Předmět seznamuje studenty s dostupnými databázemi a aplikacemi na Evropském bioinformatickém institutu a to formou cvičení a tutorialů, které studenty provedou současnými možnostmi tohoto největšího zdroje bioinformatických dat. Studenti zjistí, co už je hotové, aby posléze "neobjevovali kolo" a nevytvářeli aplikace, které už existují.
Poslední úprava: Novotný Marian, Mgr., Ph.D. (03.07.2018)
Literatura
https://www.ebi.ac.uk/training/online/
Poslední úprava: Novotný Marian, Mgr., Ph.D. (03.07.2018)
Požadavky ke zkoušce
Během zkoušky budou ověřovány znalosti z obsahu jednotlivých oblastí formou písemného praktického testu na počítači a za použití studovaných zdrojů a aplikací
Poslední úprava: Novotný Marian, Mgr., Ph.D. (23.09.2019)
Sylabus
Předmět bude formou cvičení a tutorialů, které studenty provedou současnými možnostmi tohoto největšího zdroje bioinformatických dat. Studenti zjistí, co už je hotové, aby posléze "neobjevovali kolo" a nevytvářeli aplikace, které už existují.
Poslední úprava: Šebková Nataša, RNDr., Ph.D. (24.10.2019)
Výsledky učení
Po úspěšném absolvování tohoto praktického kurzu student:
Odborné znalosti (Knowledge)
Vysvětlí roli a strukturu Evropského bioinformatického institutu (EBI) a rozliší zaměření jeho klíčových databází.
Popíše rozdíly mezi archivními databázemi hrubých dat (ENA) a kurátorskými znalostními bázemi (UniProt, Reactome).
Definuje typy dat uchovávané v chemicko-biologických databázích (ChEBI vs. ChEMBL) a vysvětlí jejich význam pro vývoj léčiv.
Odborné dovednosti (Skills)
Efektivně vyhledává v portálu EBI a samostatně řeší komplexní vyhledávací úlohy ("Treasure Hunt") vyžadující navigaci napříč různými zdroji.
Získá a interpretuje detailní informace o proteinech z databáze UniProt, včetně sekvence, funkční anotace a variant.
Provádí pokročilé vyhledávání nukleotidových sekvencí v ENA (European Nucleotide Archive) a extrahuje metadata sekvenačních projektů.
Pracuje s genomovým prohlížečem Ensembl pro vizualizaci genů v kontextu genomu a využije nástroj Variant Effect Predictor (VEP) k odhadu dopadu mutací.
Analyzuje biologické dráhy pomocí databáze Reactome, včetně mapování seznamu genů na metabolické a signální kaskády (pathway enrichment analysis).
Vyhledává chemické struktury a data o bioaktivitě malých molekul v databázích ChEBI a ChEMBL.
Aplikuje základní fylogenetické nástroje a vyhledává v proteomických repozitářích (např. v kontextu EBI služeb).
Obecné způsobilosti (Kompetence)
Zvolí adekvátní databázi pro daný typ biologické otázky (např. "hledám chemickou strukturu léku" vs. "hledám promotor genu").
Integruje data z genomiky, proteomiky a systémové biologie (pathways) k vytvoření uceleného obrazu o funkci studované biomolekuly.
Kriticky posoudí kvalitu a úroveň anotace nalezených záznamů (např. rozlišení mezi "reviewed" a "unreviewed" záznamy v UniProt).
Poslední úprava: Novotný Marian, Mgr., Ph.D. (04.02.2026)
