PředmětyPředměty(verze: 953)
Předmět, akademický rok 2023/2024
   Přihlásit přes CAS
Biostatistika II - MB120P102
Anglický název: Biostatistics II
Český název: Biostatistika II
Zajišťuje: Katedra botaniky (31-120)
Fakulta: Přírodovědecká fakulta
Platnost: od 2019
Semestr: zimní
E-Kredity: 2
Způsob provedení zkoušky: zimní s.:
Rozsah, examinace: zimní s.:1/1, Zk [HT]
Počet míst: neomezen
Minimální obsazenost: neomezen
4EU+: ne
Virtuální mobilita / počet míst pro virtuální mobilitu: ne
Stav předmětu: vyučován
Jazyk výuky: čeština
Poznámka: povolen pro zápis po webu
Garant: prof. RNDr. Tomáš Herben, CSc.
Vyučující: prof. RNDr. Tomáš Herben, CSc.
prof. RNDr. Zuzana Münzbergová, Ph.D.
Soubory Komentář Kdo přidal
stáhnout Biostat2-rozpis-prednasek.xls Rozpis jednotlivych prednasek a cviceni prof. RNDr. Tomáš Herben, CSc.
stáhnout bistorta.zip Data o změnách druhového složení luční vegetace v závislosti na managementu (sekání a hnojení): data Sylvie Pecháčkové prof. RNDr. Zuzana Münzbergová, Ph.D.
stáhnout Cerinka.xls Data o sukcesi vegetace ve vápencovém lomu. prof. RNDr. Zuzana Münzbergová, Ph.D.
stáhnout Cotopaxi.zip Data Zdeňka Soldána z lávových proudů Cotopaxi. prof. RNDr. Zuzana Münzbergová, Ph.D.
stáhnout dalsineprime_PetrPetrik.zip Další techniky nepřímé ordinace a klasifikace dat o druhovém složení: vegetace pasek Petra Petříka prof. RNDr. Tomáš Herben, CSc.
stáhnout houby.zip Data Evy Požárové o mykofloristickém složení odkališť. prof. RNDr. Zuzana Münzbergová, Ph.D.
stáhnout magda.R Jednoducha PCA pro soubor Magda. Skript na analýzu pro kontrolu (nestahujte dřív, než budete mít vlastní skript hotov!) prof. RNDr. Tomáš Herben, CSc.
stáhnout magda1.zip Data o chemickém složení půdy na loukách: zkoumání vlivu mravenců na půdu (data Magdy Březnové) prof. RNDr. Tomáš Herben, CSc.
stáhnout mravenci.zip Data Pavla Kováře z geobotanické exkurse o vegetaci mravenišť a okolní louky na třech transektech. prof. RNDr. Tomáš Herben, CSc.
stáhnout neprime_analyzy_PetrPetrik.zip Nepřímé ordinace dat o druhovém složení: vegetace pasek Petra Petříka prof. RNDr. Tomáš Herben, CSc.
stáhnout osypy.zip data o osypech prof. RNDr. Tomáš Herben, CSc.
stáhnout pastvaHM-reseni.ZIP exportovane soubory a skript na analýzu pro kontrolu (nestahujte nic z toho dřív, než budete mít vlastní skripty a exporty hotovy!) prof. RNDr. Tomáš Herben, CSc.
stáhnout PastvaHM.zip Data o vlivu pastvy na vegetaci skalní stepi v průběhu 10 let prof. RNDr. Zuzana Münzbergová, Ph.D.
stáhnout PCA.pptx Presentace bez komentářů prof. RNDr. Zuzana Münzbergová, Ph.D.
stáhnout PCA-Spergula.zip Úvod do mnohorozměrných analýz na příkladu PCA: data o Spergula morisonii prof. RNDr. Tomáš Herben, CSc.
stáhnout prime_analyzy_kovariaty_PetrPetrik.zip Přímé ordinace dat o druhovém složení: analýza s kovariátami (vegetace pasek Petra Petříka) prof. RNDr. Tomáš Herben, CSc.
stáhnout prime_analyzy_PetrPetrik.zip Přímé ordinace dat o druhovém složení: vegetace pasek Petra Petříka prof. RNDr. Tomáš Herben, CSc.
stáhnout prime_analyzy_slozitejsi designy.zip Složitější designy pro statistické testy: data Magdy Březnové o mraveništích prof. RNDr. Tomáš Herben, CSc.
stáhnout Přímé_analýzy1.pptx Komentovaná presentace prof. RNDr. Zuzana Münzbergová, Ph.D.
stáhnout rhedl.zip Data R. Hédla o změnách vegetace bučin prof. RNDr. Zuzana Münzbergová, Ph.D.
stáhnout rokle.zip Data o druhovém složení v pískovcových roklích ve vztahu k hloubce pískového náplavu prof. RNDr. Zuzana Münzbergová, Ph.D.
stáhnout semvegZM.zip Data o složení vegetace a semenné banky suchých trávníků prof. RNDr. Zuzana Münzbergová, Ph.D.
stáhnout skopky.R skopky - skript na analýzu pro kontrolu (nestahujte dřív, než budete mít vlastní skript hotov!) prof. RNDr. Tomáš Herben, CSc.
stáhnout skopky.zip Data o druhovém složení experimentálních společenstev suchých trávníků prof. RNDr. Tomáš Herben, CSc.
stáhnout syllabus.doc syllabus kursu prof. RNDr. Tomáš Herben, CSc.
stáhnout Testy-složitější.pptx Komentovaná presentace prof. RNDr. Zuzana Münzbergová, Ph.D.
stáhnout uvod_R+vegan.zip Úvod do zacházení s balíčkem vegan prof. RNDr. Tomáš Herben, CSc.
stáhnout vypalZM.zip Data o vlivu vypalování a seče na stepní vegetaci. prof. RNDr. Zuzana Münzbergová, Ph.D.
stáhnout ziviny.zip Data o vlivu různých typů hnojení na vegetaci horské louky prof. RNDr. Zuzana Münzbergová, Ph.D.
Anotace -
Navazuje na přednášku Biostatistika a plánování ekologických pokusů a věnuje se tématům mnohorozměrné
statistiky, s důrazem na zpracování ekologických dat. Přednáška předpokládá znalost základů jednorozměrné
statistiky, zejména práce s lineárními modely.

