Poslední úprava: RNDr. Ondřej Vaněk, Ph.D. (03.10.2015)
Cílem praktika je seznámit studenty s běžnými i moderními instrumentálními metodami v biochemii. Kromě běžně používaných metod, jako je extrakce látek z přírodního materiálu, UV/VIS absorpční spektrofotometrie, spektrofluorimetrie, chromatografických technik (HPLC, FPLC, iontově výměnná, gelová permeační a afinitní chromatografie), dialýzy, elektromigračních metod (agarosová elektroforéza, SDS/PAGE, Western blot - elektropřenos s imunodetekcí) a PCR amplifikace DNA, je v kurzu zařazena také pokročilá instrumentální metoda analýzy interakcí biomolekul - rezonance povrchového plazmonu (SPR, z angl. Surface Plasmon Resonance). Součástí praktika je také praktické vyhledávání v biochemických informačních zdrojích, práce s odbornou literaturou a vyhodnocování výsledků. Kurz je ukončen seznámením s principy členění textu i formálních náležitostí platných pro vypracovávání odborných prací (např. bakalářské práce či vědeckých publikací) a následným vypracováním protokolu z vylosované úlohy ve formě krátké závěrečné odborné práce, jejím včasným odevzdáním a ústní diskuzí ("obhajobou").
Poslední úprava: RNDr. Ondřej Vaněk, Ph.D. (09.10.2015)
The aim of this practical course is to introduce students to both common and modern instrumental biochemical methods. Besides commonly used techniques, such as extraction of compounds from natural material, UV/VIS absorption spectrophotometry, spectrofluorimetry, chromatographic techniques (HPLC, FPLC, ion exchange, gel permeation and affinity chromatography), dialysis, electromigration methods (agarose electrophoresis, SDS-PAGE, Western blot - electroblotting with immunodetection), and PCR amplification of DNA, an advanced technique of biomolecules interaction analysis called surface plasmon resonance (SPR) is also part of the course, as well as practical searching in biochemical information sources, work with scientific literature and evaluation of experimental results. The course is finished by introduction to principles of text structuring and formal requirements relevant to scientific literature (i.e. bachelor thesis or scientific publications) and subsequent writing of a final report for one given practical task in a form of small scientific work, its timely submission and oral discussion ("defence").
Literatura -
Poslední úprava: RNDr. Ondřej Vaněk, Ph.D. (28.02.2012)
Doporučená literatura:
Krajhanzl A, Hladík J et al.: Biochemické metody. Návody k praktickým cvičením. UK Praha 1991.
Anzenbacher P, Kovář J: Metody chemického výzkukmu pro biochemiky, MŠ Praha, 1986
Poslední úprava: RNDr. Ondřej Vaněk, Ph.D. (28.02.2012)
Required literature: Krajhanzl A, Hladík J et al.: Biochemické metody. Návody k praktickým cvičením. UK Praha 1991. (Manual of methods and protocols)
Požadavky ke zkoušce -
Poslední úprava: RNDr. Ondřej Vaněk, Ph.D. (28.02.2012)
Zápočet: úspěšné absolvování zadaných úloh, vypracování přiděleného protokolu v odpovídající kvalitě, jeho včasné odevzdání a diskuse.
Poslední úprava: RNDr. Ondřej Vaněk, Ph.D. (04.01.2014)
Credit: successful work in the laboratory on all given laboratory tasks, delivery of the final report in required quality and in time, oral discussion of the report.
Sylabus -
Poslední úprava: doc. RNDr. Václav Martínek, Ph.D. (02.02.2016)
Úlohy:
IEX - Separace holo- a apoformy cytochromu b5 pomocí iontově výměnné chromatografie a gelové filtrace
IMAC & WB - Izolace, purifikace, elektropřenos a imunodetekce TEV proteasy
PCR - Polymerasová řetězová reakce DNA
SPR - Sledování interakce DNA oligonukleotidů metodou rezonance povrchového plazmonu
HPLC - Separace rostlinných pigmentů pomocí chromatografie na reverzní fázi
LIT - práce s odbornou literaturou
Kurz je ukončen vypracováním protokolu z vylosované úlohy ve formě krátké závěrečné odborné práce.
Poslední úprava: RNDr. Ondřej Vaněk, Ph.D. (30.09.2016)
Tasks:
IEX - Separation of holo- and apoform of cytochrome b5 by ion exchange chromatography and gel filtration
IMAC & WB - Isolation, purification, electrotransfer and immunodetection of TEV protease
PCR - Polymerase chain reaction of DNA
SPR - Monitoring of DNA oligonucleotides interaction by surface plasmon resonance method
HPLC - Separation of plant pigments by reversed phase chromatography
LIT - Training in work with scientific literature
The course is finished by delivering a short report from one given lab task in a form of short scientific writing.
Vstupní požadavky
Poslední úprava: doc. RNDr. Václav Martínek, Ph.D. (28.01.2015)
Praktikum je určeno pro studenty 3. ročníku bakalářského studia biochemie. Vzhledem k tomu, že se zaměřuje na pokročilé instrumentální biochemické metody, předpokládáme, že účastníci jsou kromě teoretické znalosti biochemie vybaveni také znalostmi základních chemických a biochemických metod. Tedy že již úspěšně absolvovali Praktikum z laboratorní techniky a také Biochemické praktikum (MC250C31N), popř. ekvivalentní předměty.
