|
|
|
||
Poslední úprava: T_FUUK (23.05.2006)
|
|
||
Poslední úprava: RNDr. Ivan Barvík, Ph.D. (28.05.2014)
Seznámit studenty se základy počítačového modelování biomolekul tak, aby byli schopni provádět samostatně molekulárně-dynamické simulace velkých molekulárních systémů (viz. anotace a sylabus).
Metody pro racionální návrh struktury léků prostřednictvím počítačového modelování: vyhledávání biomolekul ve strukturních databázích, sekvenční a strukturní alignment; homologní modelování 3D struktur proteinů; docking - hledání energeticky výhodných způsobů navázání malé molekuly (ligandu) do vazebného místa makromolekuly (receptoru); in silico optimalizace inhibitoru; molekulárně-dynamické simulace; parametrizace silových polí pro molekulárně dynamické simulace biomolekul prostřednictvím kvantově-mechanických výpočtů; procvičení práce s řadou softwarových balíků. |
|
||
Poslední úprava: RNDr. Ivan Barvík, Ph.D. (30.10.2019)
Podmínkou udělení zápočtu je aktivní účast alespoň na 70 % hodin. V případě nesplnění je nutno vypracovat úlohy z látky, kde došlo k absencím. Podmínkou udělení zkoušky je vypracování zadaného projektu. |
|
||
Poslední úprava: prof. RNDr. Marek Procházka, Ph.D. (30.04.2019)
A. R. Leach: Molecular Modelling: Principles and Applications - Pearson Education Limited: Harlow, 2001, ISBN 0582382106
D. Frenkel, B. Smit: Understanding Molecular Simulations: From Algorithms to Applications - Academic Press: San Diego, 2001, ISBN 0122673514
Ch. Chipot, A. Pohorille: Free Energy Calculations: Theory and Applications in Chemistry and Biology - Springer-Verlag: Berlin Heidelberg, 2007, ISBN: 9783540384472
F. Jensen: Introduction to Computational Chemistry - John Wiley & Sons Ltd.: West Sussex, 2007, ISBN: 0470058048 |
|
||
Poslední úprava: RNDr. Ivan Barvík, Ph.D. (28.05.2014)
Přednášky a praktická cvičení v počítačové laboratoři.
A. R. Leach: Molecular Modelling: Principles and Applications - Pearson Education Limited: Harlow, 2001, ISBN 0582382106
D. Frenkel, B. Smit: Understanding Molecular Simulations: From Algorithms to Applications - Academic Press: San Diego, 2001, ISBN 0122673514
Ch. Chipot, A. Pohorille: Free Energy Calculations: Theory and Applications in Chemistry and Biology - Springer-Verlag: Berlin Heidelberg, 2007, ISBN: 9783540384472
F. Jensen: Introduction to Computational Chemistry - John Wiley & Sons Ltd.: West Sussex, 2007, ISBN: 0470058048 |
|
||
Poslední úprava: RNDr. Ivan Barvík, Ph.D. (02.07.2014)
OSNOVA:
01) Strukturní databáze: proteiny (PDB), nukleové kyseliny (NDB), sekvenční alignment (Blast) 02) Vizualizace biomolekul: VMD / Chimera / ICM Molsoft 03) Homologní modelování: Modeller 04) Docking: AutoDock 05) In silico optimalizace inhibitoru: AutoGrow 06) Molekulární dynamika: AMBER / CHARMM / GROMACS / NAMD / Desmond / ACEMD / Yasara 07) Molekulární dynamika: nukleové kyseliny, proteiny, membrány, membránové proteiny 08) Molekulární dynamika: analýza trajektorií - ptraj, Curves+ 09) Molekulární dynamika: výpočet volné energie (ABF, alchymistické výpočty, MM-PBSA atd.) 10) Ab initio výpočty: Gaussian 11) Ab initio výpočty: GaussView / Chemcraft / Molden 12) Ab initio výpočty: parametrizace silových polí pro molekulárně-dynamické výpočty
http://www.pdb.org/pdb/home/home.do - http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ - http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/, http://www.molsoft.com/ - http://salilab.org/modeller/ - http://autodock.scripps.edu/ - http://autogrow.ucsd.edu/ - http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/ - http://ambermd.org/ - http://www.gromacs.org/ - http://www.acellera.com/products/acemd/ - http://www.yasara.org/ - http://gbio-pbil.ibcp.fr/Curves_plus/Curves+.html - http://www.gaussian.com/ - http://www.gaussian.com/g_prod/gv5.htm - http://www.chemcraftprog.com/ http://www.cmbi.ru.nl/molden/ - http://metavo.metacentrum.cz/ |