PředmětyPředměty(verze: 825)
Předmět, akademický rok 2017/2018
   Přihlásit přes CAS
Genome-scale metabolic models - MB151P112E
Anglický název: Genome-scale metabolic models
Zajišťuje: Katedra buněčné biologie (31-151)
Fakulta: Přírodovědecká fakulta
Platnost: od 2017 do 2018
Semestr: letní
E-Kredity: 4
Způsob provedení zkoušky: letní s.:kombinovaná
Rozsah, examinace: letní s.:1/0 Zk [týdny/semestr]
Počet míst: neomezen
Minimální obsazenost: neomezen
Stav předmětu: vyučován
Jazyk výuky: čeština
Garant: Mgr. Marian Novotný, Ph.D.
Anotace
Poslední úprava: Mgr. Marian Novotný, Ph.D. (28.03.2018)

Metabolismus je fundamentální buněčný proces, který poskytuje molekulární stavební bloky po růst a udržbu života. Aby mohly buňky optimalizovat využití zdrojů a maximalizovat svou fitnes, musí umět odpovídat na genetické změny a změny přícházející z vnějšího prostředí za pomoci vysoce koordinované regulace metabolismu. Kurz nejprve představí základní principy operace a regulace metabolických sítí a poté pokryje novou oblast genomické úrovně metabolického modelování. Kurz ukáže jak spojit genomická data s mechanistickým modelováním na příkladech buněčných továren a mikrobiálních komunit.
Pokryté oblasti: architektura metabolických sítí, genomická úroveň metabolických modelů, flux balance analýza, složení buněčných továren, simulace metabolických interakcí v mikrobiálních komunitách.
Literatura
Poslední úprava: Mgr. Marian Novotný, Ph.D. (26.03.2018)

Studenti budou mít k dispozici odborné články a kapitoly z knih (příklady jsou uvedeny níže). K dispozici bude také manuál pro cvičení a software pro analýzy.

1. Zelezniak A, Andrejev S, Ponomarova O, Mende DR, Bork P & Patil KR. Metabolic dependencies drive species co-occurrence in diverse microbial communities. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 112 (20), 6449-6454 (2015).

2. Brochado A.R. & Patil K.R. Model-guided identification of gene deletion targets for metabolic engineering in Saccharomyces cerevisiae.  Yeast Metabolic Engineering: Methods and Protocols, Springer, 1152:281-294 (2014).

3. Patil K. R., Rocha I., Forster J. & Nielsen J. Evolutionary programming as a platform for in silico metabolic engineering. BMC Bioinformatics. 6, 308 (2005).

Sylabus
Poslední úprava: Mgr. Marian Novotný, Ph.D. (26.03.2018)

Co studenti na kurzu získají:

i)               základní porozumění metabolických modelů na genomové úrovni

ii)             porozumění převodu genomických a meta genomických dat do metabolických modelů

iii)            dovedodnosti k provádění zakladního metabolického modelování v jednom druhu i komunitách

dovednosti k provádění simulací pro desihn mikrobiálních buněčných továren

Vstupní požadavky
Poslední úprava: Mgr. Marian Novotný, Ph.D. (28.03.2018)

This course is taught in English.

 
Univerzita Karlova | Informační systém UK