Přednáška probírá některé moderní metody proteinového výzkumu se silným důrazem na strukturní a afinitní proteomiku. Podrobně jsou probírány kapitoly z proteinové chemie a modifikací proteinů, řešení proteinových interakcí a strukturních změn pomocí chemického sítění, vodík/deuteriové výměny, oxidativního značení a nativní hmotnostní spektrometrie. Dále je probíráno jak tato data bioinformaticky zpracovat do podoby strukturních modelů.
Před touto přednáškou je vhodné absolvovat kurz "Proteomika a metody studia primární struktury biopolymerů" (MC250P60N), který se věnuje základům biologické hmotnostní spektrometrie.
Přednáška, prezentace studentů i zkouška probíhají v angličtině. K otevření kurzu je třeba alespoň 5ti zapsaných a aktivních studentů.
Poslední úprava: Man Petr, RNDr., Ph.D. (04.02.2025)
This lecture deals with the modern methods of protein research. It focuses on structural and affinity proteomics, including methods of chemical cross-linking, oxidative labelling, hydrogen/deuterium exchange and native mass spectrometry. It is also explained how to further process the data using bioinformatic approaches and build or correct structural protein models.
Lectures, student's presentations and exam are in English. Course is open only if 5 or more students are subscribed and are planning to actively participate in the lectures.
Lecture room 218 at the dept. of biochemistry, Hlavova 8, 2nd floor - https://www.natur.cuni.cz/eng/about-the-faculty/campus-maps/h8/2patro?set_language=en
Poslední úprava: Man Petr, RNDr., Ph.D. (04.02.2025)
Literatura -
Shan S. Wong - Chemistry of protein conjugation and cross-linking, CRC Press
Greg T. Hermanson - Bioconjugate Techniques, Elsevier
Methods in Enzymology - Biological Mass Spectrometry
T. E. Creighton - Protein Structure, A practical approach, IRL Press
Marc R. Wilkins - Proteome Research, Concept, technology and Application, Springer
John M. Walker - The protein Protocols Handbook, Humana Press
...
vybrané tituly ze série Methods in Molecular Biology Humana Press
vol. 61 - Protein and Peptide Analysis by Mass Spectrometry
vol. 64 - Protein Sequencing Protocols
vol. 146 - Mass spectrometry of proteins and peptides
vol. 194 - Posttranslational Modifications of proteins
vol. 244 - Protein Purification Protocols
vol. 251 - HPLC of Peptides and Proteins
vol. 261 - Protein-Protein Interactions
vol. 367 - Mass Spectrometry Data Analysis in Proteomics
vol. 446 - Post-Translational Modifications of Proteins
Poslední úprava: MAN/NATUR.CUNI.CZ (21.02.2012)
Shan S. Wong - Chemistry of protein conjugation and cross-linking, CRC Press Greg T. Hermanson - Bioconjugate Techniques, Elsevier Methods in Enzymology - Biological Mass Spectrometry T. E. Creighton - Protein Structure, A practical approach, IRL Press Marc R. Wilkins - Proteome Research, Concept, technology and Application, Springer John M. Walker - The protein Protocols Handbook, Humana Press ... selected titles from Methods in Molecular Biology Humana Press vol. 61 - Protein and Peptide Analysis by Mass Spectrometry vol. 64 - Protein Sequencing Protocols vol. 146 - Mass spectrometry of proteins and peptides vol. 194 - Posttranslational Modifications of proteins vol. 244 - Protein Purification Protocols vol. 251 - HPLC of Peptides and Proteins vol. 261 - Protein-Protein Interactions vol. 367 - Mass Spectrometry Data Analysis in Proteomics vol. 446 - Post-Translational Modifications of Proteins
Poslední úprava: Man Petr, RNDr., Ph.D. (20.01.2018)
Požadavky ke zkoušce -
Zkouška probíhá písemnou formou - krátký test na ověření základních znalostí a příprava teoretického problému k řešení. Ten se pak dále rozvíjí diskuzí na navazujícím ústním zkoušení. Konzultace po domluvě (nejlépe e-mailem) : petr.man @ natur.cuni.cz
Poslední úprava: Man Petr, RNDr., Ph.D. (04.02.2025)
The exam is written - a short test to check the basic knowledge, followed by a brief preparation of a theoretical problem to solve. This is then further developed through discussion in a follow-up oral examination.
For consultation please use e-mail : petr.man @ natur.cuni.cz
Poslední úprava: Man Petr, RNDr., Ph.D. (04.02.2025)
