Introduction to applied bioinformatics - GDEXP09

• Anglický název: Introduction to applied bioinformatics
• Zajišťuje: Katedra biochemických věd (16-16160)
• Fakulta: Farmaceutická fakulta v Hradci Králové
• Platnost: od 2020
• Semestr: oba
• Body: 0
• E-Kredity: 0
• Způsob provedení zkoušky: ústní
• Rozsah, examinace: 0/0, Zk [HT]
• Počet míst: zimní:neurčen / neurčen (neurčen); letní:neurčen / neurčen (neurčen)
• Minimální obsazenost: neomezen
• 4EU+: ne
• Virtuální mobilita / počet míst pro virtuální mobilitu: ne
• Stav předmětu: vyučován
• Jazyk výuky: angličtina
• Způsob výuky: prezenční
• Poznámka: předmět je určen pouze pro doktorandy; předmět lze zapsat v ZS i LS
• Garant: doc. Ing. Petra Matoušková, Ph.D.
• Záměnnost : GDEPX09
• Je záměnnost pro: GDEPX09

Anotace

čeština

viz text u české verze předmětu

Poslední úprava: Matoušková Petra, doc. Ing., Ph.D. (25.03.2025)

angličtina

Bioinformatics is an interdisciplinary field of science dealing with the storage, classification, analysis, and interpretation of biological data. In the subject Introduction to Applied Bioinformatics students learn about possibilities how to find and use bioinformatics databases and tools. This subject is focused mainly on practical usage and training of various web-based programs and software tools. Topics include scientific literature search, databases of protein and nucleotide sequences, sequences comparison and their feature analysis, restriction analysis, primer design, specialized databases, etc.

Poslední úprava: Matoušková Petra, doc. Ing., Ph.D. (25.03.2025)

Podmínky zakončení předmětu

čeština

viz text u české verze předmětu.

Poslední úprava: Matoušková Petra, doc. Ing., Ph.D. (25.03.2025)

angličtina

To obtain course credit, students must meet the attendance requirement (at least 80%) and complete and submit all short exercises (homework) covered in the seminars (submission via Moodle).

The exam is conducted in written form on computers by completing a given set of tasks (with the possibility of using all available materials).

Poslední úprava: Matoušková Petra, doc. Ing., Ph.D. (25.03.2025)

Literatura

Selzer, Paul M. Applied bioinformatics : an introduction. Springer, 2018. ISBN 978-3-319-68299-0

Poslední úprava: Matoušková Petra, doc. Ing., Ph.D. (25.03.2025)

Sylabus

čeština

viz u české verze předmětu.

Poslední úprava: Matoušková Petra, doc. Ing., Ph.D. (25.03.2025)

angličtina

1. Literature Search Options

UKAŽ, PubMed, Web of Science, Scopus

Citation management software (Web EndNote, EndNote, Mendeley)

Impact factor, H-index, predatory journals

2–4. Proteins

Protein databases and sequence search

Sequence formats and sequence manipulation

Sequence properties, domain prediction, and transmembrane region prediction

Sequence comparison: pairwise and multiple alignment, similarity search (BLAST), phylogenetic tree construction

5–9. Nucleic Acids

DNA sequence databases

Nucleotide sequence analysis: polymorphism detection, restriction analysis, in silico cloning

Primer design for various applications (qPCR, mutagenesis)

Gene search and identification, analysis of "unknown" sequences, open reading frame (ORF) identification

10. Specialized Databases

Expression Atlas, Enzyme, and others

Poslední úprava: Matoušková Petra, doc. Ing., Ph.D. (25.03.2025)