Mikroskopická technika - MB160C45

• Anglický název: Microscopic techniques
• Český název: Mikroskopická technika
• Zajišťuje: Katedra parazitologie (31-161)
• Fakulta: Přírodovědecká fakulta
• Platnost: od 2024
• Semestr: zimní
• E-Kredity: 2
• Způsob provedení zkoušky: zimní s.:
• Rozsah, examinace: zimní s.:0/20, Z [HS]
• Počet míst: 250
• Minimální obsazenost: neomezen
• 4EU+: ne
• Virtuální mobilita / počet míst pro virtuální mobilitu: ne
• Stav předmětu: vyučován
• Jazyk výuky: čeština
• Je zajišťováno předmětem: MB160C42
• Vysvětlení: Zápis do paralelek jednotlivých bloků probíhá v prostředí Moodle, viz Anotace
• Poznámka: povolen pro zápis po webu; při zápisu přednost, je-li ve stud. plánu
• Garant: doc. RNDr. Jovana Sádlová, Ph.D.
• Vyučující: prof. RNDr. Jana Albrechtová, Ph.D.; RNDr. Tomáš Bečvář, Ph.D.; RNDr. Barbora Bečvářová, Ph.D.; Mgr. Aleš Benda, Ph.D.; RNDr. Jana Bulantová, Ph.D.; Mgr. Iva Hammerbauerová, Ph.D.; Mgr. Eva Hejduková, Ph.D.; Mgr. Anna Hošková; RNDr. Miroslav Hyliš, Ph.D.; Mgr. Kristýna Jelínková; RNDr. Petr Jan Juračka, Ph.D.; Mgr. Piotr Michal Jurkiewicz, Ph.D.; Mgr. Jan Kollár, Ph.D.; Mgr. Kateřina Kopalová, Ph.D.; Mgr. David Liebl, Ph.D.; Ing. Jiří Mikšátko, Ph.D.; Mgr. Marie Olšinová, Ph.D.; Ing. Dalibor Pánek, Ph.D.; RNDr. Lenka Procházková, Ph.D.; Ing. Petra Prokšová, Ph.D.; Mgr. Adéla Přibylová, Ph.D.; doc. RNDr. Jovana Sádlová, Ph.D.; RNDr. Veronika Sacherová, Ph.D.; RNDr. Aleš Soukup, Ph.D.; Mgr. Ondřej Šebesta; Mgr. Kristýna Štěpánová; Mgr. Vojtěch Vajs
• Třída: SEM s vysokým rozlišením
• Neslučitelnost : MB160C42, MB160C45E
• Je neslučitelnost pro: MB160C42

Anotace

čeština

Cílem praktik je teoreticky i prakticky seznámit studenty se základními druhy mikroskopie - světelnou, fluorescenční a elektronovou. Jedná se o praktická cvičení doplněná teoretickým výkladem, která probíhají v pěti blocích, z nichž každý trvá 3-4 hodiny (obsah jednotlivých bloků je rozepsán níže v Sylabu). Předmět bude vyučován převážně prezenčně (bloky 1,2,3 a 5), pouze u bloku 4 (zpracování a analýza obrazu) je možno splnit praktickou část distančně.
Podmínkou udělení zápočtu je absolvování všech pěti bloků a odevzdání protokolů či splnění testů. Na výuce se podílí mnoho pedagogů z různých kateder a konání jednotlivých bloků je podle časových možností učeben rozeseto po celém zimním semestru. Rozpis termínů a zápis do paralelek na jednotlivé bloky proto nelze řešit přes rozvrhové lístky, ale všechny potřebné informace najdete ve fakultním systému Moodle (Moodle pro výuku 2). Kromě zápisu do paralelek, studijních materiálů a informací Moodle nabízí možnost diskuzních fór, kam můžete například klást dotazy, které by mohly zajímat i ostatní studenty. Navíc skrze Moodle budete také odevzdávat elektronické protokoly či plnit testy. Kurz naleznete pod odkazem elearningový kurz (vpravo nahoře na této stránce) nebo přes: Moodle pro výuku 2/ Přírodovědecká fakulta / ► Sekce biologie / ► Katedra parazitologie / ► MB160C45

