PředmětyPředměty(verze: 825)
Předmět, akademický rok 2017/2018
   Přihlásit přes CAS
Proteomika - MB170P112
Anglický název: Proteomics
Zajišťuje: Katedra zoologie (31-170)
Fakulta: Přírodovědecká fakulta
Platnost: od 2017 do 2018
Semestr: zimní
E-Kredity: 3
Způsob provedení zkoušky: zimní s.:
Rozsah, examinace: zimní s.:2/0 Zk [hodiny/týden]
Počet míst: neomezen
Minimální obsazenost: neomezen
Stav předmětu: vyučován
Jazyk výuky: čeština
Další informace: http://jpetr@lf1.cuni.cz, telefon: 325 873 011
Garant: doc. Mgr. Pavel Stopka, Ph.D.
Vyučující: doc. RNDr. Jiří Petrák, Ph.D.
Je prerekvizitou pro: MB170C112
Anotace
Poslední úprava: doc. RNDr. Jiří Petrák, Ph.D. (25.04.2012)

Přednáška vhodná pro pokročilé studenty molekulární biologie a genetiky, buněčné a vývojové biologie, ale i dalších oborů. Seznamuje studenty se současnými metodami proteomiky a identifikace bílkovin pomocí hmotnostní spektrometrie. Účastnící s hlubším zájmem o proteomickou analýzu se mohou přihlásit také týdenní turnusové Proteomické praktikum.

Literatura
Poslední úprava: doc. RNDr. Jiří Petrák, Ph.D. (20.02.2018)

Kompletní výukové materiály z přednášek, ale i doporučenou literaturu naleznete na adrese: http://biocev.lf1.cuni.cz/vyuka-proteomika

 

Požadavky ke zkoušce
Poslední úprava: doc. Mgr. Pavel Stopka, Ph.D. (04.04.2012)

Zkouška je ústní. Součástí zkoušky je písemná esej, která řeší biologický problém pomocí proteomických přístupů.

Sylabus -
Poslední úprava: doc. RNDr. Jiří Petrák, Ph.D. (25.04.2012)

PROTEOMIKA, PRÁCE S BÍLKOVINAMI.

Úvod do proteomiky. Co je to proteomika? Proteomika vs. genomika. Genocentrický a proteocentrický pohled. Možnosti, nástroje a limitace proteomiky. Práce s bílkovinami - proteiny a pufry, homogenizace, frakcionace, detergenty, rozpustnost, srážení, denaturace, koncentrace. Značení a derivatizace bílkovin. Separační metody -chromatografické a elektroforetické.

DVOJROZMĚRNÁ ELEKTROFORÉZA.

Metodika dvojrozměrné elektroforézy (2-DE). Uspořádání 2-DE experimentů, příprava vzorků, izoelektrická fokusace, PAGE, detekce bílkovin v gelech, barvení. Metodické varianty (nativní elektroforézy, DIGE a fluorescenční barvení). Vyhodnocení a interpretace 2-DE, obrazová analýza 2-DE gelů. Reproducibilita. Principy, software, metodika, výstupy, záludnosti. Omezení, limity a použití 2D elektroforézy. Příprava vzorku pro identifikaci hmotnostní spektrometrií po 2-DE. Tryptická digesce vzorku, digesce CNBr, extrakce peptidů a jejich purifikace.

HMOTNOSTNÍ SPEKTROMETRIE A IDENTIFIKACE BÍLKOVIN.

Hmotnostní spektrometrie. Hmotnostní spektra. MS, MS/MS, MALDI, SELDI, ESI, analyzátory, detektory, spektra, citlivost, rozlišení, identifikace peptidů, peptidový fingerprint, MS/MS fragmentační spektra a získání sekvenční informace, databáze.

SHOT-GUN PŘÍSTUPY, KVANTITATIVNÍ MS.

Shot-gun strategie v proteomice, jedno- a vícerozměrné separace peptidů, LC-MS/MS. Kvantitativní metody v proteomice: iCAT, iTRAQ, SILAC, AQUA, digesce ve stabilním izotopu. Label-free metody kvantifikace. Proteomická analýza membránových proteinů. Příkladové studie.

NATIVNÍ METODY, ANALÝZA KOMPLEXŮ A DALŠÍ METODY.

Nativní separační techniky. Analýza proteinových komplexů. TAP. QUICK. Protein arrays, MALDI-imaging, klinická proteomika, profilování tělních tekutin a tkání, biomarkery, deplece majoritních bílkovin. Organizace proteomiky, literatura, časopisy.

 
Univerzita Karlova | Informační systém UK