DNA/RNA Sequencing Technology and Bioinformatics - EDPLM002

• Anglický název: DNA/RNA Sequencing Technology and Bioinformatics
• Zajišťuje: Oddělení vědy a výzkumu (14-260)
• Fakulta: Lékařská fakulta v Plzni
• Platnost: od 2019
• Semestr: zimní
• Body: 0
• E-Kredity: 0
• Způsob provedení zkoušky: zimní s.:
• Rozsah, examinace: zimní s.:6/3, Z [HS]
• Počet míst: neurčen / neurčen (neurčen)
• Minimální obsazenost: neomezen
• 4EU+: ne
• Virtuální mobilita / počet míst pro virtuální mobilitu: ne
• Stav předmětu: vyučován
• Jazyk výuky: čeština
• Způsob výuky: prezenční
• Způsob výuky: prezenční
• Garant: prof. Ing. Jaroslav Hrabák, Ph.D.

Anotace

Poslední úprava: Ing. Daniela Vyzrálová (06.11.2018)

Kurz povede k rozvoji znalostí v oblasti moderních sekvenačních technik, tj. celogenomové sekvenaci na různých
platformách (2., 3. generace). Rovněž se bude věnovat sekvenaci RNA s cílem stanovení exprese proteinů.
Nedílnou součástí analýzy dat jsou i bioinformatické přístupy. Kurz se uskutečňuje jedenkrát za rok v anglickém
jazyce. Zápočet je udělen za účast.

Literatura

Poslední úprava: Ing. Daniela Vyzrálová (06.11.2018)

Patrick Murray Ken Rosenthal Michael Pfaller: Medical Microbiology, 2016, ISBN: 9780323299565

Fournier PE, Drancourt M, Colson P, Rolain JM, La Scola B, Raoult D. Modern clinical microbiology: new challenges and solutions. Nat Rev Microbiol. 2013 Aug;11(8):574-85.

Sylabus

Poslední úprava: Ing. Daniela Vyzrálová (06.11.2018)

Sekvenační techniky nukleových kyselin ovlivňují řadu medicínských oborů, mikrobiologii nevyjímaje. V rámci předmětu budou shrnuty možnosti sekvenace DNA a RNA, počínaje sekvenováním první generace až po sekvenace dlouhých fragmentů DNA. Studenti budou mít možnost se s těmito technikami seznámit i prakticky. Důraz bude věnován především celogenomové sekvenaci mikrobiálního genomu (bakterie, viry, mikromycety), včetně analýz mobilních genetických elementů (především plazmidů). Posluchači budou seznámeni s možnostmi bioinformatické analýzy dat, včetně různých softwarových nástrojů.