Počet míst pro akademický rok 2025/2026 je opraven podle počtu studentů v programu PARIB.
Tato praktika se zaměří na výuku metod používaných pro detekci virů v klinických materiálech včetně interpretace
získaných výsledků. Metody budou zahrnovat izolaci nukleových kyselin z různého typu klinických materiálů. Studenti provedou analýzu kvantity a kvality izolovaných nukleových kyselin. Dále budou detekovat vybrané geny metodou klasické
polymerázové řetězové reakce (PCR) a/nebo PCR v reálném čase. Specificita amplifikovaných sekvencí bude
ověřena sekvenací.
Virově specifické protilátky budou analyzovány testem ELISA (z angl. Enzyme-Linked ImmunoSorbent Assay)
a/nebo metodou nepřímé imunofluorescence.
Termín kurzu: 27.10-3.11.2025. Místo konání BIOCEV, Vestec
Poslední úprava: Poláková Ingrid, RNDr., Ph.D. (08.09.2025)
The number of places for the academic year 2025/2026 is adjusted according to the number of PARIB students.
This practical course will focus on molecular methods of viral detection in clinical specimens including the
interpretation of results. The methods will include extraction of nucleic acids from different type of clinical material. The students will analyze the quality and quantity of nucleic acids. They will also detect the selected genes by the polymerase
chain reaction (PCR) and/or real time PCR. The specificity of amplicons will be confirmed by sequencing.
For the detection of viral specific antibodies Enzyme-Linked Immunosorbent
Assay (ELISA) and/or indirect immunofluorescence method will be used.
The course will be held in BIOCEV, Vestec from Oct 27th to Nov 3rd.
Poslední úprava: Poláková Ingrid, RNDr., Ph.D. (08.09.2025)
Literatura -
Fields Virology, Fields, Knipe and Howley, 2013, 6th edition
Poslední úprava: Poláková Ingrid, RNDr., Ph.D. (13.12.2021)
Fields Virology, Fields, Knipe and Howley, 2013, 6th edition
Poslední úprava: Poláková Ingrid, RNDr., Ph.D. (13.12.2021)
Požadavky ke zkoušce -
Termín kurzu: 27.-3.11.2025. Místo konání BIOCEV, Vestec
Podmínkou udělení zápočtu je předložení vypracovaných protokolů za skupinu (2 studenti) do stanoveného termínu (01.12.2025). Protokoly musí obsahovat i interpretaci výsledků.
Poslední úprava: Poláková Ingrid, RNDr., Ph.D. (08.09.2025)
The course will be held in BIOCEV, Vestec from Oct 27th to Nov 3rd.
In order to obtain credits the students have to provide the protocols per each group (2 students per group) by the specified deadline (December 1, 2025). The protocols have to include interpretation of the results.
Poslední úprava: Poláková Ingrid, RNDr., Ph.D. (08.09.2025)
Výsledky učení -
Výsledky učení (Learning Outcomes) - Practical Course of Diagnostic Methods in Virology
Po úspěšném absolvování předmětu student:
Úkol 1: Detekce a genotypizace HPV (Izolace DNA, PCR, Sekvenace)
Provede odběr biologického materiálu (stěr z kůže a ústní dutiny) za dodržení aseptických podmínek a připraví vzorky pro molekulární diagnostiku.
Aplikuje manuální metodu izolace DNA z klinického materiálu a vysvětlí funkci jednotlivých reagencií v procesu lýze a precipitace.
Připraví a provede PCR reakci, interpretuje výsledek vyšetření jako negativní/pozitivní.
Popíše princip Sangerova sekvenování a připraví vzorky pro sekvenační reakci.
Analyzuje získaná sekvenační data (chromatogramy) a použije bioinformatický nástroj BLAST k porovnání sekvencí s databází pro přesné určení genotypu lidského papilomaviru (HPV).
Úkol 2: Sérologická diagnostika HSV (Nepřímá imunofluorescence - IFA)
Vysvětlí princip nepřímé imunofluorescence (IFA) a zdůvodní použití metody pro detekci specifických protilátek proti viru Herpes simplex (HSV) v séru pacientů.
Provede barvení mikroskopických preparátů, včetně ředění vzorků, promývání a fixace preparátu.
Hodnotí preparáty pomocí fluorescenčního mikroskopu, identifikuje pozitivní séra a určí jejich titer na základě specifické fluorescenci v infikovaných buňkách a rozliší pozitivní nález od pozadí či artefaktů.
Úkol 3: Sérologická detekce BKPyV (Metoda ELISA)
Definuje princip enzymové imunoanalýzy (ELISA) a popíše interakci antigen-protilátka v kontextu detekce anti-BKPyV protilátek v séru nebo plazměpacientů.
Sestaví a provede jednotlivé kroky ELISA testu, včetně ředění a pipetování pacientských vzorků, promývání a aplikace chromogenního substrátu.
Měří absorbanci vzorků a na základě naměřených hodnot interpretuje výsledek vyšetření jako kvalitativně pozitivní nebo negativní.
Úkol 4: Kvantifikace virové nálože BKPyV (Real-time PCR / qPCR)
Izoluje virovou DNA z krve nebo tělních tekutin pomocí kolonek a připraví reakční směs pro amplifikaci.
Vysvětlí princip real-time PCR (qPCR) s využitím hydrolyzačních sond (TaqMan) a porovná tuto metodu s konvenční PCR z hlediska citlivosti a možnosti kvantifikace.
Analyzuje amplifikační křivky a vypočítá absolutní virovou nálož (počet kopií/ml) na základě sestrojené kalibrační křivky standardů.
Zhodnotí a zdůvodní klinický význam monitorování virové nálože BK viru u imunosuprimovaných pacientů (např. po transplantaci ledvin) pro prevenci nefropatie.
Poslední úprava: Poláková Ingrid, RNDr., Ph.D. (07.01.2026)
Upon successful completion of the course, the student:
Task 1: HPV Detection and Genotyping (DNA Isolation, PCR, Sequencing)
Performs biological material sampling (skin and oral cavity swabs) under aseptic conditions and prepares samples for molecular diagnostics.
Applies the manual method of DNA isolation from clinical material and explains the function of individual reagents in the lysis and precipitation process.
Prepares and performs the PCR reaction and interprets the examination result as negative/positive.
Describes the principle of Sanger sequencing and prepares samples for the sequencing reaction.
Analyzes obtained sequencing data (chromatograms) and uses the BLAST bioinformatics tool to compare sequences with the database for the accurate determination of the Human Papillomavirus (HPV) genotype.
Explains the principle of indirect immunofluorescence assay (IFA) and justifies the use of the method for the detection of specific antibodies against Herpes Simplex Virus (HSV) in patient sera.
Performs the staining of microscopic slides, including sample dilution, washing, and fixation of the slide.
Evaluates slides using a fluorescence microscope, identifies positive sera, determines their titer based on specific fluorescence in infected cells, and distinguishes positive findings from background or artifacts.
Defines the principle of Enzyme-Linked Immunosorbent Assay (ELISA) and describes the antigen-antibody interaction in the context of detecting anti-BKPyV antibodies in patient serum or plasma.
Assembles and performs individual steps of the ELISA test, including dilution and pipetting of patient samples, washing, and application of the chromogenic substrate.
Measures the absorbance of samples and, based on the measured values, interprets the examination result as qualitatively positive or negative.
Isolates viral DNA from blood or body fluids using spin columns and prepares the reaction mixture for amplification.
Explains the principle of real-time PCR (qPCR) utilizing hydrolysis probes (TaqMan) and compares this method with conventional PCR in terms of sensitivity and quantification capabilities.
Analyzes amplification curves and calculates the absolute viral load (copies/ml) based on the constructed standard calibration curve.
Evaluates and justifies the clinical significance of monitoring BK virus load in immunosuppressed patients (e.g., after kidney transplantation) for the prevention of nephropathy.
Poslední úprava: Poláková Ingrid, RNDr., Ph.D. (07.01.2026)
Vstupní požadavky -
POZOR! Podmínkou je úspěšné absolvování krátkého vstupního testu (znalost základních pojmů a principů z molekulární biologie a virologie). Vstupní test se bude konat v říjnu: Přesný termín a místo konání bude upřesněno mailem.
Poslední úprava: Poláková Ingrid, RNDr., Ph.D. (08.09.2025)
ATTENTION! To pass an entrance exam is a requirement (basics knowledge in molecular biology an virology). The entrance exam will be held in October. The exact date and place will be sent by email.
Poslední úprava: Poláková Ingrid, RNDr., Ph.D. (08.09.2025)
