PředmětyPředměty(verze: 850)
Předmět, akademický rok 2019/2020
   Přihlásit přes CAS
Od genomu k proteomům - MB140P62
Anglický název: From genome to proteome
Český název: Od genomu k proteomům
Zajišťuje: Katedra genetiky a mikrobiologie (31-140)
Fakulta: Přírodovědecká fakulta
Platnost: od 2014 do 2019
Semestr: letní
E-Kredity: 3
Způsob provedení zkoušky: letní s.:ústní
Rozsah, examinace: letní s.:2/0 Zk [hodiny/týden]
Počet míst: neomezen
Minimální obsazenost: neomezen
Stav předmětu: vyučován
Jazyk výuky: čeština
Úroveň: specializační
Garant: Mgr. RNDr. Libor Krásný, Ph.D.
Anotace -
Poslední úprava: Mgr. RNDr. Libor Krásný, Ph.D. (16.08.2013)
Přednáška je založena na primárních datech z publikací. Přednáška ilustruje, jak dojde k vytvoření modelů/představ o funkci buňky na základě konkrétních exprimentálních výsledků. Cílem přednášky je prohloubit kritické přemýšlení o experimentech a jejich interpretaci. Přednáška předpokládá základní znalosti molekulární biologie. Nicméně, experimentální přístupy/informace nutné k pochopení budou vysvětleny. DŮRAZ BUDE KLADEN NA LOGIKU MYŠLENÍ A NIKOLI MEMOROVÁNÍ INFORMACÍ.
Literatura
Poslední úprava: RNDr. Irena Lichá, CSc. (26.09.2012)

Studenti budou mit k dispozici vybrané experimenty z vybraných odborných článků.

Požadavky ke zkoušce -
Poslední úprava: RNDr. Irena Lichá, CSc. (08.08.2019)

studenti budou hodnoceni na základě písemného testu

Sylabus
Poslední úprava: RNDr. Irena Lichá, CSc. (26.09.2012)

1. DNA

DNA, genom (anotace genomů), organizace, proteiny vázající genom, replikace - regulace elongace replikace, kolize repl. a transkripce, nukleové kyseliny jako "počítače".

2. RNA I

Transkripce: iniciace tnx v detailu-kinetika (např. closed, open complex), malé molekulové effektory (ppGpp, iNTP), elongace, pausing, terminace, prokaryotická "čepička", nanoRNA.

3. RNAII

Transkripce, alternativní sigma faktory (sigma K), transkripční faktory,transkriptomické experimenty: microarrays, chip on chip, RNAseq.

4. Regulace genové exprese

Riboswitches, phosphoswitches, ribozymes.

5. Malé RNA

Malé RNA v bakteriích (6S RNA, tmRNA, porovnání s eukaryoty).

6. Adaptace na nepříznivé podmínky

Kaskáda sigma faktorů - kompetence - kanibalismus - sporulace, bistabilita, bet hedging, Deinococcus, systémy toxin-antitoxin.

7. Tvar buňky

Buňka jako celek/tvar - MreB, spirály MinCDE, lokalizace, nanotubes.

8. Proteiny

Proteomy a další -omy, přístupy, výsledky, modely / databáze.

9. Syntetická biologie

Syntetická biologie - vznik, přístupy; aplikace základního výzkumu

 
Univerzita Karlova | Informační systém UK