PředmětyPředměty(verze: 802)
Předmět, akademický rok 2016/2017
   Přihlásit přes CAS
Proteomika - MB170P112
Anglický název: Proteomics
Zajišťuje: Katedra zoologie (31-170)
Fakulta: Přírodovědecká fakulta
Platnost: od 2011
Semestr: zimní
E-Kredity: 3
Způsob provedení zkoušky: zimní s.:
Rozsah, examinace: zimní s.:2/0 Zk [hodiny/týden]
Počet míst: neomezen
Minimální obsazenost: neomezen
Stav předmětu: vyučován
Jazyk výuky: čeština
Další informace: http://petra@uhkt.cz, telefon: 224 965 865
Garant: doc. Mgr. Pavel Stopka, Ph.D.
Vyučující: doc. RNDr. Jiří Petrák, Ph.D.
Je prerekvizitou pro: MB170C112
Kde je předmět použit    Výsledky anket   Termíny zkoušek   Rozvrh   
Anotace
Poslední úprava: doc. RNDr. Jiří Petrák, Ph.D. (25.04.2012)

Přednáška vhodná pro pokročilé studenty molekulární biologie a genetiky, buněčné a vývojové biologie, ale i dalších oborů. Seznamuje studenty se současnými metodami proteomiky a identifikace bílkovin pomocí hmotnostní spektrometrie. Účastnící s hlubším zájmem o proteomickou analýzu se mohou přihlásit také týdenní turnusové Proteomické praktikum.

Literatura
Poslední úprava: doc. RNDr. Jiří Petrák, Ph.D. (06.02.2013)

Kompletní výukové materiály z přednášek, ale i doporučenou literaturu naleznete na adrese: http://patofyziologie.lf1.cuni.cz/proteomika

Jedná se například o následující tituly:

Učebnice/Monografie:

R. K. Scopes: Protein purification. Prinicples and Practise, Springer Verlag, ISBN-10: 0387940723 | ISBN-13: 978-0387940724

J. Reinders, A. Sickman: Proteomics: Methods and Protocols (Methods in Molecular Biology). Humana Press ISBN-10: 1607611562 | ISBN-13: 978-1607611561

H. Rehm: Protein Biochemistry and Proteomics. Academic Press. ISBN-10: 012088545X | ISBN-13: 978-0120885459

Odborné články:

Gorg A et al. Current two-dimensional electrophoresis technology for proteomics, Proteomics, 2004, 4, 3665-3685

B. Domon and R. Aebersol: Mass Spectrometry and Protein Analysis, Science 312, 212 (2006)

I. Miller et al. Protein stains for proteomic applications: Which, when, why? Proteomics 2006, 6, 5385-5408

J.W. Gouw et al. et al. Quantitative proteomics by metabolic labeling of model organisms. Mol Cell Proteomics. 2010 Jan;9(1):11-24.

Cravatt BF, et al. The biological impact of mass-spectrometry-based proteomics. Nature. 2007 Dec 13;450(7172):991-1000.

Speers AE, Wu CC. Proteomics of integral membrane proteins--theory and application. Chem Rev. 2007 Aug;107(8):3687-714.

Wittig I, Schägger H. Native electrophoretic techniques to identify protein-protein interactions. Proteomics. 2009 Dec;9(23):5214-23.

Zhu W, Smith JW, Huang CM. Mass spectrometry-based label-free quantitative proteomics. J Biomed Biotechnol. 2010;2010:840518.

Bantscheff M, Schirle M, Sweetman G, Rick J, Kuster B. Quantitative mass spectrometry in proteomics: a critical review. Anal Bioanal Chem. 2007 Oct;389(4):1017-31.

Thingholm TE, Jensen ON, Larsen MR. Analytical strategies for phosphoproteomics. Proteomics. 2009 Mar;9(6):1451-68.

Požadavky ke zkoušce
Poslední úprava: doc. Mgr. Pavel Stopka, Ph.D. (04.04.2012)

Zkouška je ústní. Součástí zkoušky je písemná esej, která řeší biologický problém pomocí proteomických přístupů.

Sylabus -
Poslední úprava: doc. RNDr. Jiří Petrák, Ph.D. (25.04.2012)

PROTEOMIKA, PRÁCE S BÍLKOVINAMI.

Úvod do proteomiky. Co je to proteomika? Proteomika vs. genomika. Genocentrický a proteocentrický pohled. Možnosti, nástroje a limitace proteomiky. Práce s bílkovinami - proteiny a pufry, homogenizace, frakcionace, detergenty, rozpustnost, srážení, denaturace, koncentrace. Značení a derivatizace bílkovin. Separační metody -chromatografické a elektroforetické.

DVOJROZMĚRNÁ ELEKTROFORÉZA.

Metodika dvojrozměrné elektroforézy (2-DE). Uspořádání 2-DE experimentů, příprava vzorků, izoelektrická fokusace, PAGE, detekce bílkovin v gelech, barvení. Metodické varianty (nativní elektroforézy, DIGE a fluorescenční barvení). Vyhodnocení a interpretace 2-DE, obrazová analýza 2-DE gelů. Reproducibilita. Principy, software, metodika, výstupy, záludnosti. Omezení, limity a použití 2D elektroforézy. Příprava vzorku pro identifikaci hmotnostní spektrometrií po 2-DE. Tryptická digesce vzorku, digesce CNBr, extrakce peptidů a jejich purifikace.

HMOTNOSTNÍ SPEKTROMETRIE A IDENTIFIKACE BÍLKOVIN.

Hmotnostní spektrometrie. Hmotnostní spektra. MS, MS/MS, MALDI, SELDI, ESI, analyzátory, detektory, spektra, citlivost, rozlišení, identifikace peptidů, peptidový fingerprint, MS/MS fragmentační spektra a získání sekvenční informace, databáze.

SHOT-GUN PŘÍSTUPY, KVANTITATIVNÍ MS.

Shot-gun strategie v proteomice, jedno- a vícerozměrné separace peptidů, LC-MS/MS. Kvantitativní metody v proteomice: iCAT, iTRAQ, SILAC, AQUA, digesce ve stabilním izotopu. Label-free metody kvantifikace. Proteomická analýza membránových proteinů. Příkladové studie.

NATIVNÍ METODY, ANALÝZA KOMPLEXŮ A DALŠÍ METODY.

Nativní separační techniky. Analýza proteinových komplexů. TAP. QUICK. Protein arrays, MALDI-imaging, klinická proteomika, profilování tělních tekutin a tkání, biomarkery, deplece majoritních bílkovin. Organizace proteomiky, literatura, časopisy.

 
Univerzita Karlova | Informační systém UK