Mikrobiologie, imunologie a obecná infektologie - MIKROBIOLOGIE - CVSE3P0019

• Anglický název: Microbiology, Immunology and General Infectology - MICROBIOLOGY
• Zajišťuje: Ústav mikrobiologie 3. LF UK, FNKV a SZÚ (12-MIK)
• Fakulta: 3. lékařská fakulta
• Platnost: od 2021
• Semestr: zimní
• Body: 2
• E-Kredity: 2
• Způsob provedení zkoušky: zimní s.:
• Rozsah, examinace: zimní s.:8/28, Jiné [HS]; letní s.:6/24, Jiné [HS]
• Rozsah za akademický rok: 0 [hodiny]
• Počet míst: zimní:neurčen / neurčen (neurčen); letní:neurčen / neurčen (neurčen)
• Minimální obsazenost: neomezen
• 4EU+: ne
• Virtuální mobilita / počet míst pro virtuální mobilitu: ne
• Stav předmětu: vyučován
• Jazyk výuky: čeština, angličtina
• Způsob výuky: prezenční
• Způsob výuky: prezenční
• Garant: prof. MUDr. Helena Žemličková, Ph.D.
• Je prerekvizitou pro: CERA3P0009, CVSE3P0009

Anotace

čeština

Poslední úprava: MUDr. Petr Michenka (23.12.2019)

Lékařská mikrobiologie je obor zabývající se etiologií, patogenezí a imunogenezí humánních onemocnění vyvolaných mikroorganismy (bakterie, viry, houby, plísně, parazité). Obor je členěný na speciální části dle typu mikroorganismu vyvolávajícího vlastní onemocnění (bakteriologie, virologie, mykologie, parazitologie) a zabývá se i antiinfekční imunitou (sérologie). Student je uveden do problematiky mikrobiologie, prezentovány jsou základními obecné charakteristikami jednotlivých lékařsky významných skupin mikroorganismů (bakterie, viry, houby, parazité) a principy laboratorní diagnostiky infekčních chorob. Výuka předmětu rozvíjí aplikaci znalostí obecné i speciální bakteriologie, virologie, parazitologie a mykologie, včetně základů laboratorní diagnostiky, do klinické praxe. Těžištěm je důraz na klinické aspekty mikrobiologie a infekčních onemocnění. Výuka je seřazena podle orgánů a systémů postižených infekčními onemocněními včetně principů jejich diagnostiky a léčby. Studenti jsou seznámeni s praktickými aspekty oboru, tj. možnosti mikrobiologické diagnostiky a její indikace, vyhodnocení a interpretace klinické významnosti mikrobiologického nálezu, dále i hodnocení antibiogramu a indikaci antibiotik ve vztahu k antibiotické rezistenci. Pozornost je věnována též infekční epidemiologii, prevenci pomocí vakcinace a nemocničním nákazám.

angličtina

Poslední úprava: prof. MUDr. Helena Žemličková, Ph.D. (15.09.2020)

The goal of the course is to teach students to understand the relationship between the pathogenic microorganism and its host in terms of biological properties of the microorganism (pathogenicity, virulence) and in terms of defense of the macroorganism (non-specific and specific immunity). Furthermore, the content of the subject is laboratory diagnostics, basics of treatment and prevention of infectious diseases. Teaching takes place in the form of lectures, practical exercises (winter semester) and seminars / practical exercises with clinical case reports (summer semester). Continuous tests take place in Moodle (https://dl1.cuni.cz/course/index.php?categoryid=892) in both semesters. Attendance at practical exercises / seminars is mandatory and must reach at least 80%. Part of the course is a set of lectures in pathology.

Cíl předmětu

čeština

Poslední úprava: MUDr. Petr Michenka (23.12.2019)

Cílem předmětu je seznámit studenty medicíny s etiologií, patogenezí a imunogenezí humánních onemocnění vyvolaných mikroorganismy. Student získá přehledné znalosti o původcích infekčních onemocnění a jejich vlastnostech, zároveň je seznámen s principy mikrobiologické diagnostiky, které v praxi slouží k průkazu a identifikaci mikroorganismů, či nepřímé diagnostiky infekce pomocí sérologického průkazu. Znalost metod laboratorního průkazu je nezbytná pro kritické posouzení přínosu mikrobiologického vyšetření a jeho správnou aplikaci. Formou kazuistik je rozvíjeno propojení znalostí obecné a speciální mikrobiologie, včetně základů laboratorní diagnostiky, do klinické praxe. Student by měl být schopen správně indikovat vhodné mikrobiologické vyšetření, provést klinickou interpretaci výsledku vyšetření ve vztahu k pacientovi a navrhnout terapii dle původce infekce. 

