|
|
|
||
Poslední úprava: doc. Mgr. Pavel Stopka, Ph.D. (16.10.2020)
Přednáška i zkouška proběhne 'online' s využitím aplikace Google Meet v termínech stanovených rozvrhem. |
|
||
Poslední úprava: doc. RNDr. Jiří Petrák, Ph.D. (20.02.2018)
Kompletní výukové materiály z přednášek, ale i doporučenou literaturu naleznete na adrese: http://biocev.lf1.cuni.cz/vyuka-proteomika |
|
||
Poslední úprava: doc. Mgr. Pavel Stopka, Ph.D. (16.10.2020)
Přednáška i zkouška proběhne 'online' s využitím aplikace Google Meet v termínech stanovených rozvrhem. Zkouška je ústní. Součástí zkoušky je písemná esej, která řeší biologický problém pomocí proteomických přístupů. |
|
||
Poslední úprava: doc. RNDr. Jiří Petrák, Ph.D. (25.04.2012)
PROTEOMIKA, PRÁCE S BÍLKOVINAMI. Úvod do proteomiky. Co je to proteomika? Proteomika vs. genomika. Genocentrický a proteocentrický pohled. Možnosti, nástroje a limitace proteomiky. Práce s bílkovinami - proteiny a pufry, homogenizace, frakcionace, detergenty, rozpustnost, srážení, denaturace, koncentrace. Značení a derivatizace bílkovin. Separační metody -chromatografické a elektroforetické.
DVOJROZMĚRNÁ ELEKTROFORÉZA. Metodika dvojrozměrné elektroforézy (2-DE). Uspořádání 2-DE experimentů, příprava vzorků, izoelektrická fokusace, PAGE, detekce bílkovin v gelech, barvení. Metodické varianty (nativní elektroforézy, DIGE a fluorescenční barvení). Vyhodnocení a interpretace 2-DE, obrazová analýza 2-DE gelů. Reproducibilita. Principy, software, metodika, výstupy, záludnosti. Omezení, limity a použití 2D elektroforézy. Příprava vzorku pro identifikaci hmotnostní spektrometrií po 2-DE. Tryptická digesce vzorku, digesce CNBr, extrakce peptidů a jejich purifikace.
HMOTNOSTNÍ SPEKTROMETRIE A IDENTIFIKACE BÍLKOVIN. Hmotnostní spektrometrie. Hmotnostní spektra. MS, MS/MS, MALDI, SELDI, ESI, analyzátory, detektory, spektra, citlivost, rozlišení, identifikace peptidů, peptidový fingerprint, MS/MS fragmentační spektra a získání sekvenční informace, databáze.
SHOT-GUN PŘÍSTUPY, KVANTITATIVNÍ MS. Shot-gun strategie v proteomice, jedno- a vícerozměrné separace peptidů, LC-MS/MS. Kvantitativní metody v proteomice: iCAT, iTRAQ, SILAC, AQUA, digesce ve stabilním izotopu. Label-free metody kvantifikace. Proteomická analýza membránových proteinů. Příkladové studie.
NATIVNÍ METODY, ANALÝZA KOMPLEXŮ A DALŠÍ METODY. Nativní separační techniky. Analýza proteinových komplexů. TAP. QUICK. Protein arrays, MALDI-imaging, klinická proteomika, profilování tělních tekutin a tkání, biomarkery, deplece majoritních bílkovin. Organizace proteomiky, literatura, časopisy.
|