PředmětyPředměty(verze: 904)
Předmět, akademický rok 2022/2023
   Přihlásit přes CAS
Target enrichment for plant systematics - methodological workshop - MB120C117
Anglický název: Target enrichment for plant systematics - methodological workshop
Český název: Target enrichment v rostlinné systematice - praktické cvičení
Zajišťuje: Katedra botaniky (31-120)
Fakulta: Přírodovědecká fakulta
Platnost: od 2021
Semestr: letní
E-Kredity: 5
Způsob provedení zkoušky: letní s.:
Rozsah, examinace: letní s.:0/8 [dny/semestr]
Počet míst: 15
Minimální obsazenost: neomezen
Virtuální mobilita / počet míst: ne
Stav předmětu: vyučován
Jazyk výuky: angličtina
Poznámka: povolen pro zápis po webu
Garant: Roswitha Elisabeth Schmickl, Ph.D.
Mgr. Tomáš Fér, Ph.D.
Třída: Ultrapřesný sonikátor pro štěpení DNA/RNA pro příp
Původní předmět
Anotace -
Poslední úprava: Mgr. Michal Štefánek (31.05.2020)
Praktický kurz fylogenomických metod se zaměřením na NGS metodu Hyb-Seq. Metoda Hyb-Seq kombinuje
cílené obohacení a tzv. mělké sekvenování genomu. V rámci kurzu budou probrány základy i nejnovějších
poznatky v oblasti Hyb-Seq (návrh sond, laboratorní postup, analýza dat). Součástí kurzu je i práce s daty a jejich
praktické analýzy různými přístupy, od primárních dat po konstrukci evolučních stromů koalescenčními a dalšími
metodami. V laboratorní části kurzu budou připravovány a obohacovány NGS knihovny s využitím sonikátoru.

Předmět je vyučován v rámci projektu CZ.02.2.69/0.0/0.0/18_056/0013322 s názvem ESF pro VŠ II na UK.
Literatura -
Poslední úprava: Roswitha Elisabeth Schmickl, Ph.D. (01.03.2021)

Bleidorn C. (2017): Phylogenomics. An Introduction. Springer
Bromham L. (2016): An introduction to molecular evolution and phylogenetics. 2nd edition. Oxford University Press
Weitemier K .et al. (2014): Hyb-Seq: Combining target enrichment and genome skimming for plant phylogenomics. Applications in Plant Sciences 2(9): apps.1400042

Požadavky ke zkoušce -
Poslední úprava: Roswitha Elisabeth Schmickl, Ph.D. (01.03.2021)

Krátký protokol o analýze cvičných dat.

Sylabus -
Poslední úprava: Roswitha Elisabeth Schmickl, Ph.D. (01.03.2021)

1. Teoretická část A: target enrichment
- princip metody, (ne)výhody metody
- nejdůležitější články - diskuze
- teorie laboratorního postupu
- fylogenomika, genové stromy vs. druhový strom

2. Teoretická část B: vývoj sond
- design prob pro enrichment
- univerzální a skupinově specifické proby
- software pro vývoj sond

3. Laboratorní část
- příprava knihoven pomocí sonikace
- délková selekce, kvantifikace a pooling
- obohacení knihoven

4. Počítačové praktikum - práce s Hyb-Seq daty v prostředí MetaCentra
- HybPhyloMaker
- HybPiper

 

Předmět je vyučován v rámci projektu CZ.02.2.69/0.0/0.0/18_056/0013322 s názvem ESF pro VŠ II na UK.

 
Univerzita Karlova | Informační systém UK