PředmětyPředměty(verze: 878)
Předmět, akademický rok 2020/2021
  
Simulation and Theory of Biological and Soft Matter Systems II - Interfaces, Self-Assembly and Networks - NMMO568
Anglický název: Simulation and Theory of Biological and Soft Matter Systems II - Interfaces, Self-Assembly and Networks
Zajišťuje: Matematický ústav UK (32-MUUK)
Fakulta: Matematicko-fyzikální fakulta
Platnost: od 2020
Semestr: letní
E-Kredity: 3
Rozsah, examinace: letní s.:2/0 Zk [hodiny/týden]
Počet míst: neomezen
Minimální obsazenost: neomezen
Stav předmětu: vyučován
Jazyk výuky: angličtina
Způsob výuky: prezenční
Garant: Christoph Allolio, Ph.D.
Třída: M Mgr. MOD > Volitelné
Mat. modelování
Kategorizace předmětu: Matematika > Matematické modelování ve fyzice
Anotace -
Poslední úprava: doc. Mgr. Petr Kaplický, Ph.D. (02.06.2020)
Přednáška se zabývá biologickými systémy z mezoskopického a makroskopického pohledu. Je úvodem do teorie rozhraní, membrán a samouspořádávání a představuje některé fenomenologické modely biologických systémů. Kurz je vhodný pro magisterské studenty matematicko-fyzikální a přírodovědecké fakulty a bude probíhat v angličtině. Lze jej absolvovat nezávisle na první části kurzu.
Literatura - angličtina
Poslední úprava: doc. Mgr. Petr Kaplický, Ph.D. (02.06.2020)

Israelachvili, Jacob N: Intermolecular and Surface Forces.

Stryer L, Berg JM, Tymoczko JL (2007): Biochemistry.

Sylabus - angličtina
Poslední úprava: doc. Mgr. Petr Kaplický, Ph.D. (02.06.2020)
  • Introduction to the cell (an Overview)
  • Contents of the cell
  • Structure and function of important organelles
  • Selected biochemical mechanisms and pathways
  • Gene transcription and translation
  • Vesicle trafficking
  • Biointerfaces
  • Interfaces in solution
  • Lifshitz theory
  • Charge: Poisson-Boltzmann equation
  • Success and limits of DLVO theory
  • Hydration forces
  • Surface tension and the Gibbs isotherm
  • Depletion forces
  • Self-Assembly
  • Surfactants and their phase diagrams
  • Lipid membranes
  • Helfrich theory
  • Phases in lipid membranes
  • Membrane proteins
  • Simulation of interfaces
  • Coarse-grained molecular simulations
  • Continuum models and their parameters
  • Lattice models
  • The protein expression point of view
  • Expression analysis
  • Gene regulatory networks, metabolic networks
  • Modeling via ODEs
  • Modeling via stochastic processes
  • Examples in current research
  • The top-down point of view
  • Phenomenological cell models
  • Epidemiological models
  • Swarm behavior
  • Social interactions and Ising models

 
Univerzita Karlova | Informační systém UK