PředmětyPředměty(verze: 809)
Předmět, akademický rok 2017/2018
   Přihlásit přes CAS
Epigenetics - MB150P85
Anglický název: Epigenetics
Zajišťuje: Katedra buněčné biologie (31-151)
Fakulta: Přírodovědecká fakulta
Platnost: od 2014
Semestr: zimní
E-Kredity: 3
Způsob provedení zkoušky: zimní s.:
Rozsah, examinace: zimní s.:2/0 Zk [hodiny/týden]
Počet míst: neomezen
Minimální obsazenost: neomezen
Stav předmětu: vyučován
Jazyk výuky: angličtina
Garant: doc. Mgr. Petr Svoboda, Ph.D.
Vyučující: doc. Mgr. Petr Svoboda, Ph.D.
Soubory Komentář
stáhnout 2017 Epigenetics 1.zip Epigenetika 1
stáhnout 2017 Epigenetics 2.zip Epigenetika 2
stáhnout 2017 Epigenetics 3.zip Epigenetika 3
stáhnout 2017 Epigenetics 4.zip Epigenetika 4
stáhnout 2017 Epigenetics 5.zip Epigenetika 5
stáhnout 2017 epigenetics 6.zip Epigenetika 6
Anotace -
Poslední úprava: Mgr. Naděžda Brdičková, Ph.D. (11.04.2012)

Epigenetika je kurz určený pro studenty 2. ročníku magisterského studia a postgraduální studenty, kteří
uvažují o vědecké kariéře v oblasti buněčné a molekulární biologie a
biomedicíny. Kurz byl vytvořen podle přednášek v magisterském a PhD
programu na University of Pennsylvania. Kurz je přednášen v angličtině
interaktivní formou a používá původní data z oblasti epigenetiky. Zásadní
důraz je kladen na syntézu znalostí a řešení problémů. Kurz pokrývá
v první polovině tři hlavní epigenetické mechanismy: histonové modifikace,
DNA metylaci a malé RNA molekuly. Ve druhé polovině pak tyto mechanismy
integruje ve výkladu významných biologických procesů a modelů jako jsou
imprinting, dosage compensation (včetně X-inaktivace), epigenetické
reprogramování v životním cyklu savců a biologie kmenových buněk. V kurzu
jsou podrobně rozebrány metody studia epigenetiky jako jsou chromatinová
imunoprecipitace, bisulfitové sekvenování a RNAi.
Literatura -
Poslední úprava: Mgr. Naděžda Brdičková, Ph.D. (03.04.2012)

Studenti dostávají ke každé přednášce sadu tematických původních článků a recentních review.

Studenti mají k dispozici aktualizovanou prezentaci k přednášce.

Sylabus - angličtina
Poslední úprava: Mgr. Naděžda Brdičková, Ph.D. (11.04.2012)

  • an advanced course for M.Sc. and PhD students (the course is in English)
  • signing up for the course is HIGHLY RECOMMENDED only after completing bachelor studies, ideally in the second year of the masters program.

  • contacts: mail: svobodap@img.cas.cz, phone: 241063147

COURSE PROGRAM:

Introduction
Overview of the course, basic concepts of epigenetic marks, diversity of epigenetic mechanisms and effects

Histone modification I
Concept of chromatin structure. Heterochromatin and euchromatin. Core histones, linker histones, replacement histones, protamines. Methods for studying chromatin.

Histone modification II
Histone modifications, polycomb proteins, acetylation, fosforylation and histone methylations, effects on gene expression.

DNA methylation I
Molecular basis of DNA methylation. CpG and non-CpG methylation. Adenosin methylation. Metods for studying DNA methylation. Bisulfite sequencing.

DNA methylation II
Effects of DNA methylation on gene expression, Methyl-binding proteins and mechanisms of inhibition of gene expression, distribution of DNA methylation within genes and mammalian genomes.

Imprinting
Concept of imprinting, mammalian imprinting. Molecular mechanisms of imprinting. Role of imprinting, Battle of the sexes.

X-inactivation
Principles and different strategies for dosage compensation. Control of X-inactivation in mammals.

Epigenetic reprogramming in the mammalian life-cycle
Integration of epigenetic modification in the mammalian life cycle. Reprogramming of gene expression during development, artificial reprogramming - the traditional view.

Epigenetic mechanisms found in other model systems (plants, yeasts, invertebrates ...)
Selected epigenetic mechanisms controlling genome integrity and gene expression

RNA silencing I - molecular machines for RNA silencing
A historical introduction into RNA silencing. Post-transcriptional effects. Roles and effects of dsRNA. Proteins and complexes in RNA silencing.

RNA silencing II - RNAi technology
Experimental and therapeutic use. Design of RNAi experiments

RNA silencing III - roles of RNA silencing pathways
miRNA pathway, chromatin connection.

Integrated view of regulation of gene expression
Establishment and maintenance of pluripotency in ES cells and embryos

Students are expected to actively participate during the course.

 
Univerzita Karlova | Informační systém UK