Genomics - Approaches and Algorithms - MB151P130

• Anglický název: Genomics - Approaches and Algorithms
• Český název: Genomika - postupy a algoritmy
• Zajišťuje: Katedra buněčné biologie (31-151)
• Fakulta: Přírodovědecká fakulta
• Platnost: od 2024
• Semestr: zimní
• E-Kredity: 5
• Způsob provedení zkoušky: zimní s.:kombinovaná
• Rozsah, examinace: zimní s.:2/2, Z+Zk [HT]
• Počet míst: neomezen
• Minimální obsazenost: neomezen
• 4EU+: ne
• Virtuální mobilita / počet míst pro virtuální mobilitu: ne
• Stav předmětu: vyučován
• Jazyk výuky: angličtina
• Vysvětlení: dobíhá, pro zapsané studenty Nbioinf. je od 2024/25 nahrazen v plánu NDBI051 Přednáška se bude konat v pátek od 12:30 v posluchárně S6 na Malostranském nám
• Poznámka: při zápisu přednost, je-li ve stud. plánu
• Garant: Mgr. Petr Daněček, Ph.D.
• Vyučující: Mgr. Petr Daněček, Ph.D.
• Třída: Původní předmět
• Neslučitelnost : MB151P111
• Je neslučitelnost pro: MB151P111

Anotace

The course introduces methods and technologies of NGS sequencing of DNA, and analyses of genomic data. Key relevant algorithms will also be explained. Experiment design, and both the wet-lab and computational parts of the analysis are covered in detail for selected common methods (RNA-seq, ChIP-seq, genome sequencing, variant calling etc.).
During the practical part, students get hands-on experience with sequencing data and typical analysis workflows. For the practical sessions, students are required to possess basic knowledge of working in linux and on the command line (if needed, you can learn the prerequisites yourself during the semester, as the practical part only takes place during the exam term).
The course is primarily intended for Bioinformatics students. We recommend that Biology students attend the Methods in Genomics (MB151P129) course instead.

The course is taught with the support of the project ESF pro VŠ II na UK, Reg. num.: CZ.02.2.69/0.0/0.0/18_056/0013322

Poslední úprava: Převorovský Martin, RNDr., Ph.D. (23.11.2020)

Literatura

Course materials from lectures are available via Moodle.

Poslední úprava: Převorovský Martin, RNDr., Ph.D. (10.06.2020)

Požadavky ke zkoušce

credit (zápočet) - active participation at practical sessions

exam - ability to apply information from lectures and practicals will be determined using a combined written&oral exam (e.g., solving model problems)

Poslední úprava: Převorovský Martin, RNDr., Ph.D. (10.06.2020)

Sylabus

Microarrays
Sequencing technologies
QC
Resources - databases & large projects
Mapping
Assembly
Variant calling
CNV calling
Phasing/Imputation
RNA-seq, single-cell analyses
ChIP-seq
Structural variation
Metagenomics
Data integration, visualization

 

The 3-day practical part is focused on analyzing NGS data.

Poslední úprava: Převorovský Martin, RNDr., Ph.D. (10.06.2020)

Vstupní požadavky

You must be able to log into CAS (https://ldap1.cuni.cz/) for the practical sessions.

Basic knowledge of working in linux and on the command line is required for the practical sessions.

Poslední úprava: Převorovský Martin, RNDr., Ph.D. (10.06.2020)