 

 

angličtina

Poslední úprava: prof. MUDr. Helena Žemličková, Ph.D. (15.09.2020)

The goal of the course is to explain the relationships between  individual reactivity of humans, pathogenic microorganisms and environment. The basis is to understand  interactions between various microorganisms and individual defense mechanisms of human organism, to specify and quantify both players of interactions - detection of pathogens and their property and features of immune mechanisms. This educational process on the microscopic and molecular level  is supplemented by the clinical approach - demonstration of clinical cases. Students are expected to combine knowledge of pathophysiology, microbiology, immunology and histopathology - rational clinical science will be born from that. Students will get knowledge of clinical picture of infectious and immunopathologic diseases, diagnostic approach and basics of therapeutic approach.

Literatura

čeština

Poslední úprava: prof. MUDr. Helena Žemličková, Ph.D. (30.09.2021)

 

Základní literatura:

Kolářová L: Obecná a klinická mikrobiologie, Galén 2020

Goering R, et al. Mimsova lékařská mikrobiologie, 5^th Ed., Elsevier, 2013.

Ryšková O, a kol. Praktická cvičení a semináře z lékařské mikrobiologie pro studenty všeobecného a zubního lékařství. Karolinum, Praha, 2010.

Murray P, Rosenthal KS, Pfaller MA. Medical Microbiology, eighth ed., Elsevier Mosby 2015

 

Doporučená literatura:

Jindrák V, a kol. Antibiotická politika a prevence infekcí v nemocnici, Mladá Fronta, Praha, 2014.

Hanuš R. Základy infekčního lékařství. Karolinum, Praha, 2015

angličtina

Poslední úprava: doc. MUDr. Marek Bednář, CSc. (28.09.2016)

Murray P, Rosenthal KS, Pfaller MA. Medical Microbiology, eighth ed., Elsevier Mosby 2015

Metody výuky

čeština

Poslední úprava: prof. MUDr. Helena Žemličková, Ph.D. (28.11.2019)

Přednášky přináší obecné informace o základních tématech. Na seminářích a praktických cvičeních si studenti osvojí základními principy mikrobiologické diagnostiky a její indikace v klinické praxi, část výuky je realizována formou interaktivních kazuistik s důrazem na diferenciální diagnostiku, cílený odběr klinického materiálu a adekvátní terapii infekce antibiotiky.

angličtina

Poslední úprava: prof. MUDr. Helena Žemličková, Ph.D. (24.09.2020)

Lectures will give basic informations about topics, seminars are based on interactive knowledqe acquisition. Practicum is based on immediate practical training of laboratory or clinical diagnostics procedures. 

Lectures will take place only remotely according to the schedule in the form of webinars using the application MS Teams (see electronic schedule).

In case of neccessity of complete distance teaching, practicals with have also a form of webinars. Relevant video records and study materials for homework will be sent before the term.

Požadavky ke zkoušce

čeština

Poslední úprava: prof. MUDr. Helena Žemličková, Ph.D. (11.11.2021)

Podmínky zápočtu

• 80% aktivní účast na praktických cvičeních/seminářích - v případě více absencí (z důvodu nemoci) musí student, dle zadání vypracovat seminární práci v rozsahu nejméně 5 normostran formátu A4
• protokoly ke cvičením s odpovídajícím formálním zpracováním
• vyhovující výsledek průběžných ověřovacích testů 
• student, který neuspěje u opravného testu (povinný pokus), obdrží zápočet po vypracování seminární práce (viz výše)

 

Testování průběžnými ověřovacími testy bude probíhat v prostředí Moodle. Test je tvz. multiple-choice, správná je nejméně 1 odpověď. Limit pro úspěšné absolvování testu je 70%. Studenti, kteří limitu nedosáhnou, budou psát opravný test. Obsah testů vychází z učebních textů, z přednášek a praktických cvičení. 

Celkem student absolvuje 3 průběžné testy, 1. test v zimním semestru, 2. a 3. test v letním semestru. Předmětem testování jsou otázky z Bakteriologie (1. test), Virologie (2. test), Mykologie a Parazitologie (3. test). Termíny testů jsou zveřejněny v rozvrhu.

Součástí testů jsou i otázky z antimikrobik korespondující s obsahem testu (bakteriologie – antibiotika, virologie – antivirotika, atd.). Otázky zahrnují látku probíranou v rámci kurzu MII.

angličtina

Poslední úprava: prof. MUDr. Helena Žemličková, Ph.D. (11.11.2021)

In the microbiological part during the winter and summer semesters, students will receive credit on the basis of 80% active participation in practices and seminars, developed protocols for practical exercises with appropriate formal processing and a satisfactory result of tests. Tests are so-called. multiple-choice, at least 1 answer is correct. In the winter semester there is 1 test (Bacteriology), in the summer semester there are 2 tests (Virology, and Mycology + Parasitology). The tests also include questions from antimicrobials corresponding to the content of the test (bacteriology - antibiotics, virology - antivirals, etc.) Testing will take place in the Moodle, instructions for registering for a course in Moodle are in the Výuka application. The limit for passing the test is 70%. Students who do not reach the limit will be subjected to corrective test. In case of more absences or failure in the corrective test, the student must prepare an essay in the range of at least 5 standard A4 pages.

Questions on the microbiology section are available in Moodle.

Sylabus

čeština

Poslední úprava: MUDr. Petr Michenka (23.12.2019)

1)     Lékařská mikrobiologie. Úvod. Bakteriologie. Stavba buňky. Morfologie.

2)     Mykologie. Taxonomie. Kvasinky, plísně, dimorfní houby. Antimykotika. 

3)     Antibiotika - přehled, mechanismy účinku, mechanismy rezistence, příklady klinického použití. 

4)     Parazitologie. Obecná parazitologie. Protozoa, helmintózy. Antiparazitika. 

5)     Virologie. Obecná virologie - taxonomie virů, průkaz virové infekce. Speciální virologie - DNA a RNA viry. Antivirotika. 

6)     Alimentární infekce. Virové, bakteriální a parazitární nákazy.

7)     Respirační nákazy. Chřipka. TBC

8)     Sexuálně přenosná onemocnění. Kapavka, Chlamydie, Syfilis, HIV, virové hepatitidy.

9)     Vaccine-preventabilní nákazy. Povinné, doporučené očkování v ČR

10) Vektorové infekce (klíště, komár, veš, ploštice). Domácí a importované nákazy.

11) Nemocniční nákazy. Původci, symptomatologie, diagnostika a terapie nemocničních infekcí a infekcí krevního řečiště.

12) BOZP, přístroje, tok vzorků: Studenti jsou seznámeni s bezpečnostními pravidly práce v mikrobiologické laboratoři a organizací výuky. Dezinfekce a sterilizace. Preanalytická fáze. Odběr a uchování materiálu, transport. Fyziologická flóra, primární, oportunní patogeny

13) Základní principy mikrobiologické diagnostiky. Analytická fáze. Přímý průkaz 1. část (mikroskopie). Barvení (princip), aplikace mikroskopie, popis preparátu, morfologie. Nepřímý průkaz. Sérologické metody - principy (aglutinace, precipitace, komplement-fixace, ELISA).

14) Základní principy mikrobiologické diagnostiky. Přímý průkaz 2. část (kultivace) kultivační půdy, délka kultivace, prostředí. Vyšetření citlivosti k ATB. Metody vyšetření citlivosti - diskový difúzní test, bujónová mikrodiluční metoda, E-test.

15) Přímý průkaz 3. část (identifikace bakterií) - morfologie, biochemie, MALDI- TOF MS, PCR). Vyšetření citlivosti k ATB. Break-point, interpretace nálezu.  Postanalytická fáze. Interpretace mikrobiologického vyšetření,

16) Stafylokoky. Diagnostika stafylokoků na základě jejich biochemických vlastností. Stafylokokové toxiny. Přehled klinických forem onemocnění, základy terapie, výskyt rezistence na ATB, epidemiologické souvislosti

17) Streptokoky. Nejvýznamnější druhy - morfologie, identifikace, faktory virulence a patogenita, laboratorní diagnostika, kultivace - podmínky, růstové vlastnosti, identifikace – bacitracin, optochin, deoxycholát, hemolýza

18) Enterobakterie. Diagnostika, kultivace, identifikace (biochemie, aglutinace), klinický význam, antibiogram, produkce ESBL

19) Pseudomonády a další nefermentující tyčinky. Diagnostika klinicky významných nefermentujících tyčinek. Význam u oportunních/nemocničních nákaz. Cystická fibróza.

20) Bordetely, hemofily, neisserie. Nejvýznamnější zástupci rodů. Kultivace, podmínky, růstové vlastnosti, faktory virulence, identifikace a sérotypizace bakteriálních kmenů, satelitismus. 

21) Mykobakteria, nokardie, korynebakteria. Diagnostika patogenních a nepatogenních druhů, barvení, kultivační půdy, průkaz toxigenity kmenů. Průběžný test.

22) Alimentární infekce. Interaktivní kazuistiky.

23) Infekce respiračního traktu. Interaktivní kazuistiky.

24) Infekce CNS. Interaktivní kazuistiky.

25) Infekce močového traktu. Interaktivní kazuistiky.

26) Sexuálně přenosná onemocnění. Interaktivní kazuistiky.

27) Infekce kůže a měkkých tkání. Infekce kostí a kloubů. Interaktivní kazuistiky.

28) Systémové infekce. Interaktivní kazuistiky. Průběžný test.

 

 

angličtina

Poslední úprava: prof. MUDr. Helena Žemličková, Ph.D. (15.09.2020)

Detailed syllabus, including Study materials, please see Moodle and Výuka:

http://vyuka.lf3.cuni.cz

Vstupní požadavky

čeština

Poslední úprava: prof. MUDr. Helena Žemličková, Ph.D. (28.11.2019)

Vstupním požadavkem předmětu je uchování rámcových vědomostí imunologie z Modulu Buňka (MIB, I. ročník)

 

angličtina

Poslední úprava: prof. MUDr. Helena Žemličková, Ph.D. (25.10.2019)

Prerequisits for Immunology part of the Course is the knowledge from Cell and Molecular Immunology, Module Ib, Ist year