PředmětyPředměty(verze: 901)
Předmět, akademický rok 2021/2022
  
Internet a bioinformatika - MC250P07B
Anglický název: Internet and bioinformatics
Český název: Internet a bioinformatika
Zajišťuje: Katedra biochemie (31-250)
Fakulta: Přírodovědecká fakulta
Platnost: od 2020
Semestr: zimní
E-Kredity: 3
Způsob provedení zkoušky: zimní s.:
Rozsah, examinace: zimní s.:2/1 Zk [hodiny/týden]
Počet míst: 19
Minimální obsazenost: neomezen
Virtuální mobilita / počet míst: ne
Stav předmětu: vyučován
Jazyk výuky: čeština, angličtina
Poznámka: povolen pro zápis po webu
Garant: Mgr. Petr Jeřábek, Ph.D.
Vyučující: Mgr. Petr Jeřábek, Ph.D.
doc. RNDr. Václav Martínek, Ph.D.
Anotace -
Poslední úprava: Mgr. Petr Jeřábek, Ph.D. (15.10.2020)
Předmětem tohoto kurzu je Internet a služby, které jsou důležité pro chemiky a především biochemiky. Úvodem budou studenti seznámeni se základními pojmy a problematikou internetu, prohlížečů a bezpečnosti webového prostředí. Dále budou předvedeny a procvičeny vyhledávače a chemické servery (např. nomenklatura sloučenin, vlastnosti sloučenin). Následující výuka bude zaměřena na databáze literárních odkazů, zejména Medline a WOS, a bude probrán způsob vyhledání potřebných literárních zdrojů v knihovnách a v on-line časopisech nabízejících plné texty. Studentům budou představeny proteinové databáze a předvedeno vyhledávání např. proteinových sekvencí, příbuzností proteinů, sekvenčních alignmentů a řada predikčních služeb. Kurz bude dále směrován na databáze 3D struktur makromolekul a 3D prohlížeče. Speciální pozornost bude věnována prohlížeči Swiss PDB Viewer a PyMol, které budou detailně procvičeny.

V případě, že si tento předmět zapíší studenti programu Erasmus, bude vyučovacím jazykem angličtina.

Předmět je vyučován distančně prostřednictvím programu Zoom https://cesnet.zoom.us/j/92896267436?pwd=bnZMbnNuWk5zTGpYY3I2QlBxZ05Udz09
Cíl předmětu -
Poslední úprava: HPTEST/NATUR.CUNI.CZ (23.11.2009)

Cílem kurzu je představit Internet jako databázi a především ukázat způsob, jak a odkud získat relevantní a věrohodné informace.

Literatura -
Poslední úprava: Mgr. Petr Jeřábek, Ph.D. (27.09.2019)

Doporučenou literaturou jsou operační manuály jednotlivých programů a nápovědy on-line služeb. Zkouška bude praktická, při níž studenti prokáží schopnost použít osvojené skušenosti pro řešení zadaných problémů. Podklady k jednotlivým přednáškám nejsou v elektronické formě k dispozici.

Požadavky ke zkoušce -
Poslední úprava: Mgr. Petr Jeřábek, Ph.D. (27.09.2019)

Zkouška probíhá praktickou formou na počítači, kdy student řeší zadané problémy. Ke zkoušce jsou povoleny libovolné materiály (osobní poznámky, knihy, vyhledávání pomocí Google, ...).

Sylabus -
Poslední úprava: Mgr. Petr Jeřábek, Ph.D. (24.06.2019)

1.      Stručný úvod do bioinformatiky

2.      Proteinové a DNA databáze (Uniprot, GenBank, aj.)

3.      Základní bioinformatické nástroje (BLAST, porovnání DNA a proteinových sekvencí v programu Jalview)

4.      Strukturní databáze (Protein Data Bank)

5.      Vizualizace biomolekul pomocí programu PyMol

6.      Kreslení chemických struktur v programu ChemSketch

7.      Bibliografické databáze (PubMed, Web of Science, aj.)

8.      Citační manažer Zotero

 
Univerzita Karlova | Informační systém UK