Nebojte se příkazové řádky Linuxu! Je to mocný a přívětivý nástroj umožňující efektivně zpracovat i velká data a zautomatizovat činnosti. Prakticky shodně funguje příkazová řádka i v Apple macOS, BSD a dalších UNIXových systémech, nejen v Linuxu. Kurz je vhodný pro úplné začátečníky i mírně pokročilé. Jediným vstupním požadavkem je zájem (nebo potřeba) pracovat v příkazové řádce, typicky na linuxovém výpočetním serveru.
Znalosti práce v Linuxu/UNIXu se hodí např. při zpracování rozsáhlých molekulárních a jiných dat na výpočetních clusterech jako je MetaCentrum. To je služba CESNETu poskytující přístup k obrovské výpočetní kapacitě, kterou mohou všichni studenti a zaměstnanci akademických institucí v Česku využít pro své výpočty. Znalosti z kurzu tam ihned můžete zúročit. Kurz poskytuje teoretický úvod i řadu praktických příkladů a cvičení.
Kurz poběží turnusově 4 dny.
Bude-li se kurzu účastnit alespoň jeden člověk nemluvící česky, kurz bude anglicky.
Kurz bude probíhat 19.-22. 1. 2027 v Benátské 2 v učebně B12 od 9:00 do ca. 15:30 (s dostatkem přestávek).
Konzultace jsou možné kdykoliv po předchozí e-mailové domluvě.
Poslední úprava: Zeisek Vojtěch, Mgr., Ph.D. (27.09.2026)
Don't be afraid of the command line! It is a friendly and powerful tool, allowing you to process large data and automate tasks. Practically identical is command line also in Apple macOS, BSD and other UNIX-based systems, not only in Linux. The course is designed for total beginners as well as intermediate advanced students. The only requirement is an interest (or need) to work in command line, typically on Linux computing servers.
Knowledge of Linux/UNIX is useful, e.g. for working with large molecular and other data on computing clusters like MetaCentrum. It is a service provided by CESNET, allowing access to huge computational capacity, which is readily available for all students and employees of Czech academic institutions to process their data. You can immediately use skills learned during the course. The course contains theoretical introduction, as well as plenty of practical examples and exercises.
The course will be taught January 19-22, 2027, Benátská 2, lecture room B12, from 9:00 to ca. 15:30 (with enough breaks).
Consultations are possible any time, after previous e-mail agreement.
Poslední úprava: Zeisek Vojtěch, Mgr., Ph.D. (27.09.2026)
Poslední úprava: Zeisek Vojtěch, Mgr., Ph.D. (11.11.2021)
Kontroly studia předmětu a podmínky pro jejich úspěšné vykonání, způsob hodnocení -
Aktivní účast.
Kladení a zodpovídaní otázek v průběhu výuky týkajících se probíraných témat.
Napsat krátký BASH skript řešící nějakou praktickou úlohu, např. analýza vlastních dat na MetaCentru. Mělo by jít o nějaký problém, který student reálně prakticky řeší. Při psaní je možné využít dokumentaci, hledat na internetu, použít kontroly syntace jako ShellCheck apod. Skript nemusí být dokonale bezchybný, ale musí být funkční. Pokud student použije AI (LLM), musí jasně popsat jak jí použil, co byl jeho vstup, co udělala AI Dále v takovém případě skript musí pracovat s reálnými daty studenta a musí být naprosto dokonale bezchybný.
Napsat na Wikipedii alespoň jednu normostranu o libovolném tématu souvisejícím s probíranými tématy. Může jít i o překlad, úpravy stávajícíh článků, o příspěvky do několika kratších článků, apod. Mělo by jít o jazykovou verzi Wikipedie odpovídající mateřskému jazyku studenta (tedy typicky českou nebo slovenskou verzi). Stránka musí odpovídat standardům Wikipedie (styl, zdroje, odkazy a zpětně odkazy, zařazení do kategorií apod.). AI (LLM) lze využít na revizi napsaného článku, popřípadě k překladu z cizího jazyka. Potom je vždy nutná ruční kontrola a doplnění všech náležitostí jako jsou odkazy.
Poslední úprava: Zeisek Vojtěch, Mgr., Ph.D. (27.09.2026)
Active participation.
Asking and answering questions during class regarding the topics covered.
Write a short BASH script that solves a practical problem, such as analyzing your own data on MetaCenter. It should address a problem that the student is actually dealing with in practice. When writing the script, students may consult documentation, search the Internet, and use syntax checkers such as ShellCheck, etc. The script does not have to be completely error-free, but it must be functional. If a student uses AI (LLM), they must clearly describe how they used it, what their input was, and what the AI did. Furthermore, in such a case, the script must work with the student’s real data, and must be absolutely error-free.