Klíč k zápisu do Moodle zní "Mikroskop-2025" a hlásit na paralelky se budete moci od 15. září 2025.
!!! Předmět Mikroskopická technika ale musíte mít především zapsán v systému SIS!!! Kdo nemá předmět zapsán v SIS, nemůže dostat zápočet!!! Moodle slouží jen k zápisu na paralelky!!!

Na blok 1 si přineste nelinkovaný sešit A4 či volné neliknované papíry, obyčejnou tužku, laboratorní plášť, případně (pro své pohodlí) přezůvky. Na paralelku, kam se zapíšete, ve vlastním zájmu opravdu přijďte! Kapacita místností nám nedovoluje přidávat další paralelky, takže je téměř nulová možnost absence nahradit v jiném termínu. Pokud opravdu z vážných důvodů nemůžete dorazit, smažte se v tabulce co nejdříve, aby se mohli zapsat Vaši kolegové.

Pokud narazíte na jakýkoliv problém, neváhejte se na nás obrátit:
Obecné dotazy k předmětu nebo bloku 1 a 2: doc. Jovana Sádlová, [e-mail]
Dotazy k bloku 3: Dr. Veronika Sacherová, [e-mail]
Dotazy k bloku 4: Prof. Jana Albrechtová, [e-mail]
Dotazy k bloku 5: Dr. Aleš Benda, [e-mail]



Těšíme se na shledanou.
Za kolektiv pedagogů
Jovana Sádlová

Poslední úprava: Sádlová Jovana, doc. RNDr., Ph.D. (28.08.2025)

angličtina

“Microscopic techniques” is a course aimed to introduce students to various types of microscopy (light microscopy, fluorescence and electron microscopy) and to the practical use of these techniques on model examples (counting of microscopic objects, digital image analysis). The course consists of 5 blocks. Active participation in all five parts of the course is necessary. The credit is given after the finalization of all the protocols in paper or electronic form (part 1 and parts 2-4, respectively). Pedagogues from several departments provide teaching, and it runs in different schoolrooms during the whole semester. The itinerary and all information you can find on Moodle pro výuku 2 / Přírodovědecká fakulta / ► Sekce biologie / ► Katedra parazitologie / ► MB160C45, with the password "Mikroskop-2025", active from 15th September 20254. Your questions address to [e-mail].

Looking forward to your participation,
Jovana Sadlova and colleagues

Poslední úprava: Sádlová Jovana, doc. RNDr., Ph.D. (28.08.2025)

Literatura

čeština

Studijní materiály naleznete v Moodle kurzu na:
Přírodovědecká fakulta / ► Sekce biologie / ► Katedra parazitologie / ► MB160C45

 

Poslední úprava: SADLOVA/NATUR.CUNI.CZ (25.08.2020)

angličtina

Study materials are in the Moodle on:

Přírodovědecká fakulta / ► Sekce biologie / ► Katedra parazitologie / ► MB160C45

Poslední úprava: Sacherová Veronika, RNDr., Ph.D. (24.10.2019)

Požadavky ke zkoušce

čeština

Podmínkou pro udělení zápočtu je absolvování všech pěti bloků praktik a odevzdání protokolů či testů - na papíře (blok 1) či elektronicky (blok 2-4)

 

Poslední úprava: SADLOVA/NATUR.CUNI.CZ (25.08.2020)

angličtina

Active participation on all five parts of the course is necessary. The credit is given after finalization of all the protocols in paper or electronical form (part 1 and parts 2-4, respectively).

