rozšířené základní praktikum z molekulární biologie - MB140C72

• Anglický název: Practical course essentials in molecular biology II
• Český název: Rozšířené základní praktikum z molekulární biologie
• Zajišťuje: Katedra genetiky a mikrobiologie (31-140)
• Fakulta: Přírodovědecká fakulta
• Platnost: od 2020
• Semestr: zimní
• E-Kredity: 1
• Způsob provedení zkoušky: zimní s.:
• Rozsah, examinace: zimní s.:0/2, Z [DS]
• Počet míst: neomezen
• Minimální obsazenost: 10
• 4EU+: ne
• Virtuální mobilita / počet míst pro virtuální mobilitu: ne
• Stav předmětu: vyučován
• Jazyk výuky: čeština
• Úroveň: základní
• Poznámka: povolen pro zápis po webu
• Garant: Mgr. Václav Vopálenský, Ph.D.
• Vyučující: Mgr. Martin Kubů; RNDr. Tomáš Mašek, Ph.D.; Mgr. Marharyta Ramanava; Mgr. Kristina Roučová, Ph.D.; Khushboo Sharma, M.Sc.; Mgr. Václav Vopálenský, Ph.D.
• Třída: Ultracentrifuga a 3 rotory; Gradientový PCR cycler
• Neslučitelnost : MB140C71
• Je neslučitelnost pro: MB140C71

Anotace

čeština

Kurz se skládá z teoretické a praktické části. Absolvování přednáškových kurzů Základy molekulární biologie, Molekulární biologie, Biologie buňky, Biochemie a Genetika je výhodou, nikoliv však podmínkou.

Poslední úprava: Vopálenský Václav, Mgr., Ph.D. (03.10.2025)

angličtina

The course consists of theoretical and practical part.

Poslední úprava: Vopálenský Václav, Mgr., Ph.D. (25.10.2019)

Literatura

čeština

K tomuto kurzu není doporučená literatura. Studenti obdrží protokoly s dalšími informacemi v průběhu praktických cvičení.

Poslední úprava: Vopálenský Václav, Mgr., Ph.D. (25.10.2019)

angličtina

Students will receive protocols with further information during practical exercises.

More information, texts, protocols and presentations are available at http://web.natur.cuni.cz/~pospisek.

Poslední úprava: Vopálenský Václav, Mgr., Ph.D. (25.10.2019)

Požadavky ke zkoušce

čeština

Studenti ukončí praktikum vypracováním protokolů.

 

Poslední úprava: Vopálenský Václav, Mgr., Ph.D. (03.10.2025)

angličtina

Students will finish this practocal course by elaborating protocols.

Poslední úprava: Vopálenský Václav, Mgr., Ph.D. (25.10.2019)

Sylabus

čeština

V teoretické části tohoto kurzu budou vysvětleny základní principy metod genového inženýrství a molekulární biologie se zřetelem na úlohy prováděné v praktické části tohoto kurzu, přičemž každý účastník si vyzkouší následující techniky:

1/ Purifikace plazmidové DNA z buněk Escherichia coli pomocí alkalické metody a následná analýza izolované DNA pomocí restrikčních endonukleáz.

2/ PCR amplifikace vybraného genu a jeho následná charakterizace pomocí agarózové elektroforézy.

3/ Ve skupině 2-3 studentů - analýza proteinů pomocí elektroforézy v polyakrylamidovém gelu v přítomnosti dodecylsíranu sodného (SDS – PAAGE) včetně přípravy vzorků a následného barvení  PAAGE gelů Coomassie Brilliant Blue. 

V průběhu celého praktika – práce s molekulárně biologickými databázemi, anotace sekvencí nukleových kyselin in silico, návrh primerů apod.

Poslední úprava: Vopálenský Václav, Mgr., Ph.D. (03.10.2025)

angličtina

Please note, that the practical course is given in Czech language only.

The theoretical part of this course will explain the basic principles of genetic engineering and molecular biology techniques. This theoretical introduction will be used in the followed-up tasks performed in the practical part of this course. Each participant will try the following techniques:

1 / Isolation of plasmid DNA from Escherichia coli cells using the alkaline method followed by analysis of isolated DNA using restriction endonucleases.

2 / PCR amplification of the selected gene and its characterization using agarose electrophoresis.

3 / Chemical transformation of bacteria with DNA vector and determination of transformation efficiency. Analysis of the recombinant protein expression in E. coli culture (protein electrophoresis, a fluorescence analysis of green fluorescent protein in vivo).

4 / In a group of 2-3 students - analysis of proteins using polyacrylamide gel electrophoresis in the presence of sodium dodecyl sulphate (SDS - PAAGE). This includes sample preparation and staining of the PAGE gels with Coomassie Brilliant Blue. In case of interest (and if enough time), it will be possible to incorporate protein immunodetection on a solid support matrix, i.e. a western blot.

During the whole practice - work with molecular biological databases, annotation of nucleic acid sequences in silico, primers design, etc.

The theoretical part of this course will explain the basic principles of genetic engineering and molecular biology techniques. This theoretical introduction will be used in the followed-up tasks performed in the practical part of this course. Each participant will try the following techniques:

1 / Isolation of plasmid DNA from Escherichia coli cells using the alkaline method followed by analysis of isolated DNA using restriction endonucleases.

2 / PCR amplification of the selected gene and its characterization using agarose electrophoresis.

3 / Chemical transformation of bacteria with DNA vector and determination of transformation efficiency. Analysis of the recombinant protein expression in E. coli culture (protein electrophoresis, a fluorescence analysis of green fluorescent protein in vivo).

4 / In a group of 2-3 students - analysis of proteins using polyacrylamide gel electrophoresis in the presence of sodium dodecyl sulphate (SDS - PAAGE). This includes sample preparation and staining of the PAGE gels with Coomassie Brilliant Blue. In case of interest (and if enough time), it will be possible to incorporate protein immunodetection on a solid support matrix, i.e. a western blot.

During the whole practice - work with molecular biological databases, annotation of nucleic acid sequences in silico, primers design, etc.

Poslední úprava: Vopálenský Václav, Mgr., Ph.D. (01.03.2021)

Výsledky učení

Po absolvování předmětu student/ka:

• Vysvětlí principy základních metod molekulární biologie a genového inženýrství; zejména PCR, izolace DNA, restrikční analýzy DNA, elektroforetické separace nukleových kyselin a proteinů, a jejich využití ve výzkumné, lékařské a biotechnologické praxi.
• Samostatně provede vybrané základní laboratorní postupy molekulární biologie; např. izolace plasmidové DNA, PCR, mapování DNA restrikčními endonukleázami, agarosovou elektroforézu, izolaci a srážení nukleových kyselin) a dodržuje zásady správné laboratorní praxe.
• Dokáže analyzovat a interpretovat experimentální výsledky, včetně vyhodnocení elektroforetických záznamů, a srozumitelně je zpracovat ve formě laboratorního protokolu.

Poslední úprava: Vopálenský Václav, Mgr., Ph.D. (18.01.2026)