Moderní metody výzkumu proteinů - MC250P21

• Anglický název: Modern methods in protein research
• Zajišťuje: Katedra biochemie (31-250)
• Fakulta: Přírodovědecká fakulta
• Platnost: od 2014 do 2017
• Semestr: letní
• E-Kredity: 3
• Způsob provedení zkoušky: letní s.:
• Rozsah, examinace: letní s.:2/0, Zk [HT]
• Počet míst: neomezen
• Minimální obsazenost: neomezen
• 4EU+: ne
• Virtuální mobilita / počet míst pro virtuální mobilitu: ne
• Stav předmětu: vyučován
• Jazyk výuky: čeština
• Poznámka: povolen pro zápis po webu
• Garant: RNDr. Petr Man, Ph.D.
• Vyučující: RNDr. Vladimír Kopecký, Ph.D.; RNDr. Petr Man, Ph.D.; RNDr. Petr Novák, Ph.D.

Anotace

čeština

Poslední úprava: RNDr. Petr Man, Ph.D. (23.01.2018)

Přednáška probírá některé moderní metody proteinového výzkumu se silným důrazem na proteomické a hmotnostně spektrometrické aplikace. Podrobně jsou probírány kapitoly z proteinové chemie a modifikací proteinů, biologická hmotnostní spektrometrie (MS) - identifikace proteinů, charakterizace modifikací, kvantifikace, řešení proteinových interakcí a strukturních změn pomocí chemického sítění, vodík/deuteriové výměny, oxidativního značení, metody pro studium interakcí proteinů, identifikace mikroorganismů pomocí MS, zobrazovací metody. Dále jsou probírány spektroskopické techniky (IČ, CD a Ramanova spektroskopie, NMR), SAXS či kryoelektronová mikroskopie.

angličtina

Poslední úprava: RNDr. Petr Man, Ph.D. (20.01.2018)

This lecture deals with the contemporary methods of protein research. It is composed of three parts. Part 1 presents proteins as products of evolution, and discusses the approaches of molecular archeology based on protein sequence alignments. Moreover, basic experimental approaches of protein chemistry, protein sequencing and mass spectrometry of proteins is also covered. Part 2 provides details of protein crystallography, and analysis of the three-dimensional structure of proteins from X-rays diffraction data. Other experimental techniques used to obtain structural data for the soluble proteins are presented in Part 3. Major attention is payed to n.m.r. of proteins as well to other spectral techniques such as CD spectroscopy, UV and fluorescent spectroscopy, Raman spectroscopy etc.
Lectures - in Czech -

Literatura

Poslední úprava: MAN/NATUR.CUNI.CZ (21.02.2012)

Shan S. Wong - Chemistry of protein conjugation and cross-linking, CRC Press

Greg T. Hermanson - Bioconjugate Techniques, Elsevier

Methods in Enzymology - Biological Mass Spectrometry

T. E. Creighton - Protein Structure, A practical approach, IRL Press

Marc R. Wilkins - Proteome Research, Concept, technology and Application, Springer

John M. Walker - The protein Protocols Handbook, Humana Press

...

vybrané tituly ze série Methods in Molecular Biology Humana Press

vol. 61 - Protein and Peptide Analysis by Mass Spectrometry

vol. 64 - Protein Sequencing Protocols

vol. 146 - Mass spectrometry of proteins and peptides

vol. 194 - Posttranslational Modifications of proteins

vol. 244 - Protein Purification Protocols

vol. 251 - HPLC of Peptides and Proteins

vol. 261 - Protein-Protein Interactions

vol. 367 - Mass Spectrometry Data Analysis in Proteomics

vol. 446 - Post-Translational Modifications of Proteins

Požadavky ke zkoušce

Poslední úprava: RNDr. Petr Man, Ph.D. (19.02.2019)

Písemná zkouška - část formou testových otázek, část k detailnímu rozepsání. Při splnění písemné čáasti na více než 60% bodů následuje ústní zkouška.
Konzultace po domluvě (nejlépe e-mailem) : petr.man @ natur.cuni.cz

Sylabus

Poslední úprava: RNDr. Petr Man, Ph.D. (19.02.2019)

Chemické rekace proteinů, proteomika, hmotnostní spektrometrie (MS), identifikace proteinů - princip a fungování algoritmů, charakterizace posttranslačních modifikací, kvantifikace proteinů, disociační techniky, proteinové interakce, studium strukturních změn proteinů, chemické zesítění, vodík/deuteriová výměna, identifikace mikroorganizmů, zobrazovací techniky založené na MS. Spektroskopické techniky (CD, IČ, Raman), SAXS, kryoEM