|
|
|
||
Moderní proteomické metody a postupy založené na hmotnostní spektrometrii umožňují identifikovat a zároveň kvantifikovat až 12 000 bílkovin v lidských nebo savčích tkáňových vzorcích nebo tkáňových kulturách. Pokrytím se tak blíží počtu aktivně přepisovaných genů v průměrné lidské buňce. Kromě identifikace a kvantifikace proteinů umožňuje proteomika podrobně charakterizovat posttranslační modifikace, které často plní zásadní roli v regulaci proteinové funkce. Současná proteomika tak poskytuje velmi podrobnou informaci o stavu a změnách proteomu a přináší cennou informaci o probíhajících fyziologických nebo patologických procesech.
Přednáška poskytuje přehled o současných metodách a možnostech proteomiky, s detailním výkladem o přípravě vzorků, jejich zpracování, separaci a analýze hmotnostní spektrometrií, kde jsou srozumitelnou cestou vysvětleny principy fungování a klíčové parametry instrumentace. Dále je vysvětleno jak získávat kvantitativní informaci a statisticky ji hodnotit, jak výsledky zpracovávat a interpretovat. Pozornost je věnována i specifikům práce s proteinovými komplexy nebo membránovými proteiny. Přednáška je zaměřena na praktické využití proteomiky a absolvent by měl být schopen zvolit, a s plným porozuměním využít, optimální proteomickou strategii a instrumentaci pro svůj budoucí výzkum na poli biologie nebo medicíny. Pro rok 2023/2024 byla přednáška zcela inovována a rozšířena tak, aby zahrnovala i nejnovější trendy v oboru a pokryla celou problematiku od zpracování biologického vzorku, přes analýzu až po vyhodnocení a interpretaci dat. Přednášejí čtyři zkušení odborníci: Jiří Petrák, Petr Man, Karel Harant a Pavel Talacko. Blok se skládá z 9 dvouhodinových přednášek. Přednáška vhodná pro pokročilé studenty molekulární biologie a genetiky, buněčné a vývojové biologie, ale i dalších oborů. Poslední úprava: Petrák Jiří, doc. RNDr., Ph.D. (28.02.2024)
|
|
||
Kompletní výukové materiály z přednášek, ale i doporučenou literaturu naleznete na adrese: http://biocev.lf1.cuni.cz/vyuka-proteomika Poslední úprava: Petrák Jiří, doc. RNDr., Ph.D. (28.02.2024)
|
|
||
Zkouška je ústní. Součástí zkoušky je písemná esej, která řeší biologický problém pomocí proteomických přístupů. Poslední úprava: Petrák Jiří, doc. RNDr., Ph.D. (17.08.2023)
|
|
||
PROTEOMIKA, PRÁCE S BÍLKOVINAMI
Principy hmotnostní spektrometrie. Instrumentace. Hmotnostní spektra. MS, MS/MS, typy ionizace, analyzátory, detektory, citlivost, rozlišení. Principy identifikace peptidů a proteinů, fragmentace peptidů, MS spektra, MS/MS fragmentační spektra a získání sekvenční informace, principy identifikace proteinu v databázích na základě naměřených dat. Bottom-up a Top-down analýza. Analýza post-translačních modifikací.
LC-MS/MS v proteomice. Data-dependent analýza (DDA) versus data-independent analýza (DIA) a jejich využití. Databáze, False discovery rate.
KVANTIFIKACE PROTEINŮ v PROTEOMICE. Label-free kvantifikace, cílené kvantitativní metody (MRM/SRM/PRM). Metody založené na značení stabilními izotopy - TMT, iTRAQ, SILAC, dimetylace.
DESIGN PROTEOMICKÉHO EXPERIMENTU, PRÁCE S DATY Velikost souboru, výběr kontrol, statistika, bioinformatické nástroje a zdroje.
SPECIÁLNÍ METODY V PROTEOMICE Proteomická analýza membránových proteinů. Metody studia dynamických změn proteomu a změn stability nebo lokalizace proteinů. Studium proteinových komplexů. Klinická proteomika, biomarkery, tělní tekutiny, deplece a specifika práce s lidským biologickým materiálem. Single-cell proteomika.
Poslední úprava: Petrák Jiří, doc. RNDr., Ph.D. (28.02.2024)
|