PředmětyPředměty(verze: 957)
Předmět, akademický rok 2024/2025
   Přihlásit přes CAS
Laboratory Methods: a Practical Course - MB160C84E
Anglický název: Laboratory Methods: a Practical Course
Český název: Laboratorní metody: cvičení
Zajišťuje: Katedra parazitologie (31-161)
Fakulta: Přírodovědecká fakulta
Platnost: od 2024
Semestr: letní
E-Kredity: 3
Způsob provedení zkoušky: letní s.:
Rozsah, examinace: letní s.:0/3, Z [HT]
Počet míst: 6
Minimální obsazenost: neomezen
4EU+: ne
Virtuální mobilita / počet míst pro virtuální mobilitu: ne
Stav předmětu: vyučován
Jazyk výuky: angličtina
Poznámka: při zápisu přednost, je-li ve stud. plánu
Garant: Mgr. Roman Leontovyč, Ph.D.
Anotace -
Praktikum má za cíl seznámit studenty se základy práce v laboratoři, dále pak se základními parazitologickým technikami zaměřenými na práci s kulturami prvoků a diagnostiku prvoků a helmintů. Obecnější část praktik je zaměřena na molekulární a biochemické metody s mezioborovým využitím, kde je kladen důraz na pochopení základních principů metod.
Poslední úprava: Leontovyč Roman, Mgr., Ph.D. (18.03.2019)
Literatura -

Povinná literatura:Vytištěné postupy k praktickým úlohám, se stručným úvodním popisem jednotlivých metod. Prezentace.
Doporučená literatura: D. Thienpont, F. Rochette, O. F. J. Vanparijs. Diagnosing helminthiasis by coprological examination. 2nd ed. Beerse, Belgium: Janssen Research Foundation 1986. ISBN BWB30960491
Technical guide for ELISA available at https://www.seracare.com/globalassets/seracare-resources/tg-protocols-and-troubleshooting.pdf
T.A. Brown. Essential Molecular BiologyVolume 1. 2nd ed. Oxford, UK: Oxford University Press, 2000. ISBN 0-19-963643
John M. S. Bartlett, David Stirling. Methods in Molecular Biology, vol. 226 PCR Protocols.2nd ed. Totowa, New Jersey: Humana Press, 2003. ISBN 0-89603-642-1
Brenda D. Spangler. Methods in molecular biology and protein chemistry – Cloning and characterization of an enterotoxin subunit. West Sussex, UK: John Wiley & Sons, Ltd., 2002. ISBN 0-470-84360-8
Daniel M. Bollag, Stuart J. Edelstein. Protein methods New York, NY: Wiley-Liss, 1991. ISBN 0-471-56871-6

Poslední úprava: Kulíková Helena, RNDr. (18.03.2019)
Požadavky ke zkoušce -

Pro udělení zápočtu je vyžadována aktivní účast na praktiku (povolena je 1 omluvená absence). Před vybranými praktiky proběhne písemný test zaměřený na probíranou látku, výsledky průběžných testů jsou zohledněny v závěrečném testu. Testy jsou psané formou „multiple-answer“ (nula až všechny možnosti), s částí zaměřenou na krátké slovní odpovědi. Při nejednoznačném výsledku písemného testu následuje ústní přezkoušení.

Poslední úprava: Leontovyč Roman, Mgr., Ph.D. (18.03.2019)
Sylabus -

1. Základy laboratorní práce

Teoretická část:

-      bezpečnost, vážení/měření, zásady správného pipetování, představení základního laboratorního vybavení (centrifugy – vyvážení, RPM/g, flowbox, atd.), zásady sterilní práce

Praktická část:

-      výpočty: převody jednotek, objemová koncentrace, molární koncentrace

-      příprava roztoků – ředění, úprava a měření pH

-      příprava růstových médií a ploten

 

2. Technika a barvení suchých nátěrů, manipulace s laboratorní myší

Teoretická část:

-      parazitičtí prvoci přenášení hmyzem; použití laboratorních zvířat v parazitologii a mikrobiologii

Praktická část:

-      krevní roztěr infekcí Trypanosoma bruceiPlasmodium berghei

-      tlustá kapka - diagnostika Plasmodium berghei

-      barvení suchých nátěrů metodou Giemsy-Romanowského, rychlé barvení Dade Diff-Quik

-      manipulace s laboratorní myší, nácvik IP inokulace 

 

3. Klonování, kvantitativní práce s prvoky 

Teoretická část:

-      růst mikrobiálních kultur; růstová křivka, výpočet generační doby; metody klonování, colony-forming efficiency

Praktická část:

-      práce s Burkerovou počítací komůrkou

-      výpočet množství buněk 

-      manipulace s tekutými médii, nácvik pasážování kultur

-      izolace klonů metodou mezního ředění (Trichomonas vaginalis)

 

4. Kultivační techniky

Teoretická část:

-      typy mikrobiálních kultur; složky kultivačních médií; postupy při kryoprezervaci prvoků

Praktická část:

-      vyhodnocení klonovacího  pokusu

-      axenizace prvoků, výroba migrační rourky

-      zmražovací techniky, kryoprezervace prvoků, demonstrace kryobanky

 

5. Koprologie

Teoretická část:

-      zásady sběru materiálu, hygiena, pomůcky, kalibrace okuláru, přehled metod

Praktická část:

-      koprologické vyšetření pomocí flotace, sedimentace, larvoskopie 

 

6. ELISA

Teoretická část:

-      princip, využití v diagnostice

Praktická část:

-      test na přítomnost protilátek proti Toxoplasma gondii

 

7. Nukleové kyseliny I

Teoretická část:

-      struktura DNA (párování bazí), princip izolace DNA pomocí silikátové kolony, princip izolace DNA/RNA pomocí TRIzol Reagent, kontrola integrity RNA

 

Praktická část:

-      izolace DNA – silikátové kolony

-      precipitace DNA

-      stanovení koncentrace DNA

 

8. Nukleové kyseliny II

Teoretická část:

-      princip PCR, modulace PCR (nested PCR, RT-PCR, q-PCR, multiplex PCR), princip Sangerovy sekvenace

Praktická část:

-      příprava reakce PCR, nastavení thermo cycleru

-      gelová elektroforéza

-      extrakce DNA z gelu

 

9. Rekombinantní proteiny I

Teoretická část:

-      princip exprese cizorodého proteinu v bakteríální buňce, princip proteinové elektroforézy SDS PAGE

Praktická část:

-      kryoprezervace bakterií

-      elektroforetické stanovení proteinového profilu bakteriální kolonie pomocí – SDS PAGE (test solubility proteinu)

 

10. Rekombinantní proteiny II

Teoretická část:

-      izolace rekombinantního proteinu za nativních a denaturujících podmínek, princip izolace proteinu značeného histidinovou kotvou 

Praktická část:

-      izolace rekombinantního proteinu pomocí afinitní chromatografie (His-Tag)

-      stanovení koncentrace rekombinantního proteinu

 

11.  Hmotnostní spektrometrie, imunoblot 

Teoretická část:

-      využití hmotnostní spektrometrie při analýze biologických vzorků (diagnostika, identifikace rekombinantních proteinů, analýza proteomu), příprava vzorku na analýzu

-      imunoblot – diagnostické využití, identifikace rekombinantních proteinů 

Praktická část:

-      imunoblot – identifikace proteinu značeného histidinovou kotvou

Poslední úprava: Leontovyč Roman, Mgr., Ph.D. (18.03.2019)
 
Univerzita Karlova | Informační systém UK