DNA metabarcoding – praktický kurz zpracování dat - MB120C24

• Anglický název: DNA metabarcoding - data analysing course
• Český název: DNA metabarcoding – praktický kurz zpracování dat
• Zajišťuje: Katedra botaniky (31-120)
• Fakulta: Přírodovědecká fakulta
• Platnost: od 2025
• Semestr: letní
• E-Kredity: 2
• Způsob provedení zkoušky: letní s.:
• Rozsah, examinace: letní s.:0/4, Z [DS]
• Počet míst: 15
• Minimální obsazenost: neomezen
• 4EU+: ne
• Virtuální mobilita / počet míst pro virtuální mobilitu: ne
• Stav předmětu: vyučován
• Jazyk výuky: čeština
• Poznámka: povolen pro zápis po webu
• Garant: doc. Mgr. Pavel Škaloud, Ph.D.

Anotace

čeština

Turnusový kurz zaměřený na analýzu dat získaných metodou DNA metabarcoding (Illumina amplicon sequencing) - od analýzy kvality readů po vytvoření tabulek abundancí jednotlivých taxonů. Kurz bude sestávat jak z teoretické, tak praktické části, kde se účastníci naučí jak analyzovat vlastní či dodaná data pomocí široké škály bioinformatických nástrojů. Proces analýzy dat bude vycházet z nástrojů Báilint pipeline (
https://doi.org/10.1002/ece3.1107), a bude obsahovat analýzu kvality readů (FastQC, perl skripty), paired-end assembly (PANDAseq), demultiplexing (fqgrep), clustering (swarm), detekci chimér (usearch), automatický blast (SEED2) a fylogenetické vymezení taxonů (IQtree). Výuka probíhá turnusově mimo prostory fakulty na terénní stanici ve Velemíně a není požadována finanční spoluúčast studentů na ubytovacích nákladech. Požadavky pro splnění zápočtu: aktivní účast na kurzu.

V roce 2026 se kurz uskuteční pravděpodobně v první polovině dubna, dle časových možností účastníků.

Poslední úprava: Škaloud Pavel, doc. Mgr., Ph.D. (20.12.2025)

angličtina

A course focused on the analysis of data obtained by the DNA metabarcoding method (Illumina amplicon sequencing) - from the quality analyses to obtaining abundance tables of individual taxa. The course will consist of both a theoretical and a practical part, where participants will learn how to analyze data using a wide range of bioinformatics tools. The data analysis pipeline will be based on Báilint tools ( https://doi.org/10.1002/ece3.1107 ), and will include quality filtering (FastQC, perl scripts), paired-end assembly (PANDAseq), demultiplexing (fqgrep) clustering ( swarm), chimera detection (usearch), automatic blast (SEED2) and phylogenetic delimitation of taxa (IQtree).
The course is given only in Czech for a better understanding of the methodologies.

Poslední úprava: Škaloud Pavel, doc. Mgr., Ph.D. (17.07.2024)

Výsledky učení

Po úspěšném absolvování kurzu student:

1. Rozumí principům DNA metabarcodingu a Illumina amplicon sequencingu a dokáže popsat jednotlivé kroky workflow od surových readů po tabulky abundancí.

2. Posoudí kvalitu sekvenačních dat pomocí FastQC a doplňkových skriptů a interpretuje výstupy kontroly kvality.

3. Provede základní preprocessing dat, včetně paired-end assembly (PANDAseq) a demultiplexingu (fqgrep), a ověří správnost přiřazení vzorků.

4. Aplikuje metody clusteringu (swarm) a detekce chimér (usearch) a interpretuje jejich výsledky.

5. Provede taxonomické přiřazení sekvencí pomocí automatizovaného BLASTu (SEED2) a vyhodnotí míru shody a nejistoty.

6. Sestaví fylogenetický strom v IQ-TREE a interpretuje jeho topologii a podporu větví ve vztahu k taxonomickému vymezení.

7. Vytvoří a exportuje tabulky abundancí a vysvětlí rozdíl mezi relativní a absolutní abundancí.

8. Samostatně pracuje s bioinformatickým workflow Bálint pipeline a dokáže analyzovat vlastní nebo poskytnutá data.

9. Srozumitelně prezentuje a diskutuje výsledky analýzy, včetně biologické interpretace a limitů použité metody.

Poslední úprava: Škaloud Pavel, doc. Mgr., Ph.D. (20.12.2025)