|
|
|
||
|
Předmět seznamuje studenty se základními diagnostickými technikami klinických a výzkumných laboratoří se zaměřením na nové genomické analýzy a inovativní postupy z tzv. translačního výzkumu. Součástí předmětu je taky část o personalizované medicíně a tzv. precizní medicíně.
Metodologické postupy zahrnují: pre-analytickou fázi testování (transport, příprava vzorků), analytickou fázi testování (izolace nukleových kyselin/RNA, DNA z různých typů tkání, stanovení čistoty a kvality připravených vzorků, kvantifikace genové exprese pomocí polymerázové řetězové reakce/PCR/, kvantitativní PCR v reálném čase /qPCR/, digitální PCR, analýza qPCR dat). Úvod do genomické analýzy zahrnuje: historii genomiky, genomické diagnostické metody, základy sekvenování a sekvenování nové generace. Součástí základu molekulární patologie jsou imunohistochemie, cytogenetika, komparativní genomová hybridizace - CGH, spektrální karotypování - SKY, fluorescenční in situ hybridizace FISH. Poslední úprava: Dupejová Lenka, Mgr. (06.03.2019)
|
|
||
|
Prezentace z přednášek. Molekulární medicína- kol., Ondřej Slabý, Galén, 2015 Next Generation Sequencing: Translation into Clinical Diagnostics – kol., Lee – Jung C.Wong, Springer, 2013 A- Z of quantitative PCR – kol., Stephen Bustin, IUL Biotechnology Series, 2004 Cytology, Diagostic Principles and Clinical Correlates, E Cibas B. Ducatatman , Elsevier, 2009 Poslední úprava: Dupejová Lenka, Mgr. (06.03.2019)
|
|
||
|
Podmínky udělení započtu: vypracování úkolů v průběhu kurzu. Podmínky udělení zkoušky: absolvování testu zaměřeného na řešení praktických úloh, vypracování úkolů Poslední úprava: Dupejová Lenka, Mgr. (06.03.2019)
|
|
||
|
Součástí kurzu je den, kdy přednáší odborníci z laboratoří, kteří jsou specialisty pro jednotlivé obory (např. molekulární patolog, pracovník laboratoře pro prenatální testování, biotechnolog apod).
Sylabus 1. Pre-analytická a analytický fáze testování v klinické a výzkumné laboratoři: Příprava vzorků pro testování biologických molekul (izolace buněčných subtypů, izolace DNA/RNA/miRNA, proteinů z různých vzorků (tkáně, tělní tekutiny, fixovaná tkáň). Kontrola kvality nukleových kyselin. 2. Práce se sekvencemi (genetické databáze, sestřihové varianty, navrhování primerů a navrhování experimentů). 3. Analýza genové exprese (real-time PCR se zaměřením se na absolutní, relativní kvantifikaci, next generation sequencing, microarrays). 4. Diagnostické metody biomarker prognostický, prediktivní v klinických studiích - na příkladu tekuté biopsie- cirkulujících nádorových buněk, volné cirkulující DNA nádorové, volné cirkulující DNA v průběhu prenatálního testování základy klinických studií pro testování biomarkerů základy cytogenetiky (histochemie, imunohistochemie, FISH) analýza mutací PCR, RFLP, multiplex ligation specific probe amplification (MLPA), sekvenace, next generation sequencing (NGS), miRNA, microarrays, digitální PCR imunoanalýza proteinů (ELISA, western blotting, epispot) epigenetická analýza: volná cirkulující DNA, metylace základy genomiky a genomické analýzy: sekvenování, sekvenování nové generace a jeho implementace do klinické diagnostiky
Kurz probíhá v bloku a je založen na přednáškách a řešení případných praktických úkolů. Návštěva laboratoří včetně možnosti sekvenování (NGS) je nabízena studentům po domluvě. Poslední úprava: Dupejová Lenka, Mgr. (06.03.2019)
|
|
||
|
Po úspěšném absolvování předmětu student rozumí principům moderních genomických a diagnostických metod používaných ve výzkumných a klinických laboratořích a jejich uplatnění v molekulární diagnostice a biomedicínském výzkumu. Student zná jednotlivé fáze laboratorního testování, zejména pre-analytickou a analytickou fázi, a chápe jejich význam pro kvalitu a interpretaci výsledků. Je schopen popsat postupy přípravy biologických vzorků, včetně izolace buněčných subpopulací, nukleových kyselin a proteinů z různých typů materiálu, a rozumí metodám kontroly kvality DNA a RNA. Student se orientuje v práci s genetickými sekvencemi, využívá genetické databáze, chápe význam alternativního sestřihu a je schopen navrhnout primery a základní experimentální strategie pro analýzu genové exprese či mutací. Rozumí principům analýzy genové exprese pomocí real-time PCR, microarrayí a sekvenování nové generace a dokáže vysvětlit rozdíly mezi absolutní a relativní kvantifikací. Student zná široké spektrum diagnostických metod na úrovni DNA, RNA i proteinů, včetně PCR-based technik, NGS, digitální PCR, cytogenetických a imunohistochemických metod, epigenetických analýz a imunoanalýz. Chápe koncept biomarkerů a jejich využití v klinických studiích, zejména v kontextu tekuté biopsie, onkologické a prenatální diagnostiky. Absolvent je schopen kriticky hodnotit výstupy genomických analýz, porozumět jejich limitům a možnostem implementace do klinické praxe a má solidní teoretický základ pro navazující studium či práci v oblasti molekulární diagnostiky a genomiky. Poslední úprava: Sedlak Petr, doc. RNDr., Ph.D. (02.02.2026)
|