PředmětyPředměty(verze: 809)
Předmět, akademický rok 2017/2018
   Přihlásit přes CAS
3D zobrazovací metody aplikované v antropologii - MB110C77
Anglický název: 3D display methods used in anthropology
Zajišťuje: Katedra antropologie a genetiky člověka (31-110)
Fakulta: Přírodovědecká fakulta
Platnost: od 2017
Semestr: letní
E-Kredity: 3
Způsob provedení zkoušky: letní s.:
Rozsah, examinace: letní s.:0/1 Z [týdny/semestr]
Počet míst: 15
Minimální obsazenost: 5
Stav předmětu: vyučován
Jazyk výuky: čeština
Garant: doc. RNDr. Jana Velemínská, Ph.D.
Vyučující: RNDr. Šárka Bejdová, Ph.D.
Mgr. Eva Hoffmannová
doc. RNDr. Jana Velemínská, Ph.D.
Anotace -
Poslední úprava: doc. RNDr. Jana Velemínská, Ph.D. (24.04.2012)

Zavedení trojrozměrných metod do oboru antropologie je důležité pro studium mikro a makroevolučních změn vývoje člověka v geografickém i časovém horizontu, pro sledování normálního i patologického růstu a vývoje komponent lidského těla. Cílem týdenního kurzu je naučit se používat přístroje zaznamenávající 3D model objektu, osvojit si potřebný software pro manipulaci s modely včetně statistického zpracování získaných dat. 3D kontaktní scanner MicroScribe G2X pomocí dotykového ramena přenáší zadávané význačné body (landmarky), křivky či jednoduché části povrchu objektu do programu MO Excel nebo do prostředí programu Rhinoceros NURBS modeling, v. 3.0, kde vzniká prostorový model objektu. Laserový scanner Roland LPX 250 snímá povrch objektu (maximální přesnost 0,2 mm) a zobrazí jeho trojrozměrný model (v případě komplikovaného modelu jeho jednotlivé části) v programu Dr. Picza 3. Základním softwarem pro sestavování konečného modelu, nezbytné úpravy jeho povrchu a pro jeho následnou analýzu je program PixForm. Použití obou scannerů bude demonstrováno na osteologickém materiálu a sádrových odlitcích (např. odlitky zubních oblouků, výlitky mozkovny člověka). Třetím přístroj, který se studenti naučí používat, je optický scanner Vectra 3D sloužící k snímání povrchu obličeje člověka.
Získaná data budou statisticky zpracována za použití programů Past.exe a Morphologica apod. (metody klasické i geometrické morfometrie).
Literatura
Poslední úprava: VACKOVA (24.04.2006)

Slice, DE., 2005. Modern Morphometrics in Physical Antropology. Kluwer Academic / Plenum Publisher, New York.

Zeldich, ML., Swiderski, DL, Sheets, HD., Fink, WL., 2004. Geometric Morphometrics for Biologists: a Primer. Elsvier Academic Press, New York.

Zima J., Macholán M. Analýza fenotypu In: Zima J., Machlán M. Munclinger P., Piálek J., 2004. Genetické metody v zoologii. Karolínum, Praha, str. 9-49.

Požadavky ke zkoušce
Poslední úprava: doc. RNDr. Jana Velemínská, Ph.D. (24.04.2012)

Zápočet je udělován za prezenci a za vypracování zadaného protokolu. Výběr tématu protokolu dle dohody (práce s landmarkovými daty, křivkami, povrchovými či objemovými daty).

Sylabus
Poslední úprava: doc. RNDr. Jana Velemínská, Ph.D. (24.04.2012)

Sylabus

1. Úvod do problematiky, popis přístrojového a softwarového vybavení 3D laboratoře, aktuální témata výzkumu; přístroj MicroScribe (landmarková data, křivky), popis práce, demonstrace přístroje

2. Praktické cv.: zadáváni množiny bodů a křivky na lebce; vizualizace dat v softwaru Rhinoceros, vizualizace a zpracování dat v softwaru Morphologika, Past

3. Snímání obličeje studentů za využití faciálního skeneru Vectra 3D, úprava skenů v softwaru Rapidform

4. Demonstrace laserových skenerů Roland LPX250 a LPX1200, práce se softwarem Pixform

5. Demonstrace práce s přístrojem Smart 3D Breukmann, snímání a vytváření modelů dlouhých kostí

6. Zpracovávání objemových dat z CT, práce se softwarem Avizo 5, segmentace objemových dat

7. Příklady zpracovávání 3D dat metodami geometrické morfometrie za využití softwaru Morphome3cs i jiných softwarů

 
Univerzita Karlova | Informační systém UK