Poslední úprava: Sacherová Veronika, RNDr., Ph.D. (24.10.2019)

Sylabus

čeština

Praktikum je rozděleno na pět částí: 

1. Světelná mikroskopie (Sádlová, Vojtková, Bečvář, Jelínková, Hammerbauerová, Vajs)
Student se seznámí s teorií týkající se světelné mikroskopie, základy práce se světelným mikroskopem a s přípravou nativních a barvených preparátů (barvení Giemsa-Romanowski, anilinovou modří a nativní barvení alizarinem). Pozorovanými objekty jsou prvoci z různých skupin a cerkárie motolic. 

2. Speciální světelná a fluorescenční mikroskopie (Sádlová, Vojtková, Bečvář, Jelínková, Hammerbauerová, Vajs)
Student se seznámí s teorií týkající se kontrastů ve světelné mikroskopii (temné pole, fázový kontrast, Nomarského diferenciální interferenční kontrast, Hoffmanův kontrast), fluorescence a principu fluorescenčního a konfokálního mikroskopu. Prakticky si vyzkouší práci s temným polem, fázovým kontrastem a fluorescenčním mikroskopem.

3. Elektronová mikroskopie (Juračka, Sacherová, Hyliš)
Student se seznámí s teorií elektronové mikroskopie a se základními postupy při přípravě preparátů. Bude si moci vyzkoušet práci se skenovacím a transmisním elektronovým mikroskopem ve specializované laboratoři elektronové mikroskopie včetně přípravy jednoduchého preparátu.

4. Zpracování a analýza obrazu v mikroskopii (Albrechtová, Soukup a kol.)
V této části se student seznámí se základy digitalizace a zpracování obrazu, prezentace obrazu a základními fázemi a operacemi analýzy obrazu. Praktická cvičení jsou prováděna v programu Image J (National Institutes of Health, Bethesda, Maryland, USA; URL: http://imagej.nih.gov). Více na webových stránkách Bloku 4.

5. Pokročilá fluorescenční a elektronová mikroskopie - exkurze do servisní laboratoře zobrazovacích metod BIOCEV (Benda, Liebl, Pánek, Jurkiewicz, Prokšová, Olšinová, Mikšátko, Popelková, Ďurinová, Sungur) Studentům budou vysvětleny formou přednášky přínosy a stručné principy pokročilých mikroskopických metod (super-resoluce, funkční zobrazování (FLIM), korelativní světelná a elektronová mikroskopie (CLEM)) s následnou exkurzí do servisní laboratoře a představením jednotlivých přístrojů (STED mikroskop, STORM and SIM mikroskop, MP mikroskop, FLIM mikroskop, SEM mikroskop).

Poslední úprava: SADLOVA/NATUR.CUNI.CZ (30.08.2024)

angličtina

The course consists of five parts.

1. Light microscopy (Sádlová, Vojtková, Bečvář, Jelínková, Hammerbauerová, Vajs)
Introduction to the basic theory of light microscopy and handling the light microscope. Students will prepare native and stained microscopic slides (Giemsa-Romanowski staining, aniline blue and native alizarin staining). The techniques will be demonstrated on protozoa with various taxonomic affiliation and helminths.

2. Special light and fluorescence microscopy (Sádlová, Vojtková, Majer, Bečvář, Jelínková, Hammerbauerová, Vajs)
Students will be introduced into the basics of the theory of contrasts in the light microscopy (dark field, phase contrast, DIC, Hoffman contrast), fluorescence and confocal microscopy. They will practically learn the work with dark field, phase contrast and fluorescence microscope. 

3. Electron microscopy (Sacherová, Juračka, Hyliš)
Students will be introduced into the theory of electron microscopy and preparation of specimens. They will have chance to work practically with scanning and transmission electron microscope and prepare simple specimens. 

4. Introduction to the image analysis (Albrechtová, Soukup et al.)
In this section, students learn the basics of digitization and image processing and basic operations of image analysis. Practical exercises are conducted in the program ImageJ (National Institutes of Health, Bethesda, Maryland, USA, URL: http://imagej.nih.gov). More on the website of Block 4.

