PředmětyPředměty(verze: 964)
Předmět, akademický rok 2024/2025
   Přihlásit přes CAS
Drug design - MB151P98
Anglický název: Drug design
Český název: Návrh léčiv
Zajišťuje: Katedra buněčné biologie (31-151)
Fakulta: Přírodovědecká fakulta
Platnost: od 2024
Semestr: zimní
E-Kredity: 4
Způsob provedení zkoušky: zimní s.:kombinovaná
Rozsah, examinace: zimní s.:2/2, Z+Zk [DS]
Počet míst: 30
Minimální obsazenost: 5
4EU+: ne
Virtuální mobilita / počet míst pro virtuální mobilitu: ne
Stav předmětu: vyučován
Jazyk výuky: angličtina
Poznámka: povolen pro zápis po webu
Garant: RNDr. Mgr. Martin Lepšík, Ph.D.
Vyučující: RNDr. Mgr. Martin Lepšík, Ph.D.
doc. Ing. Václav Veverka, Ph.D.
Anotace -
Jednosemestrální praktický kurs (přednášky a cvičení) v angličtině je zaměřen na získání přehledu a praktických
dovedností v používání výpočetních metod pro moderní návrh léčiv. Je s výhodou, pokud frekventanti tohoto kursu
absolvovali přednášky o struktuře a funkci biomolekul, obecné chemii a použití počítačů k vědecké práci. Určeno
pro studenty 1. a 2. ročníku navazujícího magisterského studia (příp. pro 3. ročník bakalářského studia) a pro
postgraduální (Ph.D.) studenty včetně lékařských oborů.

V kurzu budou probírána následující témata:
1. Objevování nových biologicky aktivních látek
2. Struktura, dynamika a interakce v komplexech biomolekul s ligandy
3. Biologicky aktivní látky, jejich vlastnosti a interakce
4. Dokování, molekulová mechanika, dynamika, skórování
5. Návrh léků založený na ligandech



Poslední úprava: Šebková Nataša, RNDr., Ph.D. (16.04.2024)
Literatura -

Obsah přednášky je částečně pokryt v následujících knihách:

Základní: Young, D.C. Computational Drug Design. Wiley, 2009.

Krogsgaard-Larsen, P; Stromgaard, K; Madsen, U. Textbook of Drug Design and Discovery, 4th ed., CRC Press, 2010.

Doporučená: Young D.C. Computational Chemistry, a Practical Guide for Applying Techniques to Real World Problems. Wiley, 2001.

Doporučená: Leach AR. Molecular Modelling - Principles and Applications (2 edition). Pearson Education, 2001.

Doporučená: Alvarez, J. & Shoichet B. (Eds.). Virtual Screening in Drug Discovery. Taylor&Francis, 2005.

Poslední úprava: Šebková Nataša, RNDr., Ph.D. (16.04.2024)
Požadavky ke zkoušce -

Zkouška je hodnocena 4 kredity.

PROJEKT: Studenti si vyberou téma z praktických cvičení a vypracují malý projekt. Nutné pro připuštění ke zkoušce.

ZKOUŠKA se skládá z otázek na témata probíraná na přednáškách.

Poslední úprava: Šebková Nataša, RNDr., Ph.D. (16.04.2024)
Sylabus -
Témata přednášek:
1. Molekulární medicína, biomolekulární terapeutické cíle, návrh a objevování léků (ML)

2. Struktura a dynamika biomolekulárních cílů (proteiny, nukleové kyseliny) (VV)

3. Metody strukturní biologie (rentgenová krystalografie, NMR, cryo-EM, AlphaFold) (VV)

4. Praktické cvičení: Vizualizace a návrh ligandů v PyMolu (ML)

5. Vlastnosti nízkomolekulárních léků (ML)

6. Návrh léků založený na struktuře cíle (virtuální prohledávání knihoven látek, dokování,

skórování) (ML)

8. Praktické cvičení: Dokování - AceDock (ML)

9. Návrh léků založený na ligandech - chemiinformatika, QSAR, farmakofory, ADMET, (ML)

11. Biologická léčiva (VV)

12. Příklad z praxe farmaceutického vývoje (ZH)

Poslední úprava: Šebková Nataša, RNDr., Ph.D. (16.04.2024)
 
Univerzita Karlova | Informační systém UK