Graphical presentation and numerical modelling of geochemical processes - MG440P58E

• Anglický název: Graphical presentation and numerical modelling of geochemical processes
• Český název: Grafická prezentace a numerické modelování geochemických procesů
• Zajišťuje: Ústav petrologie a strukturní geologie (31-440)
• Fakulta: Přírodovědecká fakulta
• Platnost: od 2014 do 2015
• Semestr: zimní
• E-Kredity: 3
• Způsob provedení zkoušky: zimní s.:kombinovaná
• Rozsah, examinace: zimní s.:1/1, Zk [HT]
• Počet míst: neomezen
• Minimální obsazenost: neomezen
• 4EU+: ne
• Virtuální mobilita / počet míst pro virtuální mobilitu: ne
• Stav předmětu: vyučován
• Jazyk výuky: angličtina
• Další informace: http://petrol.natur.cuni.cz/~janousek/Rkurz/index_eng.html
• Poznámka: povolen pro zápis po webu
• Garant: prof. Mgr. Vojtěch Janoušek, Ph.D.

Anotace

Poslední úprava: RNDr. Jana Rubešová, Ph.D. (10.11.2006)

Kurz je určen studentům vyšších ročníků, popř. postgraduantům. Cílem je a) zběžně seznámit frekventanty se stávajícím softwarem pro zpracování, grafickou prezentaci a interpretaci geochemických dat , ukázat jeho výhody a slabiny; b) vysvětlit základy syntaxe programovacího jazyka R, c) ukázat použití R pro jednoduché geochemické a statistické výpočty, jakož i produkci kvalitních grafických výstupů; d) demonstrovat příklady geochemického modelování v R: petrogeneze vyvřelých hornin. Důraz kladen na praktické příklady a cvičení. Probíhá v několika vícehodinových blocích.

Literatura

Poslední úprava: RNDr. Jana Rubešová, Ph.D. (10.11.2006)

Albarede F. (1995): Introduction to Geochemical Modeling. Cambridge: University Press.

Becker R.A., Chambers J.M., Wilks A.R. (1988): The New S Language. London: Chapman & Hall.

Clarke D. (1993): NewPet for DOS. Accessed November 15, 1999, at URL ftp://www.esd.mun.ca/pub/geoprogs/np940107.exe.

Faure G. (1986): Principles of Isotope Geology. Chichester: J.Wiley & Sons.

Hornik K. (1999): The R FAQ. Accessed January 18, 2000, at URL http://www.ci.tuwien.ac.at/~hornik/R/.

Provost A. (1990): An improved diagram for isochron data. Chemical Geology (Isotope Geoscience Section), 80, 85-99.

Rollinson H.R. (1993): Using geochemical data: Evaluation, Presentation, Interpretation. London: Longman.

Venables B., Smith D., Gentleman R., Ihaka R. (1997): Notes on R: A Programming Environment for Data Analysis and Graphics. Auckland: Department of Statistics.

Požadavky ke zkoušce

Poslední úprava: prof. Mgr. Vojtěch Janoušek, Ph.D. (11.04.2012)

The examination is a practical test (max. duration 1 day), whereby the participants are required to write several short programs in R language.

Sylabus

Poslední úprava: RNDr. Jana Rubešová, Ph.D. (10.11.2006)

1) Dostupný SW pro geochemické přepočty a grafickou prezentaci dat

MinCalc, NewPet, MinPet, Norman, spreadsheety. Co s nimi lze a především co ne.

2) Základy programovacího jazyka R

Proč právě R?

Spouštění překladače, editace příkazů, práce v interaktivním režimu, dostupná dokumentace

Vektory (přiřazování, základní matematické a logické operace, funkce jako c, rep, seq, is.na )

Indexace vektorů, faktory (tapply, levels)

Výstup na obrazovku, tiskárnu (print, cat)

Matice (indexace, matematické operace, cbind, rbind, c, table)

Seznamy

Vstup dat ze souborů (scan, read.table)

Podmíněné příkazy, příkazy cyklu (if - else, for - in, repeat, while)

Uživatelské funkce

Grafické výstupy (plot, pairs, hist, points, lines, polygon), tisk a export (WMF, HPGL, PostScript), hlavní grafické parametry, interakce s grafickými objekty (locator, identify)

3) Použití R pro jednoduché přepočty a prezentaci geochemických dat [1/3]

Jednoduché geochemické a normativní přepočty (např. Niggliho hodnoty, A/CNK)

Základní statistika v R

Grafické výstupy (binární a ternární diagramy, spiderdiagramy, klasifikace)

Interpretace izotopických dat (především Sr-Nd)

4) Geochemické modelování

Stopové prvky - dělení na kompatibilní a nekompatibilní, distribuční koeficienty

Frakční krystalizace (přímé modelování hlavních a stopových prvcků, trendy v Harkerových diagramech a diagramu R1-R2, inverzní metody - metoda nejmenších čtverců, log-log diagramy pro stopové prvky)

Parciální tavení (přímé modelování stopových prvků)

Binární míšení (přímé modelování na hlavních a stopových prvcích, trendy v Harkerových diagramech a diagramu R1-R2, radiogenní izotopy; inverzní metody - metoda nejmenších čtverců, diagramy využívající Sr-Nd izotopická složení)

Slovo o AFC