|
|
|
||
Poslední úprava: doc. RNDr. Karel Houfek, Ph.D. (13.05.2022)
|
|
||
Poslední úprava: doc. RNDr. Karel Houfek, Ph.D. (13.05.2022)
Zápočet se uděluje za řešení zadaných úloh. Zkouška je ústní. |
|
||
Poslední úprava: doc. RNDr. Milan Předota, Ph.D. (06.10.2020)
I. Nezbeda, J. Kolafa, M. Kotrla, Úvod do počítačových simulací: Metody Monte Carlo a molekulární dynamiky, Karolinum 2003
D. Landau, K. Binder, A Guide to Monte Carlo Simulations in Statistical Physics, Cambridge University Press 2002
M.E.J. Newman, G.T. Barkema, Monte Carlo Methods in Statistical Physics, Oxford University Press 2002
D. Frenkel, B. Smit, Understanding molecular simulation, Academic Press, San Diego, USA 2002 |
|
||
Poslední úprava: doc. RNDr. Karel Houfek, Ph.D. (12.05.2023)
Požadavky k ústní zkoušce odpovídají sylabu, v detailech pak tomu, co bylo během semestru odpřednášeno. Zkouška se skládá za dvou částí: otázka o Monte Carlo simulacích a otázka o molekulárně dynamických simulacích. Známka se stanoví na základě hodnocení obou částí případně s přihlédnutím k výsledkům zápočtovým pracím, v případě nejednoznačného výsledku je možno položit doplňující otázku.
Nutným předpokladem pro zkoušku je získání zápočtu. Zápočet se uděluje na základě písemných protokolů o řešení zadaných úloh. |
|
||
Poslední úprava: doc. RNDr. Karel Houfek, Ph.D. (12.05.2023)
Možnosti a principy počítačových simulací, počítačový experiment, typy simulací, charakteristika metod molekulární dynamiky (MD) a Monte Carlo (MC), historický přehled, příklady a současné možnosti, popis systému mnoha částic, mřížové a spojité modelové systémy, mezimolekulární síly. Základy metody MC Integrace pomocí MC, matematická formulace problému, Markovovy řetězce, naivní a preferenční vzorkování, určení matice přechodu, Metropolisova metoda, realizace jednoho kroku, generování náhodných čísel, okrajové podmínky. MC simulace mřížových modelů Určení prahu perkolace, náhodné procházky, Hoshenův-Kopelmanův algoritmus pro výpočet rozdělení klastrů, Isingův model - Metropolisův vs. klastrový Wolfův algoritmus, Heisenbergův model - Binderovy kumulanty. MC simulace jednoduchých modelů kapalin Výpočet radiální distribuční funkce a strukturního faktoru, aplikace: kapalina tuhých koulí a Lennardova-Jonesova kapalina, technické detaily: zlomek přijetí, optimalizace a odhady chyb. Základy metody MD Pohybové rovnice, Verletův a Gearovy integrátory, měření v MD, teplota v MD, okrajové podmínky pro spojité systémy. Realizace MD Volba integrátoru a integračního kroku, dosah potenciálu vs. velikost systému, aplikace: částice v homogenním a radiálním gravitačním poli, homogenní Lennardova-Jonesova kapalina. Simulace v různých souborech MC: NPT soubor, grandkanonický soubor, neboltzmannovské vzorkování konfiguračního prostoru; MD: simulace při konstantní teplotě přeškálováním rychlostí, frikční termostat, simulace při konstantním tlaku. |