Přednáška poběží turnusově. Ve školním roce 23/24 poběží v době zimního zkouškového období, ve dnech 8. a 9.1. a 15. a 16.1. v poslucharne BB (seminarium v B2). Dopoledne budou přednášky a odpoledne praktika. Začínáme v 9,00. Počítáme s přestávkou na oběd (tak hodinu) a odpoledním blokem praktik tak ca. do 4 hodin.


Na odpoledni praktickou cast je nezbytne, abyste meli vlastni pocitac a na nem nainstalovane R-ko (stahnout z www.r-project.org). Po instalaci R-ka si nainstalujte balicek vegan takto: Otevrit R -> Packages -> Install.packages, v objevivsim se menu vybrat server, z nejz chcete stahovat (neco blizko, typu Nemecko nebo Rakousko), a v dalsim menu vybrat vegan. Je samozrejme mozne pracovat i v prostredi RStudio.



Stručný syllabus kursu:
***********************

Úvod: typy problémů, typická datová struktura

Princip mnohorozměrných technik na příkladu analýzy hlavních komponent (PCA)

Předpoklady PCA, Standardisace dat používané v PCA

Metody pro data s nelineární strukturou: metody využívající vážených průměrů (korespondenční analýza)

Nepřímé a přímé gradientové techniky: v kterém okamžiku použít nezávislou informaci o prostředí

Kanonické techniky: RDA a CCA

Princip Monte Carlo testů

Analýza s kovariátami: jak odstranit vlivy nezávislých proměnných (typicky proměnných prostředí), které nejsou
předmětem studia

Korelativní a manipulativní data v mnohorozměrné situaci

Použití kanonických mnohorozměrných technik pro vyhodnocení dat z manipulativních pokusů (analogie ANOVA)

Speciální případy v randomisačních testech (blokové uspořádání pokusu, "split-plot design", opakovaná měření a
další)

Ordinační techniky postavené na matici vzdáleností: mnohorozměrné škálování

Základní klasifikační techniky
Poslední úprava: Herben Tomáš, prof. RNDr., CSc. (15.11.2023)
Požadavky ke zkoušce

Analýza dat z vlastní práce a její prezentace. (V případě potřeby dodáme vhodná data pro analýzu.)

Doplňovací test.

Poslední úprava: Herben Tomáš, prof. RNDr., CSc. (02.12.2015)
Sylabus

Aktuální sylabus kurzu je v souboru Syllabus.doc.

 

Rozpis jednotlivých přednášek je v Excelovém souboru Biostat2-rozpis-prednasek.xls.

 

 

Poslední úprava: Herben Tomáš, prof. RNDr., CSc. (01.02.2021)
 
Univerzita Karlova | Informační systém UK