5. Advanced fluorescence and electron microscopy - excursion to the Service Laboratory of Imaging Methods BIOCEV (Aleš Benda et al.)

Students will be introduced into assets and basic principles of advanced microscopical methods (Super-Resolution, Fluorescence Lifetime Imaging Microscopy (FLIM), Correlative Light Electron Microscopy) with excursion to the service laboratory and presentation of individual microscopes (STED microscope, STORM and SIM microscope, MP microscope, FLIM microscope, SEM microscope).

 

 

Poslední úprava: SADLOVA/NATUR.CUNI.CZ (26.08.2024)

Výsledky učení

čeština

Po úspěšném absolvování předmětu student/ka:

Znalosti

1. vysvětlí fyzikální principy světelné, fluorescenční a elektronové mikroskopie včetně rozdílů mezi jednotlivými typy kontrastu a zobrazovacími režimy,
2. popíše principy přípravy biologických preparátů pro světelnou i elektronovou mikroskopii, včetně základních barvicích metod,
3. charakterizuje princip fluorescence, konfokální mikroskopie a vybraných pokročilých zobrazovacích metod (super-rezoluce, FLIM, TIRF, CLEM),
4. shrne základní postupy digitalizace, zpracování a analýzy mikroskopického obrazu.

Dovednosti

1. bezpečně a správně ovládá světelný mikroskop a zvolí vhodný typ kontrastu pro daný biologický objekt,
2. připraví nativní i barvené preparáty pro světelnou mikroskopii a provede jejich mikroskopické hodnocení,
3. prakticky využije temné pole, fázový kontrast a fluorescenční mikroskopii,
4. orientuje se v základní obsluze skenovacího a transmisního elektronového mikroskopu
5. provede základní zpracování a analýzu mikroskopických obrazů v programu ImageJ (úprava obrazu, měření, jednoduchá kvantifikace),
6. interpretuje mikroskopická data a vhodně je prezentuje.

Kompetence

1. kriticky posoudí vhodnost jednotlivých mikroskopických metod pro řešení konkrétní biologické nebo biomedicínské otázky,
2. orientuje se v možnostech moderních zobrazovacích technologií využívaných ve výzkumných laboratořích,
3. pracuje v souladu se zásadami správné laboratorní praxe a bezpečnosti práce s mikroskopickou technikou.

Poslední úprava: Sádlová Jovana, doc. RNDr., Ph.D. (27.01.2026)

angličtina

After successful completion of the course, the student will have achieved the following:

Knowledge

1. Explains the physical principles of light, fluorescence, and electron microscopy, including the differences between individual contrast types and imaging modes.
2. Describes the principles of biological sample preparation for both light and electron microscopy, including basic staining methods.
3. Characterizes the principles of fluorescence, confocal microscopy, and selected advanced imaging methods (super-resolution microscopy, FLIM, TIRF, CLEM).
4. Summarizes the basic procedures of digitization, processing, and analysis of microscopic images.

Skills

1. Safely and correctly operates a light microscope and selects an appropriate type of contrast for a given biological specimen.
2. Prepares native and stained samples for light microscopy and performs their microscopic evaluation.
3. Applies dark-field, phase-contrast, and fluorescence microscopy in practice.
4. Demonstrates basic orientation in the operation of scanning and transmission electron microscopes.
5. Performs basic processing and analysis of microscopic images using ImageJ software (image adjustment, measurements, simple quantification).
6. Interprets microscopic data and presents them appropriately.

Competences

1. Critically evaluates the suitability of individual microscopic methods for addressing specific biological or biomedical questions.
2. Is familiar with the capabilities of modern imaging technologies used in research laboratories.
3. Works in accordance with the principles of good laboratory practice and safety regulations related to microscopic techniques.

Poslední úprava: Sádlová Jovana, doc. RNDr., Ph.D. (27.01.2026)