PředmětyPředměty(verze: 809)
Předmět, akademický rok 2017/2018
   Přihlásit přes CAS
Molekulární ekologie - MB170P111
Anglický název: Molecular ecology
Zajišťuje: Katedra zoologie (31-170)
Fakulta: Přírodovědecká fakulta
Platnost: od 2013
Semestr: letní
E-Kredity: 5
Způsob provedení zkoušky: letní s.:
Rozsah, examinace: letní s.:2/2 Z+Zk [hodiny/týden]
Počet míst: neomezen
Minimální obsazenost: neomezen
Stav předmětu: vyučován
Jazyk výuky: čeština
Garant: doc. Mgr. Pavel Munclinger, Ph.D.
Vyučující: doc. Mgr. Pavel Munclinger, Ph.D.
Anotace -
Poslední úprava: Ing. Jindřiška Peterková (01.05.2014)

Molekulární ekologie živočichů - anotace
Molekulární ekologie je nedávno vzniklý obor, který se snaží řešit ekologické problémy molekulárními metodami. Přednáška by měla seznámit studenty se základy této nauky. Důraz bude kladen hlavně na interpretační hladinu a na nejnovější metody (využití mikrosatelitů a sekvencí DNA). Součástí přednášky je praktická část, kde se studenti seznámí s počítačovými programy k zjišťování paternit a na zpracování populačně-genetických dat.
Více informací lze najít na adrese:
http://web.natur.cuni.cz/~muncling/MEZ_UVOD.htm
(Pro širší přehled metod a praktické osvojení laboratorního získávání dat slouží komplementární přednáška B170P66 "Genetické metody v zoologii". Absolvování této přednášky před Molekulární ekologií je výhodou, nikoliv však nutností.)

Literatura -
Poslední úprava: JPROKOP (24.05.2007)

Avise, 2000: Phylogeography: the history and formation of species.

Avise, 2004: Molecular Markers, Natural History, and Evolution, Second Edition

Arnold, 1997: Natural hybridization and evolution.

Balding, Bishop & Cannings (eds.), 2003: Handbook of statistical genetics, second edition.

Beebe & Rowe, 2004: An introduction to molecular ecology.

Hartl, 1999: A primer on population genetics.

Hartl & Clark, 1997: Principles of population genetics, third edition.

Zima a spol. 2004, Genetické metody v zoologii.

Požadavky ke zkoušce
Poslední úprava: doc. Mgr. Pavel Munclinger, Ph.D. (25.10.2011)

Zkouška je ústní. Otázky a podrobnosti zkoušení lze nalézt na:

http://web.natur.cuni.cz/~muncling/MEZ_UVOD.htm

Ke studiu je vhodná doporučená literatura a vědomosti z přednášek.

Zápočet je formou testu - vyřešením praktických úloh na počítači.

Sylabus -
Poslední úprava: SVATORA (10.05.2004)

Molekulární ekologie živočichů - osnova

1. Co je a co není molekulární ekologie?

Vymezení oboru, překryv s jinými obory, stručná historie

2. Hlavní používané terénní a laboratorní metody

Sběr a uchování vzorků, metody zjišťování genetického polymorfismu u volně žijících živočichů (sekvence, mikrosatelity, alozymy, AFLP a další)

3. Evoluce mikrosatelitů, výhody sekvenačních dat a mikrosatelitů oproti dřívějším metodám

Proč je tak moc alel? Mutační rychlost, typy mutací, opravné mechanismy, teoretické mutační modely

4. Identifikace kryptických druhů, hybridů a pohlaví pomocí molekulárních metod

Fixovaný polymorfismus, CHD geny u ptáků, chromosom Y u savců

5. Určení otce, matky nebo obou dvou. Minimální počet rodičů vrhu nebo snůšky

Klasický fingerprinting, mikrosatelity, spolehlivost analýzy, jednoduché vyloučení, categorical x fractional likelihood, přehled dostupných programů

6. Populační genetika: studium populační struktury, genetické diversity a inbreedingu

Důsledky Hardy-Weinbergova pravidla, změny alelických frekvencí (mutace, migrace, selekce, velikost populace, genetický drift), Wahlundův princip, F-statistika, fixační indexy, AMOVA, koalescenční přístup, příklady s využitím dostupných programů

7. Fylogeografie: genetická historie rozšíření druhu

Výhody mitochondriální DNA, refugia a kolonizační cesty

8. Hybridní zóny, využití molekulárních znaků ke studiu fitness u volně žijících živočichů

Konstrukce kliny, selekce proti hybridům, rozdíly v chování různých částí genomu

9. Geny a chování - příklady funkčních genů a jejich význam v ekologii

Imunogenetika (imunokompetence, variabilita a analýza MHC systému), geny a komunikace (MHC - výběr partnera, MUPs, ABP)

10. Ochranářská genetika

Odhady Ne, bottleneck, fragmentace populací

11. Genetická historie člověka

Africký versus multiregionální model, Gene Trees, genetická diversita v Africe, DNA neandrtálců, genetické vzdálenosti mezi populacemi

 
Univerzita Karlova | Informační systém UK