|
|
|
||
Poslední úprava: prof. RNDr. Marek Procházka, Ph.D. (28.01.2019)
|
|
||
Poslední úprava: prof. RNDr. Marek Procházka, Ph.D. (14.05.2020)
Ústní zkouška, požadavky ke zkoušce - v rozsahu sylabu. |
|
||
Poslední úprava: prof. RNDr. Marek Procházka, Ph.D. (28.01.2019)
M. P. Allen a D. J. Tildesley: Computer simulations of liquids, Clarendon Press, Oxford, 1991. D. Frenkel a B. Smit: Understanding molecular simulations, Academic Press, New York, 2002. H. Martinez-Seara a L. Cwiklik; Introductory tutorial for Gromacs, DOI: 10.5281/zenodo.1230441 E. Braun et al., Best Practices for Foundations in Molecular Simulations, Living Journal of Computational Molecular Science 1.1 (2018): 5957.
|
|
||
Poslední úprava: prof. RNDr. Marek Procházka, Ph.D. (14.05.2020)
Požadavky ústní zkoušky jsou v rozsahu zveřejněného sylabu přednášky.
|
|
||
Poslední úprava: prof. RNDr. Marek Procházka, Ph.D. (28.01.2019)
1. Statistické soubory, výpočet termodynamických veličin, korelační a distribuční funkce, ergodický teorém. 2. Meziatomové a mezimolekulové potenciály. 3. Integrace klasických pohybových rovnic - metody Verlet a prediktor-korektor (Gear) 4. Základy metod Monte Carlo. Metropolisova metoda generace kanonického souboru. 5. Simulační protokol: počáteční podmínky, vstupní parametry, periodické okrajové podmínky, interakční cutoff, Ewaldova sumace, simulace za konstantní teploty a za konstantního tlaku. 6. Metody vizualizace a analýzy výsledků. 7. Příklady využiti simulací molekulové dynamiky a Monte Carlo pro biofyzikální problémy.
V rámci přednášky se bude konat jak teoretický výklad, tak praktické ukázky počítačových simulací.
|