Poslední úprava: RNDr. Petr Man, Ph.D. (05.02.2021)
Přednáška probírá některé moderní metody proteinového výzkumu se silným důrazem na strukturní a afinitní proteomiku. Podrobně jsou probírány kapitoly z proteinové chemie a modifikací proteinů, řešení proteinových interakcí a strukturních změn pomocí chemického sítění, vodík/deuteriové výměny, oxidativního značení a nativní hmotnostní spektrometrie. Dále je probíráno jak tato data bioinformaticky zpracovat do podoby strukturních modelů.
Před touto přednáškou je vhodné absolvovat kurz "Proteomika a metody studia primární struktury biopolymerů" (MC250P60N), který se věnuje základům biologické hmotnostní spektrometrie.
Lectures are delivered in Czech to Czech students. For Erasmus students the lectures are in English. Depending on the number of students enrolled for the course, it can be arranged as regular or irregular (colloquium, consultations) lectures.
Přednáška probíhá v češtině, pro Erasmus studenty v angličtině. V závislosti na počtu přihlášených je možné upravit styl přednášky i místo konání.
Poslední úprava: RNDr. Petr Man, Ph.D. (05.02.2021)
This lecture deals with the modern methods of protein research. It focuses on structural and affinity proteomics, including methods of chemical cross-linking, oxidative labelling, hydrogen/deuterium exchange and native mass spectrometry. It is also explained how to further process the data using bioinformatic approaches and build or correct structural protein models.
Lectures are delivered in Czech to Czech students. For Erasmus students the lectures are in English. Depending on the number of students enrolled for the course, it can be arranged as regular or irregular (colloquium, consultations) lectures.
Literatura -
Poslední úprava: MAN/NATUR.CUNI.CZ (21.02.2012)
Shan S. Wong - Chemistry of protein conjugation and cross-linking, CRC Press
Greg T. Hermanson - Bioconjugate Techniques, Elsevier
Methods in Enzymology - Biological Mass Spectrometry
T. E. Creighton - Protein Structure, A practical approach, IRL Press
Marc R. Wilkins - Proteome Research, Concept, technology and Application, Springer
John M. Walker - The protein Protocols Handbook, Humana Press
...
vybrané tituly ze série Methods in Molecular Biology Humana Press
vol. 61 - Protein and Peptide Analysis by Mass Spectrometry
vol. 64 - Protein Sequencing Protocols
vol. 146 - Mass spectrometry of proteins and peptides
vol. 194 - Posttranslational Modifications of proteins
vol. 244 - Protein Purification Protocols
vol. 251 - HPLC of Peptides and Proteins
vol. 261 - Protein-Protein Interactions
vol. 367 - Mass Spectrometry Data Analysis in Proteomics
vol. 446 - Post-Translational Modifications of Proteins
Poslední úprava: RNDr. Petr Man, Ph.D. (20.01.2018)
Shan S. Wong - Chemistry of protein conjugation and cross-linking, CRC Press Greg T. Hermanson - Bioconjugate Techniques, Elsevier Methods in Enzymology - Biological Mass Spectrometry T. E. Creighton - Protein Structure, A practical approach, IRL Press Marc R. Wilkins - Proteome Research, Concept, technology and Application, Springer John M. Walker - The protein Protocols Handbook, Humana Press ... selected titles from Methods in Molecular Biology Humana Press vol. 61 - Protein and Peptide Analysis by Mass Spectrometry vol. 64 - Protein Sequencing Protocols vol. 146 - Mass spectrometry of proteins and peptides vol. 194 - Posttranslational Modifications of proteins vol. 244 - Protein Purification Protocols vol. 251 - HPLC of Peptides and Proteins vol. 261 - Protein-Protein Interactions vol. 367 - Mass Spectrometry Data Analysis in Proteomics vol. 446 - Post-Translational Modifications of Proteins
Požadavky ke zkoušce -
Poslední úprava: RNDr. Petr Man, Ph.D. (05.02.2021)
Písemná zkouška následovaná ústní zkouškou. Konzultace po domluvě (nejlépe e-mailem) : petr.man @ natur.cuni.cz
Poslední úprava: RNDr. Petr Man, Ph.D. (05.02.2021)
Written exam with possible oral examination.
for consultation please use e-mail : petr.man @ natur.cuni.cz
Sylabus -
Poslední úprava: RNDr. Petr Man, Ph.D. (19.02.2019)
