PředmětyPředměty(verze: 809)
Předmět, akademický rok 2017/2018
   Přihlásit přes CAS
Bioinformatické algoritmy, databáze a nástroje - NDBI044
Anglický název: Algorithms, databases and tools in bioinformatics
Zajišťuje: Katedra softwarového inženýrství (32-KSI)
Fakulta: Matematicko-fyzikální fakulta
Platnost: od 2017
Semestr: zimní
E-Kredity: 6
Rozsah, examinace: zimní s.:2/2 Z+Zk [hodiny/týden]
Počet míst: neomezen
Minimální obsazenost: neomezen
Stav předmětu: vyučován
Jazyk výuky: čeština
Způsob výuky: prezenční
Garant: RNDr. David Hoksza, Ph.D.
Anotace
Poslední úprava: T_KSI (18.04.2015)

Přednáška představí studentům oblast bioinformatiky soustřeďující se na výzkum v oblasti základních stavebních a funkčních jednotek organismů - DNA, RNA a proteinů. Studenti se dozví, jaké existují hlavní repositáře souvisejících biologických dat, jak s těmtito daty pracovat. Budou představeny hlavní podobnostní modely spolu s algoritmy postavenými nad DNA/RNA/proteiny přispívající k výzkumu v oblastech jako je hmostnosní spektrometrie, zjišťování funkce proteinů, predikce struktury využívané např. při vývoji léčiv a dalších.
Podmínky zakončení předmětu
Poslední úprava: RNDr. David Hoksza, Ph.D. (02.10.2017)

Zápočtový program. Zkouška.

Literatura
Poslední úprava: T_KSI (18.04.2015)

  • Z: Zvelebil, M., Baum J.: Understanding Bioinformatics, Garland Science; 1 edition, 2007, 0815340249
  • Z: Durbin, R., et al.: Biological Sequence Analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids, Cambridge University Press, 1998, 0521629713
  • D: Mount, D.W.: Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis, Second Edition, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2004, 0879696087
  • D: Gusfield, D.: Algorithms on Strings, Trees and Sequences - Computer Science and Computational Biology, Cambridge University Press, 1997, 0521585198
  • D: Jones, N.C., Pevzner, P.A.: An Introduction to Bioinformatics Algorithms, The MIT Press, 2004, 0262101068

Sylabus
Poslední úprava: RNDr. David Hoksza, Ph.D. (09.05.2017)

Upozornění: v akademickém roce 2017/2018 bude vyučováno blokově.

  • Úvod. Existující nukleotidové a proteinové databáze.
  • Sekvenční podobnost DNA a RNA.
  • Sekvenční podobnost proteinů.
  • Vyhledávání motivů v DNA.
  • Vícenásobná sekvenční podobnost.
  • Fylogenetické stromy.
  • Efektivní vyhledávání v databázích DNA, RNA a proteinových sekvencí.
  • Algoritmy pro hmotnostní spektrometrii.
  • Algoritmy pro podobnost proteinových struktur
  • Algoritmy pro podobnost RNA struktur
  • Predikce RNA struktury.
  • Predikce proteinové struktury.

 
Univerzita Karlova | Informační systém UK