Practical course of molecular phylogenetics - MB160C21

• Anglický název: Practical course of molecular phylogenetics
• Český název: Praktikum z molekulární fylogenetiky
• Zajišťuje: Katedra parazitologie (31-161)
• Fakulta: Přírodovědecká fakulta
• Platnost: od 2025
• Semestr: zimní
• E-Kredity: 1
• Způsob provedení zkoušky: zimní s.:
• Rozsah, examinace: zimní s.:0/22, Z [HS]
• Počet míst: 20
• Minimální obsazenost: neomezen
• 4EU+: ne
• Virtuální mobilita / počet míst pro virtuální mobilitu: ne
• Stav předmětu: vyučován
• Jazyk výuky: angličtina
• Vysvětlení: Practicals will be held in room 311 (V7) on Thursdays at 14:00-17:15.
• Další informace: http://web.natur.cuni.cz/~vlada/moltax/
• Poznámka: povolen pro zápis po webu; při zápisu přednost, je-li ve stud. plánu
• Garant: doc. Mgr. Vladimír Hampl, Ph.D.
• Vyučující: doc. Mgr. Vladimír Hampl, Ph.D.

Anotace

Annotation - Application of molecular biology techniques in taxonomy, epidemiology, forensic medicine, evolutionary biology, sociobiology. Basic laboratory techniques, sequencing, molecular fingerprinting, DNA hybridization, allozyme analysis, immunological techniques. Genetic distances, construction of phylogenetic trees, analysis of statistical support for the trees. See also http://web.natur.cuni.cz/~vlada/moltax/.

Poslední úprava: Hampl Vladimír, doc. Mgr., Ph.D. (02.09.2024)

Literatura

Relevant online resources to the specific methods are provided during the course.

Poslední úprava: Gáliková Kristýna, Mgr. et Mgr., DiS. (24.10.2025)

Požadavky ke zkoušce

Successful completion of an individual task.

Poslední úprava: Hampl Vladimír, doc. Mgr., Ph.D. (06.10.2025)

Sylabus

Plan of practicals:

1. Database searches, sequence formats, alignment

2. Trees from the DNA sequences

3. Trees from amino acid sequences

4. Bayesian methods, molecular dating

5. Metabarcoding

Poslední úprava: Hampl Vladimír, doc. Mgr., Ph.D. (07.10.2025)

Výsledky učení

After completing the course, students will be able to:

1. Retrieve molecular sequence data from public databases and prepare datasets for phylogenetic analysis.
   

2. Perform sequence alignment and evaluate alignment quality and its impact on tree reconstruction.
   

3. Construct and interpret phylogenetic trees from DNA and protein sequences using distance-based, maximum likelihood, and Bayesian approaches.
   

4. Apply molecular clock and molecular dating methods to estimate divergence times among taxa.
   

5. Use metabarcoding and other molecular approaches to analyse biodiversity and evolutionary relationships.
   

6. Assess statistical support for phylogenetic trees and compare alternative topologies.
   

7. Integrate molecular data with taxonomic and evolutionary hypotheses to draw biologically meaningful conclusions.
   

8. Demonstrate proficiency in using relevant bioinformatic tools and software for molecular phylogenetic analysis.

Poslední úprava: Gáliková Kristýna, Mgr. et Mgr., DiS. (21.10.2025)