Textové algoritmy - NTIN087

• Anglický název: String Algorithms
• Zajišťuje: Katedra softwaru a výuky informatiky (32-KSVI)
• Fakulta: Matematicko-fyzikální fakulta
• Platnost: od 2015
• Semestr: zimní
• E-Kredity: 3
• Rozsah, examinace: zimní s.:2/0, Zk [HT]
• Počet míst: neomezen
• Minimální obsazenost: neomezen
• Virtuální mobilita / počet míst pro virtuální mobilitu: ne
• Stav předmětu: vyučován
• Jazyk výuky: čeština, angličtina
• Způsob výuky: prezenční
• Způsob výuky: prezenční
• Další informace: http://ksvi.mff.cuni.cz/~dvorak/vyuka/NTIN087/
• Garant: doc. RNDr. Tomáš Dvořák, CSc.
• Třída: Informatika Mgr. - Teoretická informatika
• Kategorizace předmětu: Informatika > Teoretická informatika

Anotace

čeština

Poslední úprava: T_KSVI (04.05.2015)

Přednáška podává přehled algoritmů a datových struktur pro efektivní vyhledávání vzorků a opakujících se částí textu s aplikacemi. • Úvod do stringologie • Datové struktury: sufixový strom a jeho varianty, sufixové pole • Přesné a přibližné vyhledávání vzorků v textu • Určování vzdálenosti slov a problém nejdelší společné podposloupnosti • Vyhledávání podle regulárních výrazů • Aplikace v bioinformatice a kompresi dat

angličtina

Poslední úprava: T_KSVI (23.05.2006)

A survey of algorithms and data structures for efficient computation of patterns in strings with applications.

Podmínky zakončení předmětu

čeština

Poslední úprava: doc. RNDr. Tomáš Dvořák, CSc. (13.10.2017)

Předmět je zakončen ústní zkouškou. Otázky, které jsou u zkoušky pokládány, čerpají z témat, uvedených v sylabu předmětu, a to v rozsahu, v němž jsou tato témata probírána na přednášce.

angličtina

Poslední úprava: doc. RNDr. Tomáš Dvořák, CSc. (13.10.2017)

The course is concluded with an oral exam. Questions posed in the exam explore the topics included in the syllabus to the extent that these topics are covered in lectures.

Literatura

čeština

Poslední úprava: doc. RNDr. Tomáš Dvořák, CSc. (03.10.2022)

M. Crochemore, C. Hancart, T. Lecroq, Algorithms on Strings, Cambridge University Press, 2014.

M. Crochemore, T. Lecroq, W. Rytter, 
125 Problems in Text Algorithms, 
Cambridge University Press, 2021

G. Navarro, M. Raffinot, Flexible Pattern Matching in Strings: Practical On-Line Search Algorithms for Texts and Biological Sequences, Cambridge University Press, 2007.

W. Smyth, Computing Patterns in Strings, Addison Wesley, 2003.

Sylabus

čeština

Poslední úprava: doc. RNDr. Tomáš Dvořák, CSc. (13.10.2017)

Úvod do stringologie

Datové struktury: sufixový strom a jeho varianty, sufixové pole, sufixové automaty

Přesné a přibližné vyhledávání vzorků v textu

Určování vzdálenosti slov a problém nejdelší společné podposloupnosti

Vyhledávání podle regulárních výrazů

Aplikace v bioinformatice a kompresi dat

angličtina

Poslední úprava: doc. RNDr. Tomáš Dvořák, CSc. (13.10.2017)

Introduction to string algorithms

Data structures: suffix tree and its variants, suffix array, suffix automata

Exact and approximate pattern matching

String distance and the longest common subsequence

Regular expression matching

Applications in bioinformatics and data compression

Vstupní požadavky

Poslední úprava: T_KSVI (04.05.2015)

Knowledge at the level of the subjects Algorithms and Data Structures I and II, Automata and Grammars.