Úvod do studia struktury proteinů - NBCM308

• Anglický název: Introduction to Protein Structure Studies
• Zajišťuje: Fyzikální ústav UK (32-FUUK)
• Fakulta: Matematicko-fyzikální fakulta
• Platnost: od 2011
• Semestr: letní
• E-Kredity: 3
• Rozsah, examinace: letní s.:2/0, Zk [HT]
• Počet míst: neomezen
• Minimální obsazenost: neomezen
• 4EU+: ne
• Virtuální mobilita / počet míst pro virtuální mobilitu: ne
• Stav předmětu: vyučován
• Jazyk výuky: čeština
• Způsob výuky: prezenční
• Způsob výuky: prezenční
• Další informace: http://biomolecules.mff.cuni.cz/Kopecky_Vladimir/courses/
• Garant: RNDr. Vladimír Kopecký, Ph.D.

Anotace

čeština

Poslední úprava: T_FUUK (12.05.2005)

Přednáška uvede posluchače do světa proteinů a seznámí je se základními technikami, teoretickými i experimentálními, užívanými při studiu proteinů. Důraz je kladen na praktické užití těchto metod ve výzkumu proteinů. Vhodné pro studenty biofyziky, chemické fyziky, biochemie či molekulární biologie.

angličtina

Poslední úprava: T_FUUK (12.05.2005)

The lecture brings in students to the world of proteins and it introduces the basic techniques, theoretical and experimental, used in study of proteins. Emphasis on practical usage of these techniques in protein research will be made. The lecture is useful for students of biophysics, chemical physics, biochemistry and molecular biology.

Cíl předmětu

čeština

Poslední úprava: VLADIK/MFF.CUNI.CZ (23.05.2008)

Cílem předmětu je seznámit posluchače s praktickými experimentálními i teoretickými přístupy vedoucími k získání informace o struktuře proteinů.

angličtina

Poslední úprava: VLADIK/MFF.CUNI.CZ (23.05.2008)

The goal of the lectures is to give an introduction to practical experimental and theoretical methods which can lead to relevant information on protein structure.

Podmínky zakončení předmětu

čeština

Poslední úprava: RNDr. Vladimír Kopecký, Ph.D. (30.10.2019)

Zkoušku konají studenti ústní formou.

angličtina

Poslední úprava: RNDr. Vladimír Kopecký, Ph.D. (30.10.2019)

Oral exam.

Literatura

čeština

Poslední úprava: T_FUUK (12.05.2005)

C. Branden, J. Tooze: Introduction to protein structure, Garland Publishing, New York 1991.

H. A. Havel (ed.): Spectroscopic methods for determining protein structure in solution, VCH Publishers, New York 1996.

A. A. Rees, M. J. E. Sternberg, R. Wetzel (eds.): Protein engineering - a practical approach, Oxford University Press, Oxford 1992.

M. J. E. Sternberg (ed.): Protein structure prediction - a practical approach, Oxford University Press, Oxford 1996.

D. R. Westhead, J. H. Parish, R. M. Twyman: Bioinformatics, BIOS Scientific Publishers, Oxford 2002.

angličtina

Poslední úprava: VLADIK/MFF.CUNI.CZ (23.05.2008)

C. Branden, J. Tooze: Introduction to protein structure, Garland Publishing, New York 1991.

H. A. Havel (ed.): Spectroscopic methods for determining protein structure in solution, VCH Publishers, New York 1996.

A. A. Rees, M. J. E. Sternberg, R. Wetzel (eds.): Protein engineering - a practical approach, Oxford University Press, Oxford 1992.

M. J. E. Sternberg (ed.): Protein structure prediction - a practical approach, Oxford University Press, Oxford 1996.

D. R. Westhead, J. H. Parish, R. M. Twyman: Bioinformatics, BIOS Scientific Publishers, Oxford 2002.

Metody výuky

čeština

Poslední úprava: RNDr. Vladimír Kopecký, Ph.D. (16.02.2022)

Přednášky budou probíhat prezenční formou. Nadále však budou k dispozici v prostředí Microsoft Teams (kód týmu: ualwrfl).

angličtina

Poslední úprava: VLADIK/MFF.CUNI.CZ (23.05.2008)

Lecture

Požadavky ke zkoušce

čeština

Poslední úprava: RNDr. Vladimír Kopecký, Ph.D. (17.10.2017)

Zkoušku konají studenti ústní formou.

angličtina

Poslední úprava: RNDr. Vladimír Kopecký, Ph.D. (30.10.2019)

Oral exam.

Sylabus

čeština

Poslední úprava: T_FUUK (12.05.2005)

Primární, sekundární, terciární a kvartérní struktura proteinů. Proteinové motivy a domény. Struktura a funkce význačných typů proteinů (např. proteiny vážící DNA či nukleotidy, virální a membránové proteiny, etc.). Biochemické metody užívané při studiu proteinů. Hmotnostní spektroskopie proteinů. Užití cirkulárního dichroismu, fluorescenční spektroskopie, UV-VIS spektroskopie, spektroskopie dynamického rozptylu, Ramanovy nerezonanční a rezonanční spektroskopie, infračervené spektroskopie a vibračního cirkulárního dichroismu při studiu proteinů. Počítačové databáze užitečné při studiu proteinů. Počítačové modelování proteinů. Stanovení struktury proteinů pomocí NMR spektroskopie a pomocí rentgenostrukturní analýzy.

angličtina

Poslední úprava: T_FUUK (12.05.2005)

Primary, secondary, tertiary and quaternary structure of proteins. Protein motives and domains. Structure and function of important types of proteins (e.g. proteins bind DNA or nucleotides, viral or membrane proteins, etc.). Biochemical methods used in study of proteins. Mass spectroscopy of proteins. Usage of circular dichroism, fluorescence spectroscopy, UV-VIS spectroscopy, dynamic light scattering spectroscopy, Raman nonrezonance and resonance spectroscopy, infrared spectroscopy and vibrational circular dichroism in study of proteins. Computer databases useful in study of proteins. Computer modeling of proteins. Assignment of protein structure by means of NMR and X-ray analysis.