PředmětyPředměty(verze: 850)
Předmět, akademický rok 2019/2020
   Přihlásit přes CAS
Multivariační metody v taxonomii - MB120P126
Anglický název: Multivariate methods in taxonomy
Český název: Multivariační metody v taxonomii
Zajišťuje: Katedra botaniky (31-120)
Fakulta: Přírodovědecká fakulta
Platnost: od 2019
Semestr: zimní
E-Kredity: 4
Způsob provedení zkoušky: zimní s.:
Rozsah, examinace: zimní s.:2/1 Z+Zk [hodiny/týden]
Počet míst: neomezen
Minimální obsazenost: neomezen
Stav předmětu: vyučován
Jazyk výuky: čeština
Další informace: http://ibot.sav.sk/usr/Karol/teaching_mat.html
Garant: prof. RNDr. Karol Marhold, CSc.
Vyučující: Mgr. Tomáš Fér, Ph.D.
prof. RNDr. Karol Marhold, CSc.
Anotace -
Poslední úprava: prof. RNDr. Karol Marhold, CSc. (10.09.2009)
Cieľom prednášok je oboznámenie s teoretickými základmi a praktickým uplatnením multivariačných metód v taxonómii. Osobitná pozornosť sa venuje analýze hlavných komponentov, analýze hlavných koordinát, zhlukovej analýze a rôznym typom diskriminačnej analýzy. Osobitná časť prednášky je venovaná geometrickej morfometrike (analýze tvaru). Praktické cvičenia si kladú za cieľ oboznámiť študentov s počitačovými programami používanými v morfometrických štúdiách. Ide predovšetkým o programy SYN-TAX 2000 a SAS.
Na predmet nadväzujú prednášky a cvičenia Kladistika a další metody rekonstrukce evoluce - MB120P83.
Literatura -
Poslední úprava: prof. RNDr. Karol Marhold, CSc. (10.09.2009)

Bookstein, F.L. 1991: Morphometric tools for landmark data: geometry and biology. Cambridge University Press, New York.

Hebák, P., Hustopecký, J., Jarošová, E. & Pecáková, I. 2007: Vícerozměrné statistické metody (1). Ed. 2. Informatorium, Praha.

Hebák, P., Hustopecký, J. & Malá, I. 2005: Vícerozměrné statistické metody (2). Informatorium, Praha.

Hebák, P., Hustopecký, J., Pecáková, I., Průša, M., Řezanková, H., Svobodová, A. & Vlach, P. 2007: Vícerozměrné statistické metody (3). Ed. 2. Informatorium, Praha.

Legendre, P. & Legendre, L. 1998: Numerical ecology. Second English edition. Elsevier, Amsterdam.

Lepš, J. & Šmilauer, P. 2003: Multivariate analysis of ecological data using CANOCO. Cambridge University Press, Cambridge, etc.

Macleod, N. & Forey, P. 2002: Morphology, shape and phylogeny. Taylor and Francis, London, New York.

Macholán, M. 1999: Prokrustes, deformace a nová morfometrie. Vesmír 78: 35-39.

Marcus, L.F., Corti, M., Loy, A., Naylor, G.J.P. & Slice, D.E., eds., 1996: Advances in morphometrics. NATO ASI Series A: Life Sciences 284.

Marhold, K. & Suda, J. 2002: Statistické zpracování mnohorozměrných dat v taxonomi (fenetické metody). - Karolinum, Praha.

Podani, J. 2000: Introduction to the exploration of multivariate biological data. Backhuys Publishers, Leiden.

Požadavky ke zkoušce -
Poslední úprava: prof. RNDr. Karol Marhold, CSc. (03.11.2011)

písemný test a ústní zkouška

Sylabus -
Poslední úprava: prof. RNDr. Karol Marhold, CSc. (10.09.2009)

Porovnanie fenetického a kladistického (parsimonického) prístupu k rekonštrukcii evolučných vzťahov, ich výhody a nevýhody, možnosti alternatívnych prístupov (metóda najväčšej vieryhodnosti, Bayesova metóda); prehľad multivariačných metód používaných v taxonómii; osobitosti geometrickej morfometriky.

Klasifikácia znakov a ich použitie; koeficienty vyjadrujúce vzťahy medzi znakmi alebo objektmi; genetické vzdialenosti; štandardizácia a transformácia dát.

Zhluková analýza; metódy zhlukovej analýzy, výhody a nevýhody jednotlivých metód; zhody (ties).

Ordinačné metódy; analýza hlavných komponentov (PCA), geometrická interpretácia, typy PCA; analýza hlavných koordinát; nemetrické mnohorozmerné škálovanie, stres.

Diskriminačná analýza, požiadavky na dáta; kanonická diskriminačná analýza; klasifikačná diskriminačná analýza, klasifikačné pravidlá; kroková diskriminačná analýza.

Analýza tvaru, geometrická morfometrika; význačné body (landmarks); Booksteinove súradnice tvaru; Prokrustova analýza; metóda ohybných páskov (thin plate spline), deformácie; obrysová analýza (analýza vlastných tvarov, Fourierova analýza).

 
Univerzita Karlova | Informační systém UK