Cytometrie - MB151P80

• Anglický název: Cytometry
• Český název: Cytometrie
• Zajišťuje: Katedra buněčné biologie (31-151)
• Fakulta: Přírodovědecká fakulta
• Platnost: od 2025
• Semestr: zimní
• E-Kredity: 4
• Způsob provedení zkoušky: zimní s.:
• Rozsah, examinace: zimní s.:2/1, Z+Zk [HT]
• Počet míst: 40
• Minimální obsazenost: neomezen
• 4EU+: ne
• Virtuální mobilita / počet míst pro virtuální mobilitu: ne
• Stav předmětu: vyučován
• Jazyk výuky: čeština
• Vysvětlení: Předmět je neslučitelný s anglickou paralelkou (letní semestr).
• Poznámka: povolen pro zápis po webu
• Garant: MVDr. Jozef Janda, Ph.D.
• Vyučující: Mgr. Ondřej Honc; MVDr. Jozef Janda, Ph.D.
• Neslučitelnost : MB151P80E
• Je neslučitelnost pro: MB151P80E

Anotace

Předmět Cytometrie představuje studentům principy a využití průtokové cytometrie jako klíčové metody moderního biologického a biomedicínského výzkumu. Kurz se zaměřuje na základní koncepty, návrh experimentů, základní analýzu dat a interpretaci cytometrických výsledků. Vedle klasických aplikací jsou studenti seznámeni s rozmanitými a nově se rozvíjejícími oblastmi využití cytometrie prostřednictvím praktických cvičení, prezentací odborných článků a řízené reflexe. Kurz kombinuje vědeckou rigoróznost s aktivními formami výuky a připravuje studenty na kritické hodnocení a smysluplné využití cytometrie ve výzkumu i praxi.

Poslední úprava: Janda Jozef, MVDr., Ph.D. (02.02.2026)

Literatura

Pro začátečníky:
GIVAN, Alice. L.: Flow Cytometry: First Principles, Wiley-Liss, New York, 2001, ISBN-13: 978-0471382249, ke stažení https://media.beckman.com/-/media/pdf-assets/ebooks/flow-cytometers-ebook-flow-cytometry-first-principles.pdf 
ORMEROD, Michael. G.: Flow Cytometry - A Basic Introduction, http://flowbook.denovosoftware.com/

Pro pokročilé:
SHAPIRO, Howard. M.: Practical Flow Cytometry, 4th Edition. John Wiley and Sons, Inc., New York, 2003, ISBN-13: 978-0471411253, dostupné: https://media.beckman.com/-/media/pdf-assets/ebooks/flow-cytometers-ebook-practical-flow-cytometry.pdf

Metodické učebnice a návody:
ROBINSON, J. Paul. et al.: Current Protocols in Cytometry, John Wiley & Sons, New York, 2003, ISBN-13: 978-0471142959

Cytometrie v kostce: Youtube kanál v češtině https://www.youtube.com/channel/UC04XHayL2NcUVEjzh11odzA?sub_confirmation=1

Poslední úprava: Janda Jozef, MVDr., Ph.D. (23.09.2024)

Požadavky ke zkoušce

Pro udělení zápočtu / absolvování zkoušky musí student:

• Prokázat porozumění základním principům průtokové cytometrie, ověřované znalostním hodnocením (např. testy nebo kvízy).

• Aktivně se účastnit praktických a aplikačních úloh, včetně základní analýzy dat a návrhu panelu nebo experimentu.

• Zpracovat a prezentovat odborný článek využívající průtokovou cytometrii formou journal club prezentace.

• Absolvovat zkušenostní vzdělávací aktivitu, například job shadowing v laboratoři nebo pracovišti využívajícím cytometrii, a tuto zkušenost reflektovat.

• Zapojit se do integračních aktivit kurzu, včetně kreativních nebo reflexivních úloh (např. Creative Cytometry), které propojují cytometrické koncepty s širším vědeckým či praktickým kontextem.

Úspěšné absolvování kurzu vyžaduje jak osvojení znalostí, tak aktivní zapojení do uvedených aktivit.

Poslední úprava: Janda Jozef, MVDr., Ph.D. (02.02.2026)

Sylabus

1. Úvod do průtokové cytometrie

2. Princip fungování cytometru; základy analýzy dat

3. Fluorescence, spektrální překryv a kompenzace; přehled aplikací cytometrie

4. Příprava vzorků pro průtokovou cytometrii; pokročilé metody cytometrie

5. Buněčné sortování; principy návrhu experimentu

6. Cytometrie v imunologii: fenotypizace a funkční analýza lymfocytů; mnohoparametrická analýza

7. Cytometrie rostlin: obsah DNA, buněčný cyklus, proliferace

8. Klinická průtoková cytometrie

9. Analýza buněčné smrti: apoptóza

10. Cytometrie v reálném životě: aplikace, možnosti uplatnění, publikace cytometrických dat

11. Cytometrie malých částic; funkční sondy

12. Cytometrie kreativně; journal club

13. Zápočtový týden; journal club prezentace

Základní struktura každé lekce: Přivítání - teorie  - design experimentu - analýza dat - možnosti uplatnění v reálném životě - shrnutí.

Poslední úprava: Janda Jozef, MVDr., Ph.D. (02.02.2026)

Výsledky učení

Po úspěšném absolvování předmětu Cytometrie bude student schopen:

1. Vysvětlit základní principy průtokové cytometrie a porozumět jejím silným stránkám a omezením jako vědecké metody.

2. Navrhnout jednoduchý experiment průtokové cytometrie, včetně formulace biologické otázky a základního návrhu panelu.

3. Použít základní principy analýzy dat z průtokové cytometrie, včetně gatingových strategií a interpretace výsledků.

4. Kriticky hodnotit vědeckou literaturu využívající průtokovou cytometrii a posoudit vhodnost této metody pro různé biologické otázky.

5. Prokázat základní orientaci v praktických aspektech průtokové cytometrie, včetně přípravy vzorků, obsluhy přístroje a laboratorní bezpečnosti.

6. Srozumitelně komunikovat cytometrické koncepty, a to ústně i písemně, publiku s různou úrovní předchozích znalostí.

Poslední úprava: Janda Jozef, MVDr., Ph.D. (31.01.2026)