SubjectsSubjects(version: 837)
Course, academic year 2018/2019
   Login via CAS
Bioorganic chemistry - NBCM010
Title in English: Bioorganická chemie
Guaranteed by: Institute of Physics of Charles University (32-FUUK)
Faculty: Faculty of Mathematics and Physics
Actual: from 2014 to 2020
Semester: winter
E-Credits: 5
Hours per week, examination: winter s.:2/1 C+Ex [hours/week]
Capacity: unlimited
Min. number of students: unlimited
State of the course: taught
Language: Czech
Teaching methods: full-time
Guarantor: prof. RNDr. Marek Procházka, Ph.D.
Classification: Physics > Biophysics and Chemical Physics
Is pre-requisite for: NBCM012, NBCM011, NBCM018
Annotation -
Last update: T_FUUK (25.02.2008)
Principles of biochemistry - structure and properties of important metabolites (saccharides, proteins, lipids, nucleic acids and nucleotides), enzyme catalysis.
Aim of the course -
Last update: CALOUPKA/MFF.CUNI.CZ (29.04.2008)

Main goal is to familiarize students with structure and properties of the most important biomolecules and foundations of enzyme catalysis.

Course completion requirements - Czech
Last update: RNDr. Kateřina Hofbauerová, Ph.D. (06.10.2017)

Zápočet se uděluje po úspěšném absolvování dvou testů (z organické chemie a z biochemické části).

Na zkoušku je nutný zápočet z cvičení.

Literature -
Last update: RNDr. Kateřina Hofbauerová, Ph.D. (12.09.2017)
  • D.L.Nelson, M.M.Cox: Lehninger Principles of Biochemistry, W.H.Freeman&Co., New York, 2005.
  • H.R.Horton, L.A. Moran, K.G. Scrimgeour, M.D. Perry, J.D. Rawn: Principles of Biochemistry, Pearson Education, Inc., 2006.
  • D.Voet, J.G. Voetová: Biochemie, Victoria Publishing, Praha, 1994.
  • D.Voet, J.G. Voet: Biochemistry, Wiley, 2004.

  • M.Kodíček, O. Valentová, R.Hynek: Biochemie: chemický pohled na biologický svět, VŠCHT Praha, 2015.
  • Z.Vodrážka: Biochemie, Academia, Praha, 2002.
  • P.Klouda: Základy biochemie, Pavel Klouda, Ostrava, 2000.
  • L.Stryer: Biochemistry, New York, 1995.
  • T.M.Devlin: Textbook of Biochemistry, Wiley-Liss, Inc., New York, 1993.
  • R.K.Murray, D.A.Bender, K.M.Botham, P.J.Kennelly, V.W.Rodwell, P.A.Weil: Harperova ilustrovaná biochemie, Galén, 2013.

  • J.McMurry: Organická chemie, VŠCHT Praha, 2015. překlad 8.vydání
  • J.McMurry: Organic Chemistry, 8th edition, Cengage Learning, 2011.
  • J.McMurry: Organická chemie, VŠCHT Praha, 2007.
  • cvičení on-line k J.McMurry: Organická chemie http://chemistry.brookscole.com/mcmurry6e
  • S.McMurry: Studijní příručka a řešené příklady k 6. vydání učebnice J. McMurry "Organická chemie", VŠCHT Praha, 2009.
  • P.Hrnčiar: Organická chémia. 3., přeprac. vyd. Bratislava: Slovenské pedagogické nakladateľstvo, 1990.
  • J.Pacák: Jak porozumět organické chemii, Karolinum, Praha, 1997.
  • A.Janeczková, P.Klouda: Organická chemie, Pavel Klouda, Ostrava, 2001.

Requirements to the exam - Czech
Last update: prof. RNDr. Marek Procházka, Ph.D. (17.10.2017)

Zkouška se skládá z části písemné formou testu a ústní. Úspešné složení písemné části je nutnou podmínkou pro část ústní.

Syllabus -
Last update: prof. RNDr. Marek Procházka, Ph.D. (01.10.2013)
I. BASIS OF ORGANIC CHEMISTRY

  • chemical bond, organic nomenclature, reactions in organic chemistry, hydrocarbons, hydrocarbon derivatives, important heterocycles)
  • water properties

II. SACCHARIDES AND GLYKOBIOLOGY

  • monosaccharides and disaccharides
  • oligosaccharides and polysaccharides
  • glycoconjugates (proteoglycans, glycoproteins, glycolipids)

III. LIPIDS, BIOMEMBRANES AND TRANSPORT

  • definition, nomenclature, chemical properties and reactions
  • fatty acids
  • storage lipids - triacylglycerols (fat vs. oil), waxes
  • membrane lipids - phospholipids, sphingolipids, galactolipids and sulpholipids
  • eikosanoids (prostaglandins, leukotriens, thromboxans)
  • isoprenoids - terpenoids and steroids

IV. NUCLEOTIDES AND NUCLEIC ACIDS

  • bases, nucleosides, nucleotides and nucleic acides
  • bases - tautomery, pK
  • nucleic acid structure
  • nucleic acid chemistry

V. AMINO ACIDS, PEPTIDES AND PROTEINS

  • amino acids
  • peptides, peptide bond
  • proteins
  • 3D structure of proteins (primary, secondary, tertiary and quaternary structure of proteins)
  • denaturation and protein folding

VI. ENZYMES AND CATALYSIS

  • enzyme function, enzymatic reactions
  • enzyme kinetice, inhibition
  • allostery, allosteric enzymes
  • coenzymes, cofactors and prosthetic groups
  • vitamins

 
Charles University | Information system of Charles University | http://www.cuni.cz/UKEN-329.html