Write at least one standard page on Wikipedia on any topic related to the course material. This may include a translation, edits to existing articles, contributions to several shorter articles, etc. The page should be in the language version of Wikipedia corresponding to the student’s native language (typically non-English version). The page must comply with Wikipedia standards (style, sources, links and backlinks, categorization, etc.). Note that exact requirements vary among various language versions. AI (LLM) may be used to review the written article or,to translate from a foreign language. Afterward, manual review and the addition of all necessary elements, such as links, are always required.
Poslední úprava: Zeisek Vojtěch, Mgr., Ph.D. (27.09.2026)
Sylabus -
Předpěžný přehled témat a rozvrh (může být upraven podle požadavků účastníků):
Skriptování v BASH: kostra skriptu, proměnné, funkce, čtení vstupu
Větvení kódu, cykly
Balíčkovací systémy, kompilace, Java
Windows aplikace (Wine), vědecké aplikace, hry
Datové servery a přenos dat (SFTP, …)
Den 4
MetaCentrum: informace, použití, úlohy, grafické připojení, další služby
Kontejnery: Singularity/Apptainer
Lokální jazykové modely: Ollama
Git: principy, základy, úlohy
Administrace
Závěr, další zdroje
Zápočty budou probíhat poslední den, případně po individuální domluvě. Bude tam prostor i pro konzultace specifických problémů a otázek jednotlivých účastníků.
Poslední úprava: Zeisek Vojtěch, Mgr., Ph.D. (27.09.2026)
Preliminary list of topics and schedule (may be edited according to the wishes of the participants):
Day 1
Introduction: learning machine, what is a "UNIX", licenses
Linux in general, distributions and their differences
Windows applications (Wine), scientific applications, games
Data servers and data transfer (SFTP, …)
Day 4
MetaCentrum: information, usage, tasks, graphical connection, more services
Containers: Singularity/Apptainer
Local language models: Ollama
Git: principles, basics, tasks
Administration
Wrap-up, further resources
Exams will take place last day, or any time in the future according to individual arrangement. There will also be room for consultations of specific issues of individual participation.
Poslední úprava: Zeisek Vojtěch, Mgr., Ph.D. (27.09.2026)
Výsledky učení - angličtina
After completing the course, students will be able to:
Understand the structure and philosophy of UNIX/Linux systems, including their architecture, user management, and file organization.
Operate the Linux command line environment confidently and use basic shell commands for navigation, file handling, and system management.
Apply command-line tools for automation, text processing, and task scheduling.
Edit and manage configuration files using a selected text editor and use standard input/output redirection and pipes effectively.
Install, update, and compile software packages using package management systems and source code.
Write simple shell scripts to automate repetitive tasks and manage computational workflows.
Access and run computational tasks on remote servers and high-performance computing platforms such as MetaCentrum.
Troubleshoot common problems in the Linux environment and utilize online documentation and community resources for independent problem-solving.
Poslední úprava: Gáliková Kristýna, Mgr. et Mgr., DiS. (21.10.2025)
Podmínky zápisu předmětu -
Nebát se příkazové řádky. :-)
Na kurz potřebujete
Jakoukoliv motivaci používat příkazovou řádku (např. potřebu zpracovávat data na linuxovém serveru, MetaCentru apod.).
Funkční připojení k Wi-Fi. Buď Eduroam (nastavte si jej pomocí fakultních nebo doporučených obecných instrukcí) nebo můžete v přihlášce požádat o dočasné jméno a heslo.
Jakýkoliv počítač s Linuxem - ať už samotný Linux, dualboot, virtualizaci (pro výuku je připraven obraz pro VirtualBox), popřípadě Cygwin nebo linuxový subsystém ve Windows 11, je to jedno. Nebo jiný UNIX (osX apod.). K dispozici bude výukový server, ke kterému se účastníci budou připojovat. Může tedy stačit používat Putty a připojení k tomuto serveru, nicméně to nebude umožňovat vyzkoušet si úplně všechno.
Poslední úprava: Zeisek Vojtěch, Mgr., Ph.D. (27.09.2026)
Don't be afraid of the command line!
For course, you need
Any motivation to use command line (e.g. need to process large data on Linux server, e.g. on MetaCentrum).
Working Wi-Fi. Eduroam (set it up using faculty or recommended general instructions), or in application form You can ask for temporary password.
Any computer with Linux - Linux-only machine, dualboot, virtualisation (image for VirtualBox is be available), or Cygwin or Linux subsystem in Windows 11, it doesn’t matter. Or another UNIX (osX and so on.). There will be a training server where we will connect to. It can be enough just to use Putty and log in from Windows to this server, but it won’t be possible to do all the exercises on the server.
Poslední úprava: Zeisek Vojtěch, Mgr., Ph.D. (27.09.2026)
