PředmětyPředměty(verze: 916)
Předmět, akademický rok 2022/2023
   Přihlásit přes CAS
Pokročilé metody molekulové dynamiky - NBCM131
Anglický název: Advanced Methods in Molecular Dynamics
Zajišťuje: Katedra chemické fyziky a optiky (32-KCHFO)
Fakulta: Matematicko-fyzikální fakulta
Platnost: od 2015
Semestr: zimní
E-Kredity: 3
Rozsah, examinace: zimní s.:2/0, Zk [HT]
Počet míst: neomezen
Minimální obsazenost: neomezen
Virtuální mobilita / počet míst: ne
Stav předmětu: vyučován
Jazyk výuky: čeština
Způsob výuky: prezenční
Garant: prof. Mgr. Pavel Jungwirth, CSc., DSc.
Anotace -
Poslední úprava: prof. RNDr. Marek Procházka, Ph.D. (28.01.2019)
Předmět je vhodný zejména pro magisterské studenty a doktorandy na MFF UK a PřF UK. Doporučena je předchozí znalost základů molekulových simulací, kvantové mechaniky a statistické termodynamiky. Přednáška zahrnuje kromě teoretického výkladu také četbu a diskusi odborných publikací.
Literatura
Poslední úprava: prof. RNDr. Marek Procházka, Ph.D. (28.01.2019)

D. Chandler: Introduction to modern statistical mechanics Oxford University Press, Oxford, 1987.

D. Frenkel: Introduction to Monte Carlo Methods NIC series 2004, 23, 29.

A. F. Voter: Introdution to kinetic Monte Carlo, in Radiation Effects in Solids, Springer 2005, p. 1-23.

A. R. Leach Molecular Modelling AIP, Dorchester, 2001.

D. Marx and J. Hutter: Ab initio molecular dynamics, NIC series 2000, 1, 301.

G. C. Schatz & M. A. Ratner Quantum mechanics in chemistry (Chapter 9) Prentice Hall, London, 1993.

P. Jungwirth: Klasická a kvantová molekulová dynamika http://jungwirth.uochb.cas.cz/courses.php

Sylabus -
Poslední úprava: prof. RNDr. Marek Procházka, Ph.D. (28.01.2019)

1. Pokročilé metody Monte Carlo. Kanonické a grandkanonické MC. Kinetické MC.

2. Pokročilé metody vzorkování fázového prostoru. Termodynamická integrace. Poruchová metoda. „Deštníkové“ vzorkování. Potenciál střední síly. Metadynamika. Metoda Jarzynského.

3. Ab initio molekulová dynamika. Car-Parrinellova vs. Born-Oppenheimerova dynamika. DFT metody. Funkce báze.

4. Kvantové molekulové dynamiky. Vlnový balík pro popis pohybu jader. Adiabatická separace pohybu jader a elektronů. Počáteční kvantový stav systému. Numericky přesná integrace časové Schrodingerovy. Aproximativní metody pro mnohačásticové systémy.

5. Metody analýzy trajektorií.

 
Univerzita Karlova | Informační systém UK