Přednáška Počítačové simulace biomakromolekul si klade za cíl seznámit posluchače s metodami výpočetní chemie, s důrazem na aplikace pro biomakromolekuly (zejména DNA a bílkoviny) a jejich interakce s xenomolekulami a také pro komplexní molekulární systémy. Budou zahrnuty počítačové metody používané k navrhování nových léčiv ("drug design"). Dále budou demonstrovány postupy vedoucí nejen k určení struktury těchto systémů, ale též metody výpočtu termodynamických charakteristik. Kromě výpočetních metod budou široce aplikovány i metody trojrozměrného zobrazení pomocí počítačové grafiky. Velký důraz bude kladen na samostatnou práci studentů.
Poslední úprava: T_FUUK (06.05.2003)
Application of methods of computational chemistry to biomacromolecules (primarily nucleic acids and proteins) and molecular complexes. Determination of structure and thermodynamic characteristics by computational techniques. Drug design. Applucation of 3D computer graphics.
Literatura
Poslední úprava: RNDr. Pavel Zakouřil, Ph.D. (05.08.2002)
Schleyer P. v. R.; Allinger, N. L.; Clark, T.; Gasteiger, J.; Kollman, P. A.; Schaefer III, H. F.; Schreiner, P. R., Eds., Encyclopedia of Computational Chemistry (Wiley, Chichester, England), Vol. 1 - 5.
Sylabus
Poslední úprava: T_FUUK (29.05.2002)
Úvod do základů metod výpočetní chemie Povrchy potenciální energie Metody empirických potenciálů, silová pole, polarizovatelné potenciály Metoda Molekulové Mechaniky - cvičení Metoda Monte Carlo Docking, Flexible Docking Molekulová dynamika, Quenching, Simulated annealing - cvičení Metoda Ewaldovy sumace, PME, LES Pokročilé metody odvozené od molekulové dynamiky, Free energy perturbation - cvičení Metody výpočtu volných energií PROFEC, Chemické Monte Carlo/ MD, MM/PBSA Metoda DFTB + r6 Metody QM/MM, Embeding Počítačové kódy Aplikace na biomolekuly, Drug design, Protein Folding Aplikace na komplexní molekulární systémy Molekulová grafika a vizualizace výsledků Metody 3D stereo vizualizace, rendering - cvičení
