PředmětyPředměty(verze: 837)
Předmět, akademický rok 2018/2019
   Přihlásit přes CAS
Analytical methods in cancer and population genomics and transcriptomics - MB151P113E
Anglický název: Analytical methods in cancer and population genomics and transcriptomics
Zajišťuje: Katedra buněčné biologie (31-151)
Fakulta: Přírodovědecká fakulta
Platnost: od 2017 do 2018
Semestr: zimní
E-Kredity: 4
Způsob provedení zkoušky: zimní s.:kombinovaná
Rozsah, examinace: zimní s.:1/0 Zk [týdny/semestr]
Počet míst: neomezen
Minimální obsazenost: neomezen
Stav předmětu: vyučován
Jazyk výuky: čeština
Garant: Mgr. Marian Novotný, Ph.D.
Vyučující: Mgr. Marian Novotný, Ph.D.
Anotace
Poslední úprava: Mgr. Marian Novotný, Ph.D. (28.03.2018)
Kurz se skládá ze dvou částí. V první části představuje základní analytické metody a vypočetní přistupy pro efektivní analýzu celegenomových sekvenačních dat v kontextu resekvenačních experimentů u člověka. V druhé části budou uvedeny základní přistupy k analýze transkriptomických dat. Velký důraz bude kladen na nádorovou genomiku a její omezení. Kurz bude usilovat o zacelení mezery mezi počitačovou vědou a genetikou a bude pracovat s reaálnými příklady z oblasti resekvenování nádorů, vzácných chorob a populačně genomických studií.
Literatura
Poslední úprava: Mgr. Marian Novotný, Ph.D. (28.03.2018)

Cormen, Leiserson, Rivest and Stein. Introduction to Algorithms.

1000 Genomes Project Consortium, A global reference for human genetic variation. Nature. 2015 Oct 1;526(7571):68-74.

Rausch et al., Genome sequencing of pediatric medulloblastoma links catastrophic DNA rearrangements with TP53 mutations. Cell. 2012 Jan 20;148(1-2):59-71.

Medvedev et al., Computational methods for discovering structural variation with next-generation sequencing. Nat Methods. 2009 Nov;6(11 Suppl):S13-20.

Garber M, Grabherr MG, Guttman M, Trapnell C. Computational methods for transcriptome annotation and quantification using RNA-seq. Nat Methods. 2011 Jun;8(6):469-77. doi: 10.1038/nmeth.1613.

Sylabus
Poslední úprava: Mgr. Marian Novotný, Ph.D. (26.03.2018)

Pokryté oblasti:

i)               základní alignment, indexace a grafové algoritmy, datové struktury

ii)             nádorová genomika – čistota nádoru, ploidita a heterogenita

iii)            bodové mutace a „variant calling“

iv)            vizualizace nádorově genomických charakteristik

v)             přístupy ke „srovnávání“ čtení na referenční transkriptom nebo genom

vi)            přístupy k identifikaci exprimovaných genů a izoforem

přístupy k odhadu isoformové četnosti a diferenční exprese

Vstupní požadavky
Poslední úprava: Mgr. Marian Novotný, Ph.D. (28.03.2018)

This course is taught in English.

 
Univerzita Karlova | Informační systém UK