PředmětyPředměty(verze: 889)
Předmět, akademický rok 2020/2021
  
Moderní metody výzkumu proteinů - MC250P21
Anglický název: Modern methods in protein research
Český název: Moderní metody výzkumu proteinů
Zajišťuje: Katedra biochemie (31-250)
Fakulta: Přírodovědecká fakulta
Platnost: od 2018
Semestr: letní
E-Kredity: 3
Způsob provedení zkoušky: letní s.:
Rozsah, examinace: letní s.:2/0 Zk [hodiny/týden]
Počet míst: neomezen
Minimální obsazenost: 5
Stav předmětu: vyučován
Jazyk výuky: čeština, angličtina
Poznámka: povolen pro zápis po webu
Garant: RNDr. Petr Man, Ph.D.
Vyučující: Ing. Aleš Hnízda, Ph.D.
Mgr. Josef Chmelík, Ph.D.
RNDr. Petr Man, Ph.D.
RNDr. Petr Novák, Ph.D.
Anotace -
Poslední úprava: RNDr. Petr Man, Ph.D. (15.02.2021)
Přednáška probírá některé moderní metody proteinového výzkumu se silným důrazem na strukturní a afinitní proteomiku. Podrobně jsou probírány kapitoly z proteinové chemie a modifikací proteinů, řešení proteinových interakcí a strukturních změn pomocí chemického sítění, vodík/deuteriové výměny, oxidativního značení a nativní hmotnostní spektrometrie. Dále je probíráno jak tato data bioinformaticky zpracovat do podoby strukturních modelů.

Před touto přednáškou je vhodné absolvovat kurz "Proteomika a metody studia primární struktury biopolymerů" (MC250P60N), který se věnuje základům biologické hmotnostní spektrometrie.

Přednáška,prezentace studentů i zkouška (sepsání kritického pojednání) probíhají většinou v angličtině s ohledem na pravidelnou účast zahraničních studentů.

ZOOM LINK pro přednášku v roce 2021 - https://cesnet.zoom.us/j/94985536560?pwd=K0JUL3RwTEZXWWtQZmhCa1gzVDVmQT09
Literatura -
Poslední úprava: MAN/NATUR.CUNI.CZ (21.02.2012)

Shan S. Wong - Chemistry of protein conjugation and cross-linking, CRC Press

Greg T. Hermanson - Bioconjugate Techniques, Elsevier

Methods in Enzymology - Biological Mass Spectrometry

T. E. Creighton - Protein Structure, A practical approach, IRL Press

Marc R. Wilkins - Proteome Research, Concept, technology and Application, Springer

John M. Walker - The protein Protocols Handbook, Humana Press

...

vybrané tituly ze série Methods in Molecular Biology Humana Press

vol. 61 - Protein and Peptide Analysis by Mass Spectrometry

vol. 64 - Protein Sequencing Protocols

vol. 146 - Mass spectrometry of proteins and peptides

vol. 194 - Posttranslational Modifications of proteins

vol. 244 - Protein Purification Protocols

vol. 251 - HPLC of Peptides and Proteins

vol. 261 - Protein-Protein Interactions

vol. 367 - Mass Spectrometry Data Analysis in Proteomics

vol. 446 - Post-Translational Modifications of Proteins

Požadavky ke zkoušce -
Poslední úprava: RNDr. Petr Man, Ph.D. (05.02.2021)

Pro složení zkoušky je povinná aktivní účast/prezentace na journal clubu v rámci přednášek a na závěr sepsání kritické eseje na zadané téma. Přednáška, prezentace i esej by měly být preferenčně v angličtině.
Konzultace po domluvě (nejlépe e-mailem) : petr.man @ natur.cuni.cz

Sylabus -
Poslední úprava: RNDr. Petr Man, Ph.D. (19.02.2019)

Chemické rekace proteinů, hmotnostní spektrometrie (MS), proteinové interakce, studium strukturních změn proteinů, chemické zesítění, vodík/deuteriová výměna, afinitní MS.

 
Univerzita Karlova | Informační systém UK