Modern methods in protein research - MC250P21

• Anglický název: Modern methods in protein research
• Český název: Moderní metody výzkumu proteinů
• Zajišťuje: Katedra biochemie (31-250)
• Fakulta: Přírodovědecká fakulta
• Platnost: od 2023 do 2023
• Semestr: letní
• E-Kredity: 3
• Způsob provedení zkoušky: letní s.:
• Rozsah, examinace: letní s.:2/0, Zk [HT]
• Počet míst: neomezen
• Minimální obsazenost: 5
• 4EU+: ne
• Virtuální mobilita / počet míst pro virtuální mobilitu: ne
• Stav předmětu: vyučován
• Jazyk výuky: angličtina
• Poznámka: povolen pro zápis po webu
• Garant: RNDr. Petr Man, Ph.D.
• Vyučující: Ing. Aleš Hnízda, Ph.D.; Mgr. Josef Chmelík, Ph.D.; RNDr. Alan Kádek, Ph.D.; Mgr. Zdeněk Kukačka, Ph.D.; RNDr. Petr Man, Ph.D.; RNDr. Petr Novák, Ph.D.

Anotace

čeština

Poslední úprava: RNDr. Petr Man, Ph.D. (16.02.2024)

Přednáška probírá některé moderní metody proteinového výzkumu se silným důrazem na strukturní a afinitní proteomiku. Podrobně jsou probírány kapitoly z proteinové chemie a modifikací proteinů, řešení proteinových interakcí a strukturních změn pomocí chemického sítění, vodík/deuteriové výměny, oxidativního značení a nativní hmotnostní spektrometrie. Dále je probíráno jak tato data bioinformaticky zpracovat do podoby strukturních modelů.

Před touto přednáškou je vhodné absolvovat kurz "Proteomika a metody studia primární struktury biopolymerů" (MC250P60N), který se věnuje základům biologické hmotnostní spektrometrie.

Přednáška, prezentace studentů i zkouška (sepsání kritického pojednání) probíhají v angličtině. K otevření kurzu je třeba alespoň 5ti zapsaných a aktivních studentů.

angličtina

Poslední úprava: RNDr. Petr Man, Ph.D. (16.02.2024)

This lecture deals with the modern methods of protein research. It focuses on structural and affinity proteomics, including methods of chemical cross-linking, oxidative labelling, hydrogen/deuterium exchange and native mass spectrometry. It is also explained how to further process the data using bioinformatic approaches and build or correct structural protein models.
Lectures, student's presentations and essay (exam) are in English. Course is open only if 5 or more students are subscribed and are planning to actively participate in the lectures.

Lecture room 218 at the dept. of biochemistry, Hlavova 8, 2nd floor - https://www.natur.cuni.cz/eng/about-the-faculty/campus-maps/h8/2patro?set_language=en

Literatura

čeština

Poslední úprava: MAN/NATUR.CUNI.CZ (21.02.2012)

Shan S. Wong - Chemistry of protein conjugation and cross-linking, CRC Press

Greg T. Hermanson - Bioconjugate Techniques, Elsevier

Methods in Enzymology - Biological Mass Spectrometry

T. E. Creighton - Protein Structure, A practical approach, IRL Press

Marc R. Wilkins - Proteome Research, Concept, technology and Application, Springer

John M. Walker - The protein Protocols Handbook, Humana Press

...

vybrané tituly ze série Methods in Molecular Biology Humana Press

vol. 61 - Protein and Peptide Analysis by Mass Spectrometry

vol. 64 - Protein Sequencing Protocols

vol. 146 - Mass spectrometry of proteins and peptides

vol. 194 - Posttranslational Modifications of proteins

vol. 244 - Protein Purification Protocols

vol. 251 - HPLC of Peptides and Proteins

vol. 261 - Protein-Protein Interactions

vol. 367 - Mass Spectrometry Data Analysis in Proteomics

vol. 446 - Post-Translational Modifications of Proteins

angličtina

Poslední úprava: RNDr. Petr Man, Ph.D. (20.01.2018)

Shan S. Wong - Chemistry of protein conjugation and cross-linking, CRC Press
Greg T. Hermanson - Bioconjugate Techniques, Elsevier
Methods in Enzymology - Biological Mass Spectrometry
T. E. Creighton - Protein Structure, A practical approach, IRL Press
Marc R. Wilkins - Proteome Research, Concept, technology and Application, Springer
John M. Walker - The protein Protocols Handbook, Humana Press
...
selected titles from  Methods in Molecular Biology Humana Press
vol. 61 - Protein and Peptide Analysis by Mass Spectrometry
vol. 64 - Protein Sequencing Protocols
vol. 146 - Mass spectrometry of proteins and peptides
vol. 194 - Posttranslational Modifications of proteins
vol. 244 - Protein Purification Protocols
vol. 251 - HPLC of Peptides and Proteins
vol. 261 - Protein-Protein Interactions
vol. 367 - Mass Spectrometry Data Analysis in Proteomics
vol. 446 - Post-Translational Modifications of Proteins

Požadavky ke zkoušce

čeština

Poslední úprava: RNDr. Petr Man, Ph.D. (05.02.2021)

Pro složení zkoušky je povinná aktivní účast/prezentace na journal clubu v rámci přednášek a na závěr sepsání kritické eseje na zadané téma. Přednáška, prezentace i esej by měly být preferenčně v angličtině.
Konzultace po domluvě (nejlépe e-mailem) : petr.man @ natur.cuni.cz

angličtina

Poslední úprava: RNDr. Petr Man, Ph.D. (05.02.2021)

Exam composes of active participation on the journal club (short presentation) and written essay on selected topic. More details will be given at the first lecture.

for consultation please use e-mail : petr.man @ natur.cuni.cz

Sylabus

čeština

Poslední úprava: RNDr. Petr Man, Ph.D. (19.02.2019)

Chemické rekace proteinů, hmotnostní spektrometrie (MS), proteinové interakce, studium strukturních změn proteinů, chemické zesítění, vodík/deuteriová výměna, afinitní MS.

angličtina

Poslední úprava: RNDr. Petr Man, Ph.D. (19.02.2019)

Chemical reactions of proteins, mass spectrometry,  H/D exchange, chemical cross-linking, native mass spectrometry, affinitz mass spectrometry.