PředmětyPředměty(verze: 861)
Předmět, akademický rok 2019/2020
  
Úvod do bioinformatiky - MB130C52
Anglický název: Introduction into bioinformatics
Český název: Úvod do bioinformatiky
Zajišťuje: Katedra experimentální biologie rostlin (31-130)
Fakulta: Přírodovědecká fakulta
Platnost: od 2019
Semestr: zimní
E-Kredity: 2
Způsob provedení zkoušky: zimní s.:
Rozsah, examinace: zimní s.:0/2 Z [hodiny/týden]
Počet míst: 36
Minimální obsazenost: 5
Stav předmětu: vyučován
Jazyk výuky: čeština
Vysvětlení: V případě, že je kurs plný, doporučuji zapsat MB130C52E.
Další informace: http://kfrserver.natur.cuni.cz/studium/prednasky/bioinfo/index.html
Garant: doc. RNDr. Fatima Cvrčková, Dr.
Vyučující: Mgr. Radek Bezvoda, Ph.D.
doc. RNDr. Fatima Cvrčková, Dr.
Atributy: Modul Ostatní předměty
Neslučitelnost : MB130C52E
N//Je neslučitelnost pro: MB130C52E
Anotace -
Poslední úprava: VOTRUB (17.04.2003)
Účastníci kursu získají základní dovednosti potřebné pro prohledávání, analýzu a interpretaci genomových dat za použití volně dostupných nástrojů (www, zdarma stažitelné programy).
Nezbytná je základní orientace v molekulární biologii (např. v rozsahu kursu B140P41) a základní počítačové dovednosti (Windows, WWW). Základní orientace v evoluční biologii je výhodou, avšak nikoli podmínkou.
Literatura
Poslední úprava: FATIMA (14.03.2007)

http://kfrserver.natur.cuni.cz/bioinfo.html

Cvrčková, F.: Úvod do praktické bioinformatiky. Academia, Praha 2006.

Požadavky ke zkoušce
Poslední úprava: doc. RNDr. Fatima Cvrčková, Dr. (04.11.2011)

Předložení výsledků řešených vybraných příkladů dle specifikace na webových stránkách kursu včetně odpovědi na kontrolní otázky.

Sylabus -
Poslední úprava: VOTRUB (03.02.2003)

1. Orientace ve zdrojích dat: databáze sekvencí, prohledávání, stahování souborů. Genomové a další specializované databáze. Nástroje pro získávání a zpracovávání dat.

2. Základní manipulace se sekvenčními daty. Výběr relevantních oblastí sekvence, formáty souborů, nástroje k jejich úpravě. Translace a in silico restrikční analýza DNA sekvencí.

3. Vyhledávání sekvencí na základě podobnosti. Metody - BLAST, FASTA. Teoretické principy metod. Substituční matice PAM a BLOSUM. Speciální verze programu BLAST.

4. Hledání motivů a analýza doménové struktury proteinů. SMART, PROSITE a podobné zdroje. Hledání specifických signálů (lokalizační a degradační signály v proteinech, vazebná místa na DNA). Hledání pomocí krátkých motivů (patterns), formáty motivů.

5. Identifikace genů a kódujících oblastí. Software pro hledání genů a predikci sestřihu.

6. Konstrukce a interpretace alignmentu. Automatické a manuální metody - porovnání CLUSTAL vs. MACAW. Využití EST sekvencí pro ověřování predikcí struktury genů. Odvozování proteinových motivů a profilů.

7. Konstrukce a kritická interpretace fylogenetických stromů. Problém smysluplné selekce dat. Programový balík PHYLIP.

 
Univerzita Karlova | Informační systém UK