PředmětyPředměty(verze: 916)
Předmět, akademický rok 2022/2023
   Přihlásit přes CAS
Simulation and Theory of Biological and Soft Matter Systems II - Interfaces, Self-Assembly and Networks - NMMO568
Anglický název: Simulation and Theory of Biological and Soft Matter Systems II - Interfaces, Self-Assembly and Networks
Zajišťuje: Matematický ústav UK (32-MUUK)
Fakulta: Matematicko-fyzikální fakulta
Platnost: od 2021
Semestr: letní
E-Kredity: 3
Rozsah, examinace: letní s.:2/0, Zk [HT]
Počet míst: neomezen
Minimální obsazenost: neomezen
Virtuální mobilita / počet míst: ano / neomezen
Kompetence: 4EU+ Flagship 3
Stav předmětu: vyučován
Jazyk výuky: angličtina
Způsob výuky: prezenční
Garant: Christoph Allolio, Ph.D.
Třída: M Mgr. MOD > Volitelné
Mat. modelování
Kategorizace předmětu: Matematika > Matematické modelování ve fyzice
Anotace -
Poslední úprava: doc. Mgr. Petr Kaplický, Ph.D. (02.06.2020)
Přednáška se zabývá biologickými systémy z mezoskopického a makroskopického pohledu. Je úvodem do teorie rozhraní, membrán a samouspořádávání a představuje některé fenomenologické modely biologických systémů. Kurz je vhodný pro magisterské studenty matematicko-fyzikální a přírodovědecké fakulty a bude probíhat v angličtině. Lze jej absolvovat nezávisle na první části kurzu.
Literatura - angličtina
Poslední úprava: doc. Mgr. Petr Kaplický, Ph.D. (02.06.2020)

Israelachvili, Jacob N: Intermolecular and Surface Forces.

Stryer L, Berg JM, Tymoczko JL (2007): Biochemistry.

Sylabus - angličtina
Poslední úprava: Christoph Allolio, Ph.D. (28.07.2021)
  • Introduction to the cell (an Overview)
  • Contents of the cell
  • Structure and function of important organelles
  • Selected biochemical mechanisms and pathways
  • Gene transcription and translation
  • Vesicle trafficking
  • Biointerfaces
  • Interfaces in solution
  • Lifshitz theory
  • Charge: Poisson-Boltzmann equation
  • Success and limits of DLVO theory
  • Hydration forces
  • Surface tension and the Gibbs isotherm
  • Depletion forces
  • Self-Assembly
  • Surfactants and their phase diagrams
  • Lipid membranes
  • Helfrich theory
  • Phases in lipid membranes
  • Membrane proteins
  • Simulation of interfaces
  • Coarse-grained molecular simulations
  • Continuum models and their parameters
  • Lattice models
  • The protein expression point of view
  • Expression analysis
  • Gene regulatory networks, metabolic networks
  • Modeling via ODEs
  • Modeling via stochastic processes
  • Examples in current research
  • The top-down point of view
  • Phenomenological cell models
  • Epidemiological models
  • Swarm behavior
  • Social interactions and Ising models

Means of Instruction:

The entire class, its materials as the final exercise will be provided online for those students that wish to take the course online. The course

will be weekly from the start of the summer semester. To acquire the credits, students will need to successfully complete an exercise project at home.

 
Univerzita Karlova | Informační systém UK