PředmětyPředměty(verze: 845)
Předmět, akademický rok 2018/2019
   Přihlásit přes CAS
Molekulární dynamika: základy - NBCM346
Anglický název: Molecular dynamics: the fundamentals
Zajišťuje: Fyzikální ústav UK (32-FUUK)
Fakulta: Matematicko-fyzikální fakulta
Platnost: od 2018 do 2018
Semestr: zimní
E-Kredity: 3
Rozsah, examinace: zimní s.:2/1 Z+Zk [hodiny/týden]
Počet míst: neomezen
Minimální obsazenost: neomezen
Stav předmětu: vyučován
Jazyk výuky: čeština, angličtina
Způsob výuky: prezenční
Garant: RNDr. Ondřej Maršálek, Ph.D.
Anotace -
Poslední úprava: prof. RNDr. Marek Procházka, Ph.D. (28.01.2019)
Molekulární dynamika se stala mocným nástrojem moderní fyziky a chemie, který je nepostradatelný pro naše pochopení komplexních molekulárních systémů a kondenzované fáze obecně. Tato přednáška představuje metodiku molekulární dynamiky s důrazem na její základy v klasické mechanice a statistické mechanice. Materiál je ilustrován příklady z aktuálního výzkumu. Cvičení nabízí příležitost ihned aplikovat obsah přednášek v praktických simulacích.
Literatura -
Poslední úprava: prof. RNDr. Marek Procházka, Ph.D. (28.01.2019)

● Tuckerman - Statistical Mechanics

● Allen, Tildesley - Computer Simulation of Liquids

● Frenkel, Smit - Understanding Molecular Simulation

Sylabus -
Poslední úprava: prof. RNDr. Marek Procházka, Ph.D. (28.01.2019)

● Statistická mechanika jako základ MD

● Liouvillův operátor, numerické propagátory v MD

● Molekulární interakce - silová pole, ab initio metody

● Termodynamické soubory, termostaty and barostaty

● Rovnovážné statické vlastnosti z molekulární dynamiky, souvislost s termodynamikou

● Přenos energie, lokální a globální termostaty

● Teorie lineární odezvy a dynamické vlastnosti

● Constraints a restraints

● Vnější potenciály a nerovnovážné simulace

 
Univerzita Karlova | Informační systém UK