Proteomika - MB170P112

• Anglický název: Proteomics
• Český název: Proteomika
• Zajišťuje: Katedra zoologie (31-170)
• Fakulta: Přírodovědecká fakulta
• Platnost: od 2019
• Semestr: zimní
• E-Kredity: 3
• Způsob provedení zkoušky: zimní s.:
• Rozsah, examinace: zimní s.:2/0 Zk [hodiny/týden]
• Počet míst: neomezen
• Minimální obsazenost: neomezen
• Virtuální mobilita / počet míst: ne
• Stav předmětu: vyučován
• Jazyk výuky: čeština
• Další informace: http://[e-mail], telefon: [phone]
• Poznámka: povolen pro zápis po webu
• Garant: doc. Mgr. Pavel Stopka, Ph.D.
• Vyučující: doc. RNDr. Jiří Petrák, Ph.D.

Anotace

čeština

Poslední úprava: doc. Mgr. Pavel Stopka, Ph.D. (16.10.2020)

Přednáška vhodná pro pokročilé studenty molekulární biologie a genetiky, buněčné a vývojové biologie, ale i dalších oborů. Seznamuje studenty se současnými metodami proteomiky a identifikace bílkovin pomocí hmotnostní spektrometrie. Účastnící s hlubším zájmem o proteomickou analýzu se mohou přihlásit také týdenní turnusové Proteomické praktikum.

Přednáška i zkouška proběhne 'online' s využitím aplikace Google Meet v termínech stanovených rozvrhem.

angličtina

Poslední úprava: Ing. Jindřiška Peterková (25.10.2019)

Lecture suitable for advanced students of molecular biology and genetics, cell and developmental biology, but also other fields. It acquaints students with current methods of proteomics and protein identification by mass spectrometry. Participants with a deep interest in proteomic analysis can also apply for a weekly tour of Proteomic Practice.

Literatura

čeština

Poslední úprava: doc. RNDr. Jiří Petrák, Ph.D. (20.02.2018)

Kompletní výukové materiály z přednášek, ale i doporučenou literaturu naleznete na adrese: http://biocev.lf1.cuni.cz/vyuka-proteomika

 

angličtina

Poslední úprava: Ing. Jindřiška Peterková (25.10.2019)

Complete teaching materials from lectures as well as recommended literature can be found at: http://biocev.lf1.cuni.cz/vyuka-proteomika

Požadavky ke zkoušce

Poslední úprava: doc. Mgr. Pavel Stopka, Ph.D. (16.10.2020)

Přednáška i zkouška proběhne 'online' s využitím aplikace Google Meet v termínech stanovených rozvrhem.

Zkouška je ústní. Součástí zkoušky je písemná esej, která řeší biologický problém pomocí proteomických přístupů.

Sylabus

čeština

Poslední úprava: doc. RNDr. Jiří Petrák, Ph.D. (25.04.2012)

PROTEOMIKA, PRÁCE S BÍLKOVINAMI.

Úvod do proteomiky. Co je to proteomika? Proteomika vs. genomika. Genocentrický a proteocentrický pohled. Možnosti, nástroje a limitace proteomiky. Práce s bílkovinami - proteiny a pufry, homogenizace, frakcionace, detergenty, rozpustnost, srážení, denaturace, koncentrace. Značení a derivatizace bílkovin. Separační metody -chromatografické a elektroforetické.

DVOJROZMĚRNÁ ELEKTROFORÉZA.

Metodika dvojrozměrné elektroforézy (2-DE). Uspořádání 2-DE experimentů, příprava vzorků, izoelektrická fokusace, PAGE, detekce bílkovin v gelech, barvení. Metodické varianty (nativní elektroforézy, DIGE a fluorescenční barvení). Vyhodnocení a interpretace 2-DE, obrazová analýza 2-DE gelů. Reproducibilita. Principy, software, metodika, výstupy, záludnosti. Omezení, limity a použití 2D elektroforézy. Příprava vzorku pro identifikaci hmotnostní spektrometrií po 2-DE. Tryptická digesce vzorku, digesce CNBr, extrakce peptidů a jejich purifikace.

HMOTNOSTNÍ SPEKTROMETRIE A IDENTIFIKACE BÍLKOVIN.

Hmotnostní spektrometrie. Hmotnostní spektra. MS, MS/MS, MALDI, SELDI, ESI, analyzátory, detektory, spektra, citlivost, rozlišení, identifikace peptidů, peptidový fingerprint, MS/MS fragmentační spektra a získání sekvenční informace, databáze.

SHOT-GUN PŘÍSTUPY, KVANTITATIVNÍ MS.

Shot-gun strategie v proteomice, jedno- a vícerozměrné separace peptidů, LC-MS/MS. Kvantitativní metody v proteomice: iCAT, iTRAQ, SILAC, AQUA, digesce ve stabilním izotopu. Label-free metody kvantifikace. Proteomická analýza membránových proteinů. Příkladové studie.

NATIVNÍ METODY, ANALÝZA KOMPLEXŮ A DALŠÍ METODY.

Nativní separační techniky. Analýza proteinových komplexů. TAP. QUICK. Protein arrays, MALDI-imaging, klinická proteomika, profilování tělních tekutin a tkání, biomarkery, deplece majoritních bílkovin. Organizace proteomiky, literatura, časopisy.

angličtina

Poslední úprava: SVATORA (26.05.2004)

• Introduction. What is proteomics and why ? Proteomics and/or Genomics ? Methods, tools and limitations.

Basics principles of protein manipulation.

• Methodology of 2D electrophoresis. Experiment arrangement, sample preparation, isoelectric focusing, PAGE, protein detection and staining. Data validation. 2D electrophoresis and its applications and limitations. Equipment and cost/effectiveness. Technical variations (native electrophoresis, DIGE and fluorescent dyes, blotting).

• Alternative approaches. Capillary electrophoresis, chromatographic separations, TAP, alternatives to mass spectrometry (antibodies, classical protein sequencing etc). Protein arrays.

• Image analysis of 2D gels. Principles. Reproducibility. Software, Methods, Outputs, Limitations and troubleshooting.

Preparation of sample for MS analysis. Trypsin and other ways of protein digestion. Peptide extraction from gels and peptide purification.

• Mass spectrometry. MS, MS/MS, MALDI, SELDI, ESI, analyzers, detectors, mass spectra, sensitivity, resolution, peptide identification, gene/protein databases. Special methods (iCATS?.).