PředmětyPředměty(verze: 964)
Předmět, akademický rok 2024/2025
   Přihlásit přes CAS
Introduction into bioinformatics - MB130C52E
Anglický název: Introduction into bioinformatics
Český název: Úvod do bioinformatiky
Zajišťuje: Katedra experimentální biologie rostlin (31-130)
Fakulta: Přírodovědecká fakulta
Platnost: od 2024
Semestr: zimní
E-Kredity: 2
Způsob provedení zkoušky: zimní s.:
Rozsah, examinace: zimní s.:0/2, Z [HT]
Počet míst: 22
Minimální obsazenost: 5
4EU+: ne
Virtuální mobilita / počet míst pro virtuální mobilitu: ne
Stav předmětu: vyučován
Jazyk výuky: angličtina
Vysvětlení: Please follow the course web. First lesson takes place on Oct 11, 2023.Další informace včetně možností dálkového splnění části kursu viz stránky kursu.
Další informace: http://kfrserver.natur.cuni.cz/studium/prednasky/bioinfo/index.html
Poznámka: povolen pro zápis po webu
Garant: prof. RNDr. Fatima Cvrčková, Dr.
Vyučující: Mgr. Radek Bezvoda, Ph.D.
prof. RNDr. Fatima Cvrčková, Dr.
Neslučitelnost : MB130C52
Je neslučitelnost pro: MB130C52
Anotace -
Účastníci kursu získají základní dovednosti potřebné pro prohledávání, analýzu a interpretaci genomových dat za použití volně dostupných nástrojů (www, zdarma stažitelné programy).
Nezbytná je základní orientace v molekulární biologii (např. v rozsahu kursu B140P41) a základní počítačové dovednosti (Windows, WWW). Základní orientace v evoluční biologii je výhodou, avšak nikoli podmínkou.
Poslední úprava: Rubešová Jana, RNDr., Ph.D. (12.12.2006)
Literatura
http://kfrserver.natur.cuni.cz/bioinfo.html
Poslední úprava: Rubešová Jana, RNDr., Ph.D. (12.12.2006)
Požadavky ke zkoušce - angličtina

Presenting results of selected tasks (see course web pages) and answering control questions.

Poslední úprava: Cvrčková Fatima, prof. RNDr., Dr. (23.09.2020)
Sylabus -

1. Orientace ve zdrojích dat: databáze sekvencí, prohledávání, stahování souborů. Genomové a další specializované databáze. Nástroje pro získávání a zpracovávání dat.

2. Základní manipulace se sekvenčními daty. Výběr relevantních oblastí sekvence, formáty souborů, nástroje k jejich úpravě. Translace a in silico restrikční analýza DNA sekvencí.

3. Vyhledávání sekvencí na základě podobnosti. Metody - BLAST, FASTA. Teoretické principy metod. Substituční matice PAM a BLOSUM. Speciální verze programu BLAST.

4. Hledání motivů a analýza doménové struktury proteinů. SMART, PROSITE a podobné zdroje. Hledání specifických signálů (lokalizační a degradační signály v proteinech, vazebná místa na DNA). Hledání pomocí krátkých motivů (patterns), formáty motivů.

5. Identifikace genů a kódujících oblastí. Software pro hledání genů a predikci sestřihu.

6. Konstrukce a interpretace alignmentu. Automatické a manuální metody - porovnání CLUSTAL vs. MACAW. Využití EST sekvencí pro ověřování predikcí struktury genů. Odvozování proteinových motivů a profilů.

7. Konstrukce a kritická interpretace fylogenetických stromů. Problém smysluplné selekce dat. Programový balík PHYLIP.

Poslední úprava: Rubešová Jana, RNDr., Ph.D. (12.12.2006)
 
Univerzita Karlova | Informační systém UK