Poslední úprava: doc. Ing. Petra Matoušková, Ph.D. (20.02.2024)
Bioinformatika je mezioborová disciplína zabývající se ukládáním, tříděním, analýzou a interpretací souborů biologických dat. V rámci předmětu Základy praktické bioinformatiky se studenti dozvědí o možnostech využití dostupných bioinformatických databází a programů. Prakticky se studenti naučí vyhledávat informace a sekvenční data a seznámí se s možnostmi jejich využití. Tento předmět je založen hlavně na praktické práci u počítače a samostatném vyzkoušení různých webových aplikací.
Probíraná témata zahrnují: vyhledávání literatury, databáze proteinových a nukleotidových sekvencí, porovnávání sekvencí a analýza jejich vlastností, hledání podobných sekvencí, restrikční analýza, návrh primerů, specializované databáze atd.
Poslední úprava: doc. Ing. Petra Matoušková, Ph.D. (20.02.2024)
Bioinformatics is interdisciplinary field of science dealing with storage, classification, analysis and interpretation of biological data. In the subject Introduction to Applied Bioinformatics students learn about possibilities how to find and use bioinformatic databases and tools. This subject is focused mainly on practical usage and training of various web based programs and software tools.
Topics include scientific literature search, databases of protein and nucleotide sequences, sequences comparison and their feature analysis, restriction analysis, primer design, specialized databases, etc.
Podmínky zakončení předmětu -
Poslední úprava: doc. Ing. Petra Matoušková, Ph.D. (20.02.2024)
Získání zápočtu je podmíněno docházkou (alespoň 80%), zpracováním a odevzdáním všech krátkých cvičení probíraných na seminářích (odevzdání prostřednictvím Moodle).
Zkouška probíhá písemně u počítačů zpracováním zadaného souboru úkolů (s možností využít všech dostupných materiálů).
Poslední úprava: doc. Ing. Petra Matoušková, Ph.D. (20.02.2024)
Credits are obtained based on presence (at least 80%), all homeworks hand.
The exam is written by the computer (possible to use all materials from lectures).
Literatura
Poslední úprava: doc. Ing. Petra Matoušková, Ph.D. (20.02.2024)
Povinná:
. . In Selzer, Paul M. Marhöfer, Richard J., Koch, Oliver (eds.). Applied bioinformatics : an introduction . New York, NY: Springer Berlin Heidelberg, 2018, s. -. ISBN 978-3-319-68299-0..
Sylabus -
Poslední úprava: doc. Ing. Petra Matoušková, Ph.D. (20.02.2024)
1. Možnosti vyhledávání dostupné literatury
o UKAŽ, Pubmed, Web of Science, Scopus
o citační programy (Web EndNote, EndNote, Mendeley)
o impakt faktor, H-index, predátorské časopisy
2.-4. Proteiny
o proteinové databáze a vyhledávání sekvencí
o formáty sekvencí a manipulace se sekvencemi
o vlastnosti sekvencí, predikce domén a transmembránových úseků
o porovnávání sekvencí, párové, mnohonásobné, vyhledání podobných sekvencí (BLAST), konstrukce fylogenetických stromů
5.-9. Nukleové kyseliny
o databáze DNA sekvencí
o analýza nukleotidové sekvence, vyhledání polymorfismů, restrikční analýza, klonování in silico
o návrh primerů pro různé aplikace (qPCR, mutageneze)
o hledání a identifikace genů, analýza „neznámých“ sekvencí, identifikace otevřeného čtecího rámce
10. Genomové projekty - přístup k databázím, vyhledávání podobných genů
Nucleotides (databases, polymorphisms, restriction analysis, primer design, analysis of unknown sequences, open reading frame identification)
Genomes and databases, BLAST
MicroRNA databases, target search
Vstupní požadavky -
Poslední úprava: Ing. Lucie Navrátilová (26.06.2020)
Zkouška z molekulární biologie
Poslední úprava: Ing. Lucie Navrátilová (26.06.2020)
Exam from Molecular Biology
Metody výuky -
Poslední úprava: doc. Ing. Petra Matoušková, Ph.D. (20.02.2024)
Výuka probíhá v počítačové učebně; každý seminář je zahájen krátkou přednáškou uvádějící do konkrétní problematiky, následovanou praktickými ukázkami a procvičováním.
Poslední úprava: Ing. Lucie Navrátilová (26.06.2020)
The lessons are in the computer rooms, each lesson starts with short introduction followed by practical individual training.
Požadavky ke zkoušce -
Poslední úprava: Ing. Lucie Navrátilová (26.06.2020)
Zvládnutí praktických úkolů (na počítači) dle zadání (s možností využití všech dostupných materiálů).
Poslední úprava: Ing. Lucie Navrátilová (26.06.2020)
Practical knowledge of the subject with the possibility to use gained materials.
