Poslední úprava: RNDr. Michaela Čermáková, Ph.D. (21.08.2023)
Kurz Zpracování a správa biologických dat je motivován zejména rostoucím množstvím produkovaných dat z biologického výzkumu a rostoucí nutností spolupráce experimentálních pracovníků s bioinformatiky a datovými analytiky. Je zamýšlen jako základní kurz práce s biologickými daty především pro experimentalisty. Absolvent kurzu bude schopen udržitelně spravovat a sdílet vyprodukovaná biologická data a bude rozumět důležitosti korektní správy dat. Dále bude schopen provádět základní exploratorní analýzu pomocí Pythonu, konkrétně Jupyter Notebook.
Požadavky ke zkoušce
Poslední úprava: RNDr. Michaela Čermáková, Ph.D. (21.08.2023)
Zkouška v rozsahu sylabu, ústní formou.
Sylabus
Poslední úprava: RNDr. Michaela Čermáková, Ph.D. (21.08.2023)
Základy exploratorní analýzyÚvod do zobrazovacích technik v Pythonu (Jupyter notebook) Principal Component Analysis (PCA) Fittování, odšumování, signal-to-noise ratio Design experimentu s ohledem na statistickou významnost
Technické zajištění Odhad předpokládané produkce dat, overview hardwaru Metadata a dokumentace, zdůvodnění, verzování Standardní formáty, cs/eng language a decimal point Troubleshooting na online fórech – jak se ptát, kde se ptát Github
Specifické přístupy k různým druhům dat Genomická data, formáty, specifika zpracování Strukturní data, formáty, specifika zpracování MD data, formáty, specifika